Stratifikace tekuté biopsie rakoviny prsu (BALIBISTRA)

Rakovina prsu je nejčastější rakovinou u rakouských žen. Odhad prognózy a léčebných strategií je stále více závislý na stratifikaci nádorů do různých jednotek nebo tříd. V současné době je klinická rutinní stratifikace nádorů většinou založena na hormonálním receptoru, stavu HER2 a odhadu proliferace. Robustnější a objektivnější klasifikace nádorů však může být dosažena objasněním dalších biologických vlastností, což také nabývá na významu, protože nové protinádorové terapie jsou založeny na biologických mechanismech. V důsledku toho se dostupné informace z molekulárních analýz stále více zavádějí do rutinních diagnostických testů s cílem zlepšit stratifikaci pro optimální výběr léčby. Dosud nejrozsáhlejší molekulární taxonomie rakoviny prsu byla dosažena klasifikací založenou na kombinaci genové exprese a somatických změn počtu kopií (SCNAs), označovaných jako integrativní shluky. Tkáňové biopsie jsou současným zlatým standardem pro dosažení takové klasifikace. Často však může být obtížné je získat v metastatickém nastavení a podléhají zkreslení vzorkování kvůli intratumorové heterogenitě. "Tekuté biopsie" jsou mezi jinými analyty založeny na analýze bezbuněčné DNA (cfDNA), která obsahuje cirkulující nádorovou DNA (ctDNA), tzn. Fragmenty DNA uvolněné z normálních a nádorových buněk do krve u pacientů s rakovinou. cfDNA lze získat minimálně invazivním odběrem krve, umožňuje analýzu nádorové DNA z oběhu „v reálném čase“ a vzorky krve lze opakovat v libovolném časovém bodě, což je zvláště důležité pro monitorování odpovědi na terapii. Skupina výzkumníků má rozsáhlé odborné znalosti v oblasti analýzy cfDNA a vyvinula množství přístupů pro analýzu ctDNA. Nedávno výzkumníci vyvinuli nový přístup, který se týká pozic nukleozomů a genové exprese. Fragmenty cfDNA byly spojeny s uvolňováním DNA z apoptotických buněk po enzymatickém zpracování, a proto sestávají hlavně z mononukleozomální DNA. Provedením celogenomového sekvenování cfDNA mohli vědci prokázat, že v místech počátku transkripce má obsazení nukleozomů za následek různé vzory pokrytí hloubky čtení v exprimovaných a tichých genech. Využitím strojového učení pro klasifikaci genů byli vědci schopni klasifikovat geny v buňkách, které uvolňují svou DNA do oběhu tak, jak je exprimována. Hlavní hypotézou projektu je, že integrativní shluky rakoviny prsu lze stanovit přímo z krve bez nutnosti invazivní biopsie tkáně. Mezi cíle studie proto patří upřesnění stratifikace pacientů pro lepší výběr léčebných strategií. Kromě toho výzkumníci získají nové poznatky o biologii metastatického karcinomu prsu, takže tento projekt bude mít důležité důsledky pro pacienty, klinické onkology, patology, farmakology a všechny základní výzkumníky se zájmem o rakovinu.