기관지폐포 세척액에서 미생물 유기체를 식별하기 위한 대규모 병렬 시퀀싱

5.1 피험자는 임상 적응증에 따라 기관지경 검사 및 BAL을 받게 됩니다. 기술과 장비는 Westchester Medical Center(WMC)의 현재 임상 실습에 따를 것입니다. 기관지경은 일반적으로 인공 기도(기관내관 또는 후두 마스크 기도)를 통해 도입됩니다. 세척은 멸균 생리 식염수로 수행됩니다. 세척을 수행할 부위는 방사선학적 또는 임상적 데이터와 기관지경 검사 중 기도의 모양에 따라 선택됩니다. 세척액의 일반적인 부피는 각 1ml/kg의 3개 분취량이며 분취량당 최대 20ml입니다.

5.2 10ml 이상의 BAL 유체가 WMC 실험실에 접수되면 BAL 유체는 WMC 실험실에서 의사가 지시한 모든 임상 실험실 테스트와 대규모 병렬 시퀀싱 연구 테스트를 위해 나뉩니다. 이렇게 하면 모든 임상 테스트에 충분한 BAL 재료를 사용할 수 있습니다.

5.3 연구용 BAL 유체는 WMC 실험실에서 보관하고 New York Medical College Genomics Core Facility에서 처리하기 위해 연구원이 픽업합니다.

5.4 연구 부분은 바이러스, 박테리아 및 진균 핵산 분리의 분리를 위해 더 나뉩니다. BAL에 사용되는 유체의 제어 샘플은 병렬로 준비됩니다. 박테리아/곰팡이 DNA와 바이러스 DNA 및 RNA가 분리됩니다. 전체 게놈 시퀀싱 라이브러리는 Illumina MiSeq에서 배치로 생성되고 시퀀싱됩니다.

FASTQ 파일은 역다중화된 다음 Phylosift를 사용하여 미생물 게놈에 정렬됩니다.11 환자와 대조군 샘플 모두에 존재하는 DNA 서열은 오염 물질로 폐기됩니다. 식별된 우세 유기체(들)는 배양 독립적인 결과를 확인하는 데 사용된 배양 기반 기술의 결과와 일치합니다.