Massivt parallell sekvensering för att identifiera mikrobiologiska organismer i bronkoalveolär sköljvätska

5.1 Försökspersoner kommer att genomgå bronkoskopi och BAL baserat på kliniska indikationer. Tekniker och utrustning kommer att vara enligt nuvarande klinisk praxis vid Westchester Medical Center (WMC). Bronkoskopet introduceras vanligtvis antingen via en konstgjord luftväg (endotrakealtub eller larynxmask luftväg). Sköljningen utförs med steril normal koksaltlösning. Platsen för att utföra sköljningen väljs baserat på radiologiska eller kliniska data och på utseendet på luftvägarna under bronkoskopin. Den typiska volymen för sköljningen är 3 alikvoter på 1 ml/kg vardera, med ett max på 20 ml per alikvot.

5.2 När 10 ml eller mer BAL-vätska tas emot av WMC-laboratoriet, kommer BAL-vätskan att delas av WMC-laboratoriet för alla läkarebeställda kliniska laboratorietester och för massivt parallella sekvenseringsforskningstester. Detta kommer att säkerställa att tillräckligt med BAL-material finns tillgängligt för alla kliniska tester.

5.3 BAL-vätskan för forskning kommer att hållas av WMC-laboratoriet och hämtas av forskarpersonal för bearbetning vid New York Medical College Genomics Core Facility.

5.4 Forskningsdelen kommer att delas upp ytterligare för isolering av virus-, bakterie- och svampnukleinsyraisolering. Ett kontrollprov av vätska som används för BAL kommer att beredas parallellt. Bakteriellt/svamp-DNA och viralt DNA och RNA kommer att isoleras. Helgenomsekvenseringsbibliotek kommer att genereras och sekvenseras i partier på Illumina MiSeq.

FASTQ-filer kommer att demultiplexeras och sedan anpassas till mikrobiella genom med Phylosift.11 DNA-sekvenser som finns i både patient- och kontrollprover kommer att kasseras som kontaminant. Den eller de övervägande organismerna som identifieras kommer att matchas till resultaten av de kulturbaserade tekniker som används för att verifiera de kulturoberoende resultaten.