Rintasyövän nestebiopsian kerrostuminen (BALIBISTRA)

Rintasyöpä on itävaltalaisnaisten yleisin syöpä. Ennusteen ja hoitostrategioiden arviointi on yhä enemmän riippuvainen kasvainten kerrostumisesta eri kokonaisuuksiin tai luokkiin. Tällä hetkellä kasvainten kliininen rutiinikerrostuminen perustuu enimmäkseen hormonireseptoriin, HER2-tilaan ja proliferaation arviointiin. Kasvainten järeämpi ja objektiivisempi luokittelu voidaan kuitenkin saavuttaa selvittämällä muita biologisia ominaisuuksia, mikä on myös kasvavaa merkitystä, koska uudet syövänvastaiset hoidot perustuvat biologisiin mekanismeihin. Tämän seurauksena saatavilla olevaa tietoa molekyylianalyyseistä käytetään yhä useammin rutiininomaisissa diagnostisissa määrityksissä tavoitteena parantaa kerrostumista optimaalista hoidon valintaa varten. Tähän mennessä laajin rintasyövän molekyylipohjainen taksonomia on saavutettu luokittelulla, joka perustuu geeniekspression ja somaattisten kopiolukumuutosten (SCNA) yhdistämiseen, joita kutsutaan integratiivisiksi klustereiksi. Kudosbiopsiat ovat nykyinen kultastandardi tällaisen luokituksen saavuttamiseksi. Niitä voi kuitenkin usein olla vaikea saada metastasoituneessa ympäristössä, ja ne ovat alttiita näytteenottoharhalle kasvaimen sisäisen heterogeenisyyden vuoksi. "Nestemäiset biopsiat" perustuvat muiden analyyttien ohella soluttoman DNA:n (cfDNA) analyysiin, joka sisältää kiertävän kasvain-DNA:n (ctDNA), so. DNA-fragmentit, jotka leviävät normaaleista ja kasvainsoluista vereen potilailla, joilla on syöpä. cfDNA voidaan saada minimaalisesti invasiivisena verikokeella, se mahdollistaa kasvain-DNA:n "reaaliaikaisen" analyysin verenkierrosta, ja verinäytteitä voidaan toistaa milloin tahansa, mikä on erityisen tärkeää hoitovasteen seurannassa. Tutkijaryhmällä on laaja asiantuntemus cfDNA-analyysistä ja se on kehittänyt lukuisia lähestymistapoja ctDNA-analyysiin. Viime aikoina tutkijat ovat kehittäneet uuden lähestymistavan, joka liittyy nukleosomien asemiin ja geenien ilmentymiseen. cfDNA-fragmentit on liitetty DNA:n vapautumiseen apoptoottisista soluista entsymaattisen prosessoinnin jälkeen, ja siksi ne koostuvat pääasiassa mononukleosomaalisesta DNA:sta. Suorittamalla cfDNA:n koko genomin sekvensoinnin tutkijat pystyivät osoittamaan, että transkription aloituskohdissa nukleosomien käyttö johtaa erilaisiin lukusyvyyden peittokuvioihin ekspressoituneissa ja hiljaisissa geeneissä. Käyttämällä koneoppimista geenien luokittelussa tutkijat pystyivät luokittelemaan geenit soluissa, jotka vapauttavat DNA:nsa verenkiertoon ekspressoituneena. Projektin päähypoteesi on, että integratiivisia rintasyöpäklustereita voidaan muodostaa suoraan verestä ilman invasiivista kudosbiopsiaa. Tästä syystä tutkimuksen tavoitteena on parantaa potilaiden kerrostumista hoitostrategioiden valinnan parantamiseksi. Lisäksi tutkijat saavat uusia näkemyksiä metastaattisen rintasyövän biologiaan, joten tällä projektilla on tärkeitä vaikutuksia potilaille, kliinisille onkologeille, patologille, farmakologeille ja kaikille syövästä kiinnostuneille perustutkijoille.