大规模平行测序鉴定支气管肺泡灌洗液中的微生物

5.1 受试者将根据临床适应症接受支气管镜检查和 BAL。 技术和设备将根据威彻斯特医疗中心 (WMC) 当前的临床实践。 支气管镜通常通过人工气道（气管插管或喉罩气道）引入。 灌洗是用无菌生理盐水进行的。 根据放射学或临床数据以及支气管镜检查期间气道的外观来选择进行灌洗的部位。 灌洗液的典型体积为 3 份，每份 1 ml/kg，每份最多 20 ml。

5.2 当 WMC 实验室收到 10 毫升或更多的 BAL 液时，BAL 液将由 WMC 实验室分配用于所有医生订购的临床实验室测试和大规模平行测序研究测试。 这将确保为所有临床测试提供足够的 BAL 材料。

5.3 用于研究的 BAL 液将由 WMC 实验室保存，并由研究人员提取，在纽约医学院基因组学核心设施进行处理。

5.4 研究部分将进一步划分为病毒分离、细菌分离、真菌核酸分离。 将平行制备用于 BAL 的液体对照样本。 将分离细菌/真菌 DNA 和病毒 DNA 和 RNA。 全基因组测序文库将在 Illumina MiSeq 上批量生成和测序。

FASTQ 文件将被解复用，然后使用 Phylosift.11 与微生物基因组进行比对 存在于患者和对照样本中的 DNA 序列将作为污染物丢弃。 鉴定出的优势生物体将与用于验证不依赖于培养物的结果的基于培养物的技术的结果相匹配。