Brystkreft flytende biopsistratifisering (BALIBISTRA)

Brystkreft er den vanligste kreftformen hos østerrikske kvinner. Estimering av prognose og behandlingsstrategier er i økende grad avhengig av stratifisering av svulster i forskjellige enheter eller klasser. For tiden er klinisk rutinestratifisering av svulster hovedsakelig basert på hormonreseptor, HER2-status og estimering av spredning. Imidlertid kan en mer robust og objektiv klassifisering av svulster oppnås ved å belyse ytterligere biologiske egenskaper, noe som også er av økende betydning, ettersom nye kreftbehandlinger er basert på biologiske mekanismer. Følgelig blir tilgjengelig informasjon fra molekylære analyser i økende grad implementert i rutinemessige diagnostiske analyser med sikte på å forbedre stratifisering for optimal behandlingsvalg. Til dags dato har den mest omfattende molekylærbaserte taksonomien av brystkreft blitt oppnådd ved en klassifisering basert på å kombinere genuttrykk og somatisk kopiantallsendringer (SCNA), referert til som integrerende klynger. Vevsbiopsier er gjeldende gullstandard for å oppnå en slik klassifisering. Imidlertid kan de ofte være vanskelige å få tak i i metastatiske omgivelser og er gjenstand for prøvetakingsskjevhet på grunn av intratumorheterogenitet. "Væskebiopsier" er blant andre analytter basert på analyse av cellefritt DNA (cfDNA) som inneholder sirkulerende tumor-DNA (ctDNA), dvs. DNA-fragmenter kastes fra normale celler og tumorceller inn i blodet hos pasienter med kreft. cfDNA kan oppnås minimalt invasivt med blodprøvetaking, muliggjør "sanntids"-analyse av tumor-DNA fra sirkulasjonen, og blodprøver kan gjentas når som helst, noe som er spesielt viktig for å overvåke respons på terapi. Etterforskergruppen har omfattende ekspertise innen analyse av cfDNA og har utviklet en mengde tilnærminger for ctDNA-analyse. Nylig har etterforskerne utviklet en ny tilnærming, som er relatert til nukleosomposisjoner og genuttrykk. cfDNA-fragmenter har blitt assosiert med frigjøring av DNA fra apoptotiske celler etter enzymatisk prosessering og består derfor hovedsakelig av mononukleosomalt DNA. Ved å utføre helgenomsekvensering av cfDNA kunne etterforskerne demonstrere at ved transkripsjonelle startsteder resulterer nukleosombelegget i forskjellige lesedybdedekningsmønstre i uttrykte og stille gener. Ved å bruke maskinlæring for genklassifisering, var etterforskerne i stand til å klassifisere gener i celler som frigjør deres DNA i sirkulasjonen slik det uttrykkes. Hovedhypotesen til prosjektet er at integrerte brystkreftklynger kan etableres fra direkte blod uten behov for en invasiv vevsbiopsi. Derfor inkluderer studiens mål å foredle stratifisering av pasienter for et forbedret utvalg av behandlingsstrategier. Videre vil etterforskerne få ny innsikt i biologien til metastatisk brystkreft, slik at dette prosjektet vil ha viktige implikasjoner for pasienter, kliniske onkologer, patologer, farmakologer og alle grunnforskere som er interessert i kreft.