Массивно-параллельное секвенирование для идентификации микробиологических организмов в жидкости бронхоальвеолярного лаважа
Массивно-параллельное секвенирование для идентификации микробиологических организмов в жидкости бронхоальвеолярного лаважа у детей, подростков и молодых людей после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток
Обзор исследования
Статус
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
5.1 Субъектам будет проведена бронхоскопия и БАЛ по клиническим показаниям. Методы и оборудование будут соответствовать текущей клинической практике Вестчестерского медицинского центра (WMC). Бронхоскоп обычно вводят через искусственные дыхательные пути (эндотрахеальную трубку или ларингеальную маску). Лаваж проводят стерильным физиологическим раствором. Место выполнения лаважа выбирают на основании рентгенологических или клинических данных и внешнего вида дыхательных путей при бронхоскопии. Типичный объем лаважа составляет 3 аликвоты по 1 мл/кг каждая, но не более 20 мл на аликвоту.
5.2 Когда 10 мл или более жидкости БАЛ поступает в лабораторию ММЦ, жидкость БАЛ будет разделена лабораторией ММЦ для всех назначенных врачом клинических лабораторных тестов и для массовых параллельных исследовательских тестов. Это обеспечит наличие достаточного количества материала БАЛ для всех клинических тестов.
5.3 Жидкость БАЛ для исследований будет храниться в лаборатории WMC и забираться научным персоналом для обработки в Центре геномики Нью-Йоркского медицинского колледжа.
5.4 Исследовательская часть будет дополнительно разделена на выделение вирусных, бактериальных и грибковых нуклеиновых кислот. Параллельно будет приготовлена контрольная проба жидкости, используемой для БАЛ. Бактериальная/грибковая ДНК и вирусная ДНК и РНК будут выделены. Библиотеки полногеномного секвенирования будут создаваться и секвенироваться партиями на Illumina MiSeq.
Файлы FASTQ будут демультиплексированы, а затем сопоставлены с микробными геномами с помощью Phylosift.11 Последовательности ДНК, присутствующие как в образцах пациента, так и в контрольных образцах, будут отброшены как загрязнители. Идентифицированный преобладающий организм(ы) будет сопоставлен с результатами культуральных методов, используемых для проверки результатов, независимых от культур.
Тип исследования
Регистрация (Ожидаемый)
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
Принимает здоровых добровольцев
Полы, имеющие право на обучение
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения
- Возраст пациента < 30 лет
- Реципиент аутологичной или аллогенной трансплантации стволовых клеток в предыдущие 365 дней.
- Требуется бронхоальвеолярный лаваж по клиническим показаниям
- Подписанное согласие Критерии исключения
- Отсутствие подписанного информированного согласия
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Процентное соответствие между массовым параллельным секвенированием (MPS) и результатами стандартного микробиологического метода.
Временное ограничение: 10 дней
|
Детям, подросткам и молодым взрослым (CAYA) с трансплантацией гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК) с клиническими симптомами / показаниями будет проведен бронхоальвеолярный лаваж (БАЛ), а образцы от тех, у кого достаточный объем жидкости БАЛ (> 10 мл), подвергаются как массивному параллельному секвенированию, так и стандартному сравнение микробиологических методов.
|
10 дней
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Действительный)
Завершение исследования (Действительный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Другие идентификационные номера исследования
- NYMC 181
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Описание плана IPD
Сроки обмена IPD
Совместное использование IPD Поддерживающий тип информации
- КСО
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .
Клинические исследования Легочная инфекция
-
IRCCS Sacro Cuore Don Calabria di NegrarРекрутингOropouche InfectionИталия
-
Sheba Medical CenterРекрутингDientamoeba fragilis InfectionИзраиль
-
South Valley UniversityРекрутингПроказа | Mycobacterium Leprae InfectionЕгипет
-
Research Institute of Epidemiology, Microbiology...Активный, не рекрутирующий