Stratifiering av flytande bröstcancerbiopsi (BALIBISTRA)

Bröstcancer är den vanligaste cancerformen hos österrikiska kvinnor. Uppskattning av prognos och behandlingsstrategier blir alltmer beroende av stratifiering av tumörer i olika enheter eller klasser. För närvarande är klinisk rutinstratifiering av tumörer mestadels baserad på hormonreceptor, HER2-status och uppskattning av proliferation. En mer robust och objektiv klassificering av tumörer kan dock uppnås genom att belysa ytterligare biologiska egenskaper, vilket också är av ökande betydelse, eftersom nya anticancerterapier är baserade på biologiska mekanismer. Följaktligen implementeras tillgänglig information från molekylära analyser alltmer i rutindiagnostiska analyser i syfte att förbättra stratifieringen för optimalt val av behandling. Hittills har den mest omfattande molekylärbaserade taxonomin av bröstcancer uppnåtts genom en klassificering baserad på att kombinera genuttryck och somatiska kopietalsförändringar (SCNA), kallade integrativa kluster. Vävnadsbiopsier är den nuvarande guldstandarden för att uppnå en sådan klassificering. De kan dock ofta vara svåra att få i metastaserande miljö och är föremål för provtagningsbias på grund av intratumörheterogenitet. "Flytande biopsier" är bland andra analyter baserade på analys av cellfritt DNA (cfDNA) som innehåller cirkulerande tumör-DNA (ctDNA), dvs. DNA-fragment sprids från normala celler och tumörceller till blodet hos patienter med cancer. cfDNA kan erhållas minimalt invasivt med en blodtagning, möjliggör "realtids"-analys av tumör-DNA från cirkulationen, och blodprover kan upprepas när som helst, vilket är särskilt viktigt för att övervaka svaret på behandlingen. Utredargruppen har omfattande expertis inom analys av cfDNA och har utvecklat en uppsjö av metoder för ctDNA-analys. Nyligen har utredarna utvecklat ett nytt tillvägagångssätt, som relaterar till nukleosompositioner och genuttryck. cfDNA-fragment har associerats med frisättning av DNA från apoptotiska celler efter enzymatisk bearbetning och består därför huvudsakligen av mononukleosomalt DNA. Genom att utföra helgenomsekvensering av cfDNA kunde forskarna visa att vid transkriptionella startställen resulterar nukleosomockupationen i olika läsdjuptäckningsmönster i uttryckta och tysta gener. Genom att använda maskininlärning för genklassificering kunde forskarna klassificera gener i celler som släpper ut deras DNA i cirkulationen som uttryckt. Projektets huvudhypotes är att integrativa bröstcancerkluster kan etableras från direkt blod utan behov av en invasiv vävnadsbiopsi. Därför inkluderar studiens syfte att förfina stratifiering av patienter för ett förbättrat urval av behandlingsstrategier. Vidare kommer utredarna att få nya insikter i biologin av metastaserad bröstcancer, så att detta projekt kommer att få viktiga konsekvenser för patienter, kliniska onkologer, patologer, farmakologer och alla grundforskare som är intresserade av cancer.