Séquençage massivement parallèle pour identifier les organismes microbiologiques dans le liquide de lavage bronchoalvéolaire

5.1 Les sujets subiront une bronchoscopie et un BAL en fonction des indications cliniques. Les techniques et l'équipement seront conformes à la pratique clinique actuelle du Westchester Medical Center (WMC). Le bronchoscope est généralement introduit soit par une voie aérienne artificielle (sonde endotrachéale ou masque laryngé). Le lavage est réalisé avec du sérum physiologique stérile. Le site d'exécution du lavage est choisi en fonction des données radiologiques ou cliniques et de l'aspect des voies respiratoires lors de la bronchoscopie. Le volume typique du lavage est de 3 aliquotes de 1 ml/kg chacune, avec un maximum de 20 ml par aliquote.

5.2 Lorsque 10 ml ou plus de liquide BAL sont reçus par le laboratoire WMC, le liquide BAL sera divisé par le laboratoire WMC pour tous les tests de laboratoire clinique commandés par le médecin et pour les tests de recherche de séquençage massivement parallèle. Cela garantira que suffisamment de matériel BAL est disponible pour tous les tests cliniques.

5.3 Le fluide BAL pour la recherche sera conservé par le laboratoire WMC et récupéré par le personnel de recherche pour être traité au New York Medical College Genomics Core Facility.

5.4 La partie recherche sera en outre divisée pour l'isolement des acides nucléiques viraux, bactériens et fongiques. Un échantillon témoin de fluide utilisé pour le BAL sera préparé en parallèle. L'ADN bactérien/fongique et l'ADN et l'ARN viraux seront isolés. Des bibliothèques de séquençage du génome entier seront générées et séquencées par lots sur Illumina MiSeq.

Les fichiers FASTQ seront démultiplexés puis alignés sur les génomes microbiens à l'aide de Phylosift.11 Les séquences d'ADN présentes à la fois dans les échantillons du patient et de contrôle seront rejetées en tant que contaminants. Le ou les organismes prépondérants identifiés seront appariés aux résultats des techniques basées sur la culture utilisées pour vérifier les résultats indépendants de la culture.