Brystkræft flydende biopsistratificering (BALIBISTRA)

Brystkræft er den mest almindelige kræftform hos østrigske kvinder. Estimering af prognose og behandlingsstrategier er i stigende grad afhængig af stratificering af tumorer i forskellige enheder eller klasser. I øjeblikket er klinisk rutinestratificering af tumorer for det meste baseret på hormonreceptor, HER2-status og estimering af proliferation. En mere robust og objektiv klassificering af tumorer kan dog opnås ved belysning af yderligere biologiske egenskaber, hvilket også er af stigende betydning, da nye anticancerterapier er baseret på biologiske mekanismer. Som følge heraf bliver tilgængelig information fra molekylære analyser i stigende grad implementeret i rutinediagnostiske assays med det formål at forbedre stratificering for optimal behandlingsvalg. Hidtil er den mest omfattende molekylærbaserede taksonomi af brystkræft blevet opnået ved en klassificering baseret på at kombinere genekspression og somatisk kopiantal ændringer (SCNA'er), kaldet integrative klynger. Vævsbiopsier er den nuværende guldstandard for at opnå en sådan klassificering. De kan dog ofte være svære at opnå i metastaserende omgivelser og er genstand for prøveudtagningsbias på grund af intratumor heterogenitet. "Væskebiopsier" er blandt andre analytter baseret på analyse af cellefrit DNA (cfDNA), som indeholder cirkulerende tumor-DNA (ctDNA), dvs. DNA-fragmenter udskilles fra normale celler og tumorceller til blodet hos patienter med cancer. cfDNA kan opnås minimalt invasivt med en blodprøve, giver mulighed for "real-time" analyse af tumor-DNA fra kredsløbet, og blodprøver kan gentages på ethvert tidspunkt, hvilket er særligt vigtigt for overvågning af respons på terapi. Investigatorgruppen har omfattende ekspertise i analyse af cfDNA og har udviklet et væld af tilgange til ctDNA-analyse. For nylig har efterforskerne udviklet en ny tilgang, som relaterer til nukleosompositioner og genekspression. cfDNA-fragmenter er blevet forbundet med frigivelsen af ​​DNA fra apoptotiske celler efter enzymatisk behandling og består derfor hovedsageligt af mononukleosomalt DNA. Ved at udføre hel-genomsekventering af cfDNA kunne efterforskerne påvise, at ved transkriptionelle startsteder resulterer nukleosombesættelsen i forskellige læsedybdedækningsmønstre i udtrykte og tavse gener. Ved at anvende maskinlæring til genklassificering var efterforskerne i stand til at klassificere gener i celler, der frigiver deres DNA i kredsløbet som udtrykt. Hovedhypotesen for projektet er, at integrerede brystkræftklynger kan etableres fra direkte blod uden behov for en invasiv vævsbiopsi. Derfor omfatter undersøgelsens mål at forfine stratificering af patienter for et forbedret udvalg af behandlingsstrategier. Endvidere vil efterforskerne opnå ny indsigt i biologien af ​​metastatisk brystkræft, således at dette projekt vil få vigtige konsekvenser for patienter, kliniske onkologer, patologer, farmakologer og alle grundforskere, der er interesserede i kræft.