Стратификация жидкой биопсии рака молочной железы (BALIBISTRA)

Рак молочной железы является наиболее распространенным видом рака у австрийских женщин. Оценка прогноза и стратегий лечения все больше зависит от стратификации опухолей на различные объекты или классы. В настоящее время клиническая рутинная стратификация опухолей в основном основана на гормональном рецепторе, статусе HER2 и оценке пролиферации. Однако более надежная и объективная классификация опухолей может быть достигнута путем выяснения дополнительных биологических свойств, что также приобретает все большее значение, поскольку новые противораковые методы лечения основаны на биологических механизмах. Следовательно, доступная информация молекулярного анализа все чаще используется в рутинных диагностических тестах с целью улучшения стратификации для выбора оптимального лечения. На сегодняшний день наиболее обширная таксономия рака молочной железы на молекулярной основе была достигнута с помощью классификации, основанной на сочетании экспрессии генов и изменений числа соматических копий (SCNA), называемых интегративными кластерами. Биопсия тканей в настоящее время является золотым стандартом для достижения такой классификации. Однако их часто бывает трудно получить в метастатических условиях, и они подвержены систематической ошибке выборки из-за внутриопухолевой гетерогенности. «Жидкие биопсии», среди прочих аналитов, основаны на анализе бесклеточной ДНК (вкДНК), которая содержит циркулирующую опухолевую ДНК (цДНК), т.е. Фрагменты ДНК из нормальных и опухолевых клеток попадают в кровь у больных раком. вкДНК может быть получена минимально инвазивным путем с забором крови, позволяет проводить анализ ДНК опухоли из кровотока в режиме реального времени, а образцы крови можно повторять в любой момент времени, что особенно важно для мониторинга ответа на терапию. Группа исследователей обладает обширным опытом анализа вкДНК и разработала множество подходов к анализу цДНК. Недавно исследователи разработали новый подход, относящийся к позициям нуклеосом и экспрессии генов. Фрагменты вкДНК были связаны с высвобождением ДНК из апоптотических клеток после ферментативной обработки и, следовательно, состоят в основном из мононуклеосомной ДНК. Выполняя полногеномное секвенирование вкДНК, исследователи смогли продемонстрировать, что в местах начала транскрипции занятость нуклеосом приводит к разным паттернам охвата глубины считывания в экспрессированных и молчащих генах. Используя машинное обучение для классификации генов, исследователи смогли классифицировать гены в клетках, высвобождающих свою ДНК в кровоток в том виде, в каком они экспрессируются. Основная гипотеза проекта заключается в том, что кластеры интегративного рака молочной железы могут быть установлены непосредственно из крови без необходимости инвазивной биопсии ткани. Следовательно, цели исследования включают уточнение стратификации пациентов для улучшения выбора стратегии лечения. Кроме того, исследователи получат новое представление о биологии метастатического рака молочной железы, так что этот проект будет иметь важные последствия для пациентов, клинических онкологов, патологоанатомов, фармакологов и всех фундаментальных исследователей, интересующихся раком.