A mellrák folyékony biopsziás rétegződése (BALIBISTRA)

Az emlőrák a leggyakoribb rák az osztrák nők körében. A prognózis és a kezelési stratégiák becslése egyre inkább a daganatok különböző entitásokra vagy osztályokra való rétegződésétől függ. Jelenleg a daganatok klinikai rutin rétegződése leginkább a hormonreceptorokon, a HER2 állapoton és a proliferáció becslésén alapul. A daganatok robusztusabb és objektívebb osztályozása azonban további biológiai tulajdonságok tisztázásával érhető el, ami szintén egyre nagyobb jelentőséggel bír, mivel az új rákellenes terápiák biológiai mechanizmusokon alapulnak. Következésképpen a molekuláris elemzésekből rendelkezésre álló információkat egyre gyakrabban alkalmazzák rutin diagnosztikai vizsgálatokban azzal a céllal, hogy javítsák a rétegződést az optimális kezelés kiválasztásához. Az emlőrák eddigi legkiterjedtebb molekuláris alapú taxonómiáját a génexpresszió és a szomatikus kópiaszám-változások (SCNA-k) kombinálásán alapuló osztályozással érték el, amelyeket integratív klasztereknek neveznek. A szöveti biopszia a jelenlegi aranystandard egy ilyen besorolás eléréséhez. Áttétes környezetben azonban gyakran nehéz beszerezni őket, és az intratumor heterogenitása miatt a mintavételi torzításnak vannak kitéve. A "folyékony biopsziák" többek között a keringő tumor DNS-t (ctDNS-t) tartalmazó sejtmentes DNS (cfDNS) elemzésén alapulnak, pl. A normál és a tumorsejtekből a vérbe kerülő DNS-fragmensek rákos betegeknél. A cfDNS vérvétellel minimálisan invazív módon nyerhető, lehetővé teszi a keringésből származó tumor-DNS "valós idejű" elemzését, és a vérminták bármikor megismételhetők, ami különösen fontos a terápiára adott válasz monitorozása szempontjából. A kutatócsoport kiterjedt szakértelemmel rendelkezik a cfDNS elemzésében, és számos megközelítést fejlesztett ki a ctDNS elemzésére. A közelmúltban a kutatók egy új megközelítést dolgoztak ki, amely a nukleoszóma pozíciókra és a génexpresszióra vonatkozik. A cfDNS-fragmenseket az apoptotikus sejtekből az enzimes feldolgozást követően felszabaduló DNS-sel hozták összefüggésbe, és ezért főként mononukleoszómális DNS-ből állnak. A cfDNS teljes genom szekvenálásának elvégzésével a kutatók bebizonyíthatták, hogy a transzkripciós kezdőhelyeken a nukleoszóma foglaltság eltérő leolvasási mélységű lefedettségi mintákat eredményez az expresszált és néma génekben. A génosztályozáshoz gépi tanulást alkalmazva a kutatók képesek voltak osztályozni a géneket a sejtekben, amelyek DNS-üket expresszálódnak a keringésbe. A projekt fő hipotézise az, hogy invazív szövetbiopszia nélkül, közvetlenül vérből hozhatók létre integratív emlőrák klaszterek. Ezért a vizsgálat célja a betegek rétegződésének finomítása a kezelési stratégiák jobb kiválasztása érdekében. Ezen túlmenően a kutatók új betekintést nyernek az áttétes emlőrák biológiájába, így ennek a projektnek fontos következményei lesznek a betegek, klinikai onkológusok, patológusok, farmakológusok és minden, a rák iránt érdeklődő alapkutató számára.