Masowo równoległe sekwencjonowanie w celu identyfikacji organizmów mikrobiologicznych w płynie z popłuczyn oskrzelowo-pęcherzykowych

5.1 Uczestnicy zostaną poddani bronchoskopii i BAL w oparciu o wskazania kliniczne. Techniki i sprzęt będą zgodne z aktualną praktyką kliniczną w Westchester Medical Center (WMC). Bronchoskop jest zwykle wprowadzany przez sztuczne drogi oddechowe (rurka intubacyjna lub maska ​​krtaniowa). Płukanie przeprowadza się sterylną solą fizjologiczną. Miejsce wykonania płukania wybiera się na podstawie danych radiologicznych lub klinicznych oraz wyglądu dróg oddechowych podczas bronchoskopii. Typowa objętość płukania to 3 porcje po 1 ml/kg każda, maksymalnie 20 ml na porcję.

5.2 Gdy laboratorium WMC otrzyma co najmniej 10 ml płynu BAL, zostanie on podzielony przez laboratorium WMC na wszystkie zlecone przez lekarza kliniczne badania laboratoryjne oraz na potrzeby masowo równoległych testów badawczych sekwencjonowania. Zapewni to dostępność wystarczającej ilości materiału BAL do wszystkich testów klinicznych.

5.3 Płyn BAL do badań będzie przechowywany przez laboratorium WMC i odbierany przez personel badawczy do przetwarzania w New York Medical College Genomics Core Facility.

5.4 Część badawcza zostanie dodatkowo podzielona na izolację wirusowych, bakteryjnych i grzybiczych kwasów nukleinowych. Równolegle będzie przygotowywana kontrolna próbka płynu użytego do BAL. Wyizolowane zostanie DNA bakteryjne/grzybowe oraz wirusowe DNA i RNA. Biblioteki do sekwencjonowania całego genomu będą generowane i sekwencjonowane partiami na Illumina MiSeq.

Pliki FASTQ zostaną zdemultipleksowane, a następnie dopasowane do genomów drobnoustrojów przy użyciu Phylosift.11 Sekwencje DNA obecne zarówno w próbkach pacjenta, jak iw próbkach kontrolnych zostaną odrzucone jako zanieczyszczenia. Zidentyfikowany organizm dominujący zostanie dopasowany do wyników technik opartych na hodowli stosowanych do weryfikacji wyników niezależnych od hodowli.