乳がんリキッドバイオプシーの層別化 (BALIBISTRA)
2022年10月7日 更新者：Medical University of Graz
乳がんは、オーストリアの女性に最も多いがんです。
予後の推定と治療戦略は、腫瘍をさまざまな実体またはクラスに層別化することにますます依存しています。
現在、臨床で日常的に行われている腫瘍の層別化は、主にホルモン受容体、HER2 の状態、および増殖の推定に基づいています。
しかし、腫瘍のより確実で客観的な分類は、さらなる生物学的特性の解明によって達成でき、新しい抗がん療法は生物学的メカニズムに基づいているため、これも重要性が増しています。
その結果、分子分析から得られる情報は、最適な治療選択のための層別化を改善することを目的として、日常的な診断アッセイにますます導入されています。
現在まで、乳がんの最も広範な分子ベースの分類は、統合クラスターと呼ばれる、遺伝子発現と体細胞コピー数変化 (SCNA) の組み合わせに基づく分類によって達成されています。
組織生検は、そのような分類を達成するための現在のゴールドスタンダードです。
ただし、転移環境ではそれらを入手するのが困難な場合が多く、腫瘍内の不均一性によるサンプリングバイアスの影響を受けます。
「リキッドバイオプシー」は、数ある検体の中でも特に、循環腫瘍 DNA (ctDNA) を含む無細胞 DNA (cfDNA) の分析に基づいています。
がん患者では、DNA 断片が正常細胞と腫瘍細胞から血液中に放出されます。
cfDNA は採血によって最小限の侵襲で取得でき、循環からの腫瘍 DNA の「リアルタイム」分析が可能で、血液サンプルはいつでも繰り返すことができるため、治療に対する反応をモニタリングするのに特に重要です。
研究者のグループは cfDNA の分析に関する広範な専門知識を有しており、ctDNA 分析のための多数のアプローチを開発してきました。
最近、研究者らはヌクレオソームの位置と遺伝子発現に関連する新しいアプローチを開発しました。
cfDNA フラグメントは、酵素処理後のアポトーシス細胞からの DNA 放出に関連しているため、主にモノヌクレオソーム DNA で構成されています。
研究者らは、cfDNA の全ゲノム配列決定を行うことで、転写開始部位でのヌクレオソームの占有により、発現遺伝子とサイレント遺伝子で異なる読み取り深さのカバレッジ パターンが生じることを実証できました。
遺伝子分類に機械学習を採用することにより、研究者らは、発現した DNA を血液循環に放出する細胞内の遺伝子を分類することができました。
このプロジェクトの主な仮説は、侵襲的な組織生検を必要とせずに、直接血液から統合型乳がんクラスターを確立できるということです。
したがって、研究の目的には、治療戦略の選択を改善するために患者の層別化を洗練することが含まれます。
さらに、研究者らは転移性乳がんの生物学について新たな洞察を得ることで、このプロジェクトは患者、臨床腫瘍学者、病理学者、薬理学者、がんに関心のあるすべての基礎研究者にとって重要な意味を持つことになるだろう。
調査の概要
詳細な説明
研究者らは、詳細な臨床データを持つ臨床的注釈が付けられた144人の患者から340個の血漿サンプルを収集した。 すべての血漿サンプルは、体細胞コピー数変化（SCNA）の最初の評価のために、配列読み取り深度からコピー数を測定するアプローチである血漿 Seq によってすでに分析されています。 このプロジェクトは実現可能性研究を表すものであるため、研究者らはシス作用性変化がどの程度まで決定できるかを評価したいと考えている。すなわち、我々のグループが以前に発表したヌクレオソーム位置マッピングを介して、対応する遺伝子発現変化を確立したいと考えている。 結果は、SCNA-seq および RNA-seq による対応する原発腫瘍の分析によって裏付けられます。
研究者らは、340 個の血漿サンプルから、管腔性（つまり、血漿）の代表として 59 個を選択しました。 17q23、11q13/q14、8p12、8q に増幅があり、16p と 1q のゲインがあるもの。 n=25)、基礎(すなわち、 ゲノムの高度な不安定性により、8q、10p、12p の増加およびさまざまな増幅が発生します。 n=25)、ERBB2/HER2 (つまり、 HER2 遺伝子を中心とした 17q の高レベルの増幅。 n=9)。 これらのサンプルは、取得された配列から変異とヌクレオソームの位置の両方を抽出できるように、高いカバー率 (70x) で配列決定されます。
研究の種類
観察的
入学 (予想される)
59
連絡先と場所
このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。
研究場所
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Graz、オーストリア、8010
- Medical University of Graz
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参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
18年～99年 (大人、高齢者)
健康ボランティアの受け入れ
いいえ
受講資格のある性別
女性
サンプリング方法
確率サンプル
調査対象母集団
この研究には、乳がんの組織学的診断と適切な臨床データが証明されている女性が含まれています。
参加者はグラーツ医科大学病院で募集されました。
説明
包含基準:
乳がんの組織学的診断、原発腫瘍組織およびctDNA含有量の高い血漿DNAの入手可能性。
除外基準:
患者は参加を拒否します。
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
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概念実証として、詳細な血漿 DNA 分析のみに基づいて患者を層別化する能力を評価する
時間枠：3年
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前後の治療を含む臨床病理学的特徴が各患者について記録された。
各患者について、管腔、基底、ERBB2/HER2 への標準分類が実施され、利用可能です。
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3年
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協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
捜査官
- 主任研究者：Michael R Speicher, MD、Medical University of Graz
出版物と役立つリンク
研究に関する情報を入力する責任者は、自発的にこれらの出版物を提供します。これらは、研究に関連するあらゆるものに関するものである可能性があります。
一般刊行物
- Heitzer E, Haque IS, Roberts CES, Speicher MR. Current and future perspectives of liquid biopsies in genomics-driven oncology. Nat Rev Genet. 2019 Feb;20(2):71-88. doi: 10.1038/s41576-018-0071-5.
- Ulz P, Belic J, Graf R, Auer M, Lafer I, Fischereder K, Webersinke G, Pummer K, Augustin H, Pichler M, Hoefler G, Bauernhofer T, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Whole-genome plasma sequencing reveals focal amplifications as a driving force in metastatic prostate cancer. Nat Commun. 2016 Jun 22;7:12008. doi: 10.1038/ncomms12008.
- Ulz P, Heitzer E, Speicher MR. Co-occurrence of MYC amplification and TP53 mutations in human cancer. Nat Genet. 2016 Feb;48(2):104-6. doi: 10.1038/ng.3468. No abstract available.
- Ulz P, Thallinger GG, Auer M, Graf R, Kashofer K, Jahn SW, Abete L, Pristauz G, Petru E, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA. Nat Genet. 2016 Oct;48(10):1273-8. doi: 10.1038/ng.3648. Epub 2016 Aug 29.
研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始 (実際)
2018年10月1日
一次修了 (予想される)
2023年10月1日
研究の完了 (予想される)
2023年10月1日
試験登録日
最初に提出
2019年6月18日
QC基準を満たした最初の提出物
2019年6月18日
最初の投稿 (実際)
2019年6月20日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
2022年10月10日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2022年10月7日
最終確認日
2022年10月1日
詳しくは
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。
乳がんの臨床試験
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