Borstkanker Liquid Biopsie Stratificatie (BALIBISTRA)

Borstkanker is de meest voorkomende vorm van kanker bij Oostenrijkse vrouwen. Inschatting van de prognose en behandelingsstrategieën wordt steeds meer afhankelijk van de stratificatie van tumoren in verschillende entiteiten of klassen. Momenteel is klinische routinematige stratificatie van tumoren meestal gebaseerd op hormoonreceptor, HER2-status en schatting van proliferatie. Een meer robuuste en objectieve classificatie van tumoren kan echter worden bereikt door opheldering van verdere biologische eigenschappen, wat ook van toenemend belang is, aangezien nieuwe antikankertherapieën gebaseerd zijn op biologische mechanismen. Bijgevolg wordt beschikbare informatie uit moleculaire analyses steeds vaker geïmplementeerd in routinematige diagnostische assays met als doel de stratificatie te verbeteren voor een optimale behandelingskeuze. Tot op heden is de meest uitgebreide moleculaire taxonomie van borstkanker bereikt door een classificatie op basis van het combineren van genexpressie en somatic copy number changes (SCNA's), ook wel integratieve clusters genoemd. Weefselbiopten zijn de huidige gouden standaard om een ​​dergelijke classificatie te bereiken. Ze kunnen echter vaak moeilijk te verkrijgen zijn in de metastatische setting en zijn onderhevig aan bemonsteringsbias als gevolg van heterogeniteit binnen de tumor. "Vloeibare biopsieën" zijn onder andere gebaseerd op de analyse van celvrij DNA (cfDNA) dat circulerend tumor-DNA (ctDNA) bevat, d.w.z. DNA-fragmenten die van normale cellen en tumorcellen in het bloed terechtkomen, bij patiënten met kanker. cfDNA kan minimaal invasief worden verkregen met een bloedafname, maakt de "real time" analyse van tumor-DNA uit de bloedsomloop mogelijk en bloedmonsters kunnen op elk moment worden herhaald, wat vooral belangrijk is voor het bewaken van de respons op therapie. De onderzoeksgroep heeft uitgebreide expertise in de analyse van cfDNA en heeft een overvloed aan benaderingen voor ctDNA-analyse ontwikkeld. Onlangs hebben de onderzoekers een nieuwe aanpak ontwikkeld, die betrekking heeft op nucleosoomposities en genexpressie. cfDNA-fragmenten zijn in verband gebracht met het vrijkomen van DNA uit apoptotische cellen na enzymatische verwerking en bestaan ​​daarom voornamelijk uit mono-nucleosomaal DNA. Door sequentiebepaling van het hele genoom van cfDNA uit te voeren, konden de onderzoekers aantonen dat op transcriptionele startplaatsen de nucleosoombezetting resulteert in verschillende leesdiepte-dekkingspatronen in tot expressie gebrachte en stille genen. Door machinaal leren te gebruiken voor genclassificatie, waren de onderzoekers in staat om genen te classificeren in cellen die hun DNA in de bloedsomloop vrijgeven zoals uitgedrukt. De belangrijkste hypothese van het project is dat integratieve borstkankerclusters rechtstreeks uit bloed kunnen worden vastgesteld zonder de noodzaak van een invasieve weefselbiopsie. Het doel van de studie is dan ook om de stratificatie van patiënten te verfijnen voor een betere selectie van behandelstrategieën. Bovendien zullen de onderzoekers nieuwe inzichten verwerven in de biologie van uitgezaaide borstkanker, zodat dit project belangrijke implicaties zal hebben voor patiënten, klinisch oncologen, pathologen, farmacologen en alle fundamentele onderzoekers die geïnteresseerd zijn in kanker.