Massiivinen rinnakkaissekvensointi mikrobiologisten organismien tunnistamiseksi bronkoalveolaarisessa huuhtelunesteessä
Massiivinen rinnakkaissekvensointi mikrobiologisten organismien tunnistamiseksi bronkoalveolaarisessa huuhtelunesteessä lapsilla, nuorilla ja nuorilla aikuisilla hematopoieettisen kantasolusiirron jälkeen
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
5.1 Koehenkilöille tehdään bronkoskopia ja BAL kliinisten indikaatioiden perusteella. Tekniikat ja laitteet ovat Westchester Medical Centerin (WMC) nykyisen kliinisen käytännön mukaisia. Bronkoskooppi viedään yleensä joko keinotekoisen hengitystien (endotrakeaaliputken tai kurkunpään maskin hengitysteiden) kautta. Huuhtelu suoritetaan steriilillä normaalilla suolaliuoksella. Huuhtelupaikka valitaan radiologisten tai kliinisten tietojen ja hengitysteiden ulkonäön perusteella bronkoskopian aikana. Tyypillinen huuhtelun tilavuus on 3 alikvoottia, joista kukin on 1 ml/kg, enintään 20 ml alikvoottia kohden.
5.2 Kun WMC-laboratorio vastaanottaa 10 ml tai enemmän BAL-nestettä, WMC-laboratorio jakaa BAL-nesteen kaikkia lääkärin määräämiä kliinisiä laboratoriotestejä ja massiivisesti rinnakkaisia sekvensointitutkimustestejä varten. Näin varmistetaan, että kaikkiin kliinisiin testeihin on saatavilla riittävästi BAL-materiaalia.
5.3 Tutkimuskäyttöön tarkoitettu BAL-neste säilytetään WMC-laboratoriossa, ja tutkimushenkilöstö noutaa sen käsittelyä varten New York Medical Collegen genomiikan ydinlaitoksessa.
5.4 Tutkimusosuus jaetaan edelleen virus-, bakteeri- ja sieninukleiinihapon eristämistä varten. BAL:iin käytetystä nesteestä valmistetaan samanaikaisesti kontrollinäyte. Bakteeri-/sieni-DNA ja virus-DNA ja RNA eristetään. Kokonaisia genomin sekvensointikirjastoja luodaan ja sekvensoidaan erissä Illumina MiSeqissä.
FASTQ-tiedostot demultipleksoidaan ja kohdistetaan sitten mikrobigenomeihin käyttämällä Phylosift-ohjelmaa.11 Sekä potilas- että kontrollinäytteissä olevat DNA-sekvenssit hylätään kontaminanttina. Tunnistetut vallitsevat organismit yhdistetään viljelyyn perustuvien tekniikoiden tuloksiin, joita on käytetty viljelmästä riippumattomien tulosten tarkistamiseen.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Odotettu)
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit
- Potilaan ikä < 30 vuotta
- Autologisen tai allogeenisen kantasolusiirron vastaanottaja edellisten 365 päivän aikana
- Vaatii bronkoalveolaarisen huuhtelun kliinisissä indikaatioissa
- Allekirjoitettu suostumus Poissulkemiskriteerit
- Allekirjoitetun tietoisen suostumuksen puute
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Massiivisen rinnakkaissekvensoinnin (MPS) ja standardien mikrobiologisen tekniikan tulosten välinen vastaavuusprosentti.
Aikaikkuna: 10 päivää
|
Lapset, nuoret ja nuoret aikuiset (CAYA) hematopoieettisten kantasolujen siirron (HSCT) koehenkilöille, joilla on kliinisiä oireita/aiheita, suoritetaan bronkoalveolaarinen huuhtelu (BAL). Näytteille, joilla on riittävä BAL-nestemäärä (> 10 ml), suoritetaan sekä massiivinen rinnakkaissekvensointi että standardi. mikrobiologisen tekniikan vertailu.
|
10 päivää
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muut tutkimustunnusnumerot
- NYMC 181
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
IPD-jaon aikakehys
IPD-jakamista tukeva tietotyyppi
- CSR
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .
Kliiniset tutkimukset Keuhkotulehdus
-
Region VästmanlandValmisTutkimuksen painopiste on Postoperative Pulmonary AtelectacisRuotsi
-
Beijing Aerospace General HospitalValmisOmmel | Videoavusteinen torakoskooppinen leikkaus | Kyhmy, Solitary PulmonaryKiina
Kliiniset tutkimukset massiivisesti rinnakkaista sekvensointia
-
Imperial College London Diabetes CentreTuntematonMendelin häiriöt | Geneettinen häiriö | Uusi mutaatio | Perinnöllinen häiriö | De Novo -mutaatio | Perinnöllinen sairaus | Yhden geenin viatYhdistyneet Arabiemiirikunnat
-
ReprogeneticsReproductive Medicine Lab, LLCTuntematon
-
Peking Union Medical CollegeTuntematonNaisen rintojen kasvain | Mutaatio | TerapeutiikkaKiina
-
University Hospital, Strasbourg, FranceValmisPrimaarinen immuunikato (PID) yleinen muuttuva immuunivajaus (CVID)Ranska
-
Hospices Civils de LyonTuntematon
-
Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine InstituteRekrytointi