Estratificación de biopsia líquida de cáncer de mama (BALIBISTRA)

El cáncer de mama es el cáncer más común en las mujeres austriacas. La estimación del pronóstico y las estrategias de tratamiento dependen cada vez más de la estratificación de los tumores en diferentes entidades o clases. Actualmente, la estratificación clínica rutinaria de los tumores se basa principalmente en el receptor hormonal, el estado de HER2 y la estimación de la proliferación. Sin embargo, se puede lograr una clasificación más sólida y objetiva de los tumores mediante la elucidación de otras propiedades biológicas, lo que también es cada vez más importante, ya que las nuevas terapias contra el cáncer se basan en mecanismos biológicos. En consecuencia, la información disponible de los análisis moleculares se está implementando cada vez más en los ensayos de diagnóstico de rutina con el objetivo de mejorar la estratificación para la selección óptima del tratamiento. Hasta la fecha, la taxonomía de base molecular más extensa del cáncer de mama se ha logrado mediante una clasificación basada en la combinación de la expresión génica y las alteraciones del número de copias somáticas (SCNA), denominadas grupos integradores. Las biopsias de tejido son el estándar de oro actual para lograr tal clasificación. Sin embargo, a menudo pueden ser difíciles de obtener en el entorno metastásico y están sujetos al sesgo de muestreo debido a la heterogeneidad intratumoral. Las "biopsias líquidas" se basan, entre otros analitos, en el análisis de ADN libre de células (cfDNA) que contiene ADN tumoral circulante (ctDNA), es decir, Fragmentos de ADN arrojados de células normales y tumorales a la sangre, en pacientes con cáncer. El cfDNA se puede obtener de forma mínimamente invasiva con una extracción de sangre, permite el análisis "en tiempo real" del ADN tumoral de la circulación y las muestras de sangre se pueden repetir en cualquier momento, lo que es especialmente importante para monitorear la respuesta a la terapia. El grupo de investigadores tiene una amplia experiencia en el análisis de cfDNA y ha desarrollado una gran cantidad de enfoques para el análisis de ctDNA. Recientemente, los investigadores han desarrollado un nuevo enfoque relacionado con las posiciones de los nucleosomas y la expresión génica. Los fragmentos de cfDNA se han asociado con la liberación de ADN de las células apoptóticas después del procesamiento enzimático y, por lo tanto, consisten principalmente en ADN mononucleosómico. Al realizar la secuenciación del genoma completo de cfDNA, los investigadores pudieron demostrar que en los sitios de inicio de la transcripción, la ocupación del nucleosoma da como resultado diferentes patrones de cobertura de profundidad de lectura en genes expresados ​​y silenciosos. Al emplear el aprendizaje automático para la clasificación de genes, los investigadores pudieron clasificar los genes en las células que liberan su ADN en la circulación tal como se expresa. La principal hipótesis del proyecto es que se pueden establecer grupos de cáncer de mama integrativos directamente a partir de sangre sin necesidad de una biopsia de tejido invasiva. Por lo tanto, los objetivos del estudio incluyen refinar la estratificación de los pacientes para una mejor selección de estrategias de tratamiento. Además, los investigadores obtendrán nuevos conocimientos sobre la biología del cáncer de mama metastásico, por lo que este proyecto tendrá implicaciones importantes para pacientes, oncólogos clínicos, patólogos, farmacólogos y todos los investigadores básicos interesados ​​en el cáncer.