用于检测 SARS-CoV-2 病毒的 RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 试剂盒的性能评估

考虑到当前的全球大流行，就像任何其他国家一样，孟加拉国要抗击 COVID-19 的传播变得非常困难。 孟加拉国需要增加检测数量，为满足这一需求，该国迫切需要增加检测试剂盒。

目前我们完全依赖进口试剂盒。 在全球都面临RT-PCR试剂盒紧缺之际，从其他国家进口似乎十分困难。 主要是，制造这些套件的国家首先专注于满足本国的需求，因此这些国家禁止出口这些套件。 因此，试剂盒的可用性将成为孟加拉国增加国内检测的一个大问题。

其次，由于全球范围内的封锁情况，从另一个国家运送这些工具包似乎是我们目前面临的第二大问题。 这些工具包在到达我们国家之前在机场滞留了数周。 更不用说，在整个不确定的运输过程中，试剂盒的质量正在受到威胁。 RT-PCR 测试套件对温度非常敏感，必须保持冷链才能正确执行测试。

一旦获得批准，这种基于定性 RT-PCR 的试剂盒可以成为孟加拉国有效诊断和临床管理 COVID-19 以及政府采取的集体行动的主要工具。孟加拉国。 在孟加拉国研发生产，意味着疫情期间不会出现检测试剂盒短缺的情况，也有可能在满足国内需求后出口。 与其他市售试剂盒相比，该试剂盒绝对具有性价比，价格将比国内市售试剂盒低30%左右。 孟加拉国政府目前的购买价格。 进口 COVID-19 RT-PCR 测试的每次测试约为。 Tk。 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 每次测试成本约为。 Tk。 1940/=

然而，我国尚未开展此类RT-PCR方法检测SARS-CoV-2病毒的性能评价研究。 这是

我们设计此方案以评估孟加拉国 RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 试剂盒对 SARS-CoV-2 病毒性能的基本原理。

假设：

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 将成为使用鼻咽拭子样本检测 SARS CoV-2 病毒的有效诊断工具。

方法：

研究类型和目的：

这是一项病例对照研究。 这项研究有望验证本地开发的 RealDetect COVID-19 RT-PCR 试剂盒是否适合在孟加拉国用于检测从疑似 COVID-19 患者采集的标本中的 SARS-CoV-2。

研究人群和样本 将对总共 120 个样本进行测试和分析。 在 120 个样本中，有 60 个将存储来自 IEDCR 的样本（30 个 COVID-19 阳性样本和 30 个 COVID-19 阴性样本）。 在发送到 ideSHi 之前，样本的阳性/阴性状态将被隐藏。 样品已在 -80 摄氏度下储存在 IEDCR 冰箱中。

此外，将在 IEDCR 进行测试的 60 个新鲜样本也将在 ideSHi 使用 RealDetect 进行实时测试。 这些样品也将由 IEDCR 进行盲化，并在可用时发送到测试实验室 (ideSHi)。 在这 60 个样本中，30 个为 COVID-19 阳性样本，30 个为 COVID-19 阴性样本。 这些新鲜样品将提供给 ideSHi 进行测试和分析，以评估 RealDetect COVID-19 RT-PCR 试剂盒的性能。 PI 将协调这些活动。

IEDCR 将为 ideSHi 提供用于 RealDetect RT-PCR Kit 检测 COVID-19 的性能评估研究所需的样本。 这里应该提到的是，IEDCR 是孟加拉国检测 COVID-19 的政府参考实验室。 ideSHi 和 IEDCR 之间有一份谅解备忘录，这两个组织从 2014 年开始就一直在开展合作工作。 因此，IEDCR 参与了这项研究。

为避免偏倚，ideSHi (CRO) 研究人员将对 IEDCR 提供的样本不知情。 也就是说，ideSHi的调查人员不会知道60个样本中哪些样本是阳性的，60个样本中哪些样本是阴性的。 使用 RealDetect RT-PCR Kit 运行 RT-PCR 后，ideSHi 会将结果发送给首席研究员。 首席调查员还将收到相同样本的 IEDCR 结果。 最后，PI 将比较 ideSHi 和 IEDCR 的结果，并确定灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值。

研究设计：病例对照研究。

样本量的统计基础：

公式：

变量符号：

Α（I 类错误的概率）（显着性水平）是拒绝真实原假设 (0.05) 的概率 BT（II 类错误的概率）（1 - 检验的功效）是未能拒绝假零假设 (0.80)。

PA（A型不一致对的比例），A型不一致对在不一致对中的比例（1/4） PD（不一致对的比例）在所有对中（0.11）

Npairs，所需样本量对 2x60=120 使用匹配对设计，匹配对中的一名患者分配给 RT-PCR COVID-19 阳性，另一名患者分配给 RT-PCR COVID-19 阴性。 使用类型 I 错误 = 0.05 的双侧检验，需要在研究中登记多少配对才能有 95% 的机会发现显着差异？ 因此，我们将使用总共 120 个样本； 60 个 COVID-19 阳性样本和 60 个 COVID-19 阴性样本。

选择COVID-19阳性和阴性标本的诊断标准：

IEDCR 使用许多不同的工具包进行 COVID-19 检测。 这些试剂盒包括，(1) 用于 COVID-19 检测的 A*Star Fortitute 试剂盒 2（新加坡），(2) Sansure Biotec Limited（中国），(3) ModularDx 试剂盒（TIB Molecular Biology，德国）和 (4) DaAn 试剂盒（中国）。 在这 2 个套件中，A*Star Fortitude 套件 2 因其性能而被称为 IEDCR 中最好的套件，因为它很少产生假阳性或假阴性结果。

A*Star Fortitude 套件 2 用于确认 IEDCR 中其他套件的任何不一致结果。 也就是说，IEDCR 使用 A*Star Fortitude Kit 作为 COVID 检测的黄金标准。 在我们的案例中，这是选择该套件的主要原因，以便比较 RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 套件的性能。

不需要患者的同意。 标本将从 IEDCR 获得，因此不需要患者登记和患者同意。

所有标本将根据病毒 RNA 的 Ct 值≤ 30 的 RT-PCR 阳性结果诊断为 COVID-19 阳性。 如果呼吸道

如果标本在实验室针对 SARS-CoV-2 的保守病毒基因进行 RT-PCR 分析得出阳性结果，则将被视为 COVID-19 确诊阳性病例。

另一方面，如果呼吸道标本在针对 SARS-CoV-2 保守病毒基因的实验室进行 RT-PCR 分析时给出阴性结果且没有扩增，则将被视为 COVID-19 确诊阴性病例.

学习地点：发展科学与健康倡议研究所 (ideSHi)； Mohakhali，达卡。

样本采集点：病毒学实验室，流行病学、疾病控制和研究研究所 (IEDCR)，Mohakhali，达卡

注：IEDCR 将为 ideSHi 提供用于 RealDetect RT-PCR Kit 检测 COVID-19 的性能评估研究所需的样本。 这里应该提到的是，IEDCR 是孟加拉国检测 COVID-19 的政府参考实验室。 IEDCR 在 - 80°C 下有自己的存储样本。 ideSHi 和 IEDCR 之间有一份谅解备忘录，这两个组织从 2014 年开始就一直在开展合作工作。

数据收集程序：COVID-19 阳性样本将通过病毒 RNA 的阳性 RT-PCR 结果的实验​​室发现来确认。 样本的选择将按照纳入和排除标准进行。 数据收集后，数据将存储在 Excel 表格中，以供日后分析。

数据分析：

将确定 RealDetect™ RT-PCR 试剂盒的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值。 除了敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值外，还将计算 Kappa 系数、阳性似然比和阴性似然比

将使用非配对 t 检验、Wilcox 检验、秩检验、比较检验、均值检验、灵敏度/特异性检验、回归分析和具​​有 95% CI 的几何平均值来分析数据。 它将需要进行单变量分析。 p 值≤0.05 将被视为显着关联水平。 敏感性、特异性、kappa系数、阳性预测值（PPV）、阴性预测值（NPV）、阳性似然比（LR+）、阴性似然比（LR-）和效率将使用以下公式计算，其中TP是真阳性数，FP 假阳性数，False negative (FN) 假阴性数和 True Negative (TN) 真阴性数：灵敏度 = True positive (TP)/[TP + FN]；特异性 = TN/ [TN + 假阳性 (FP)]； Kappa 系数 K=(Observed Agreement (OA)- Agreement by Chance (AC)/ (1-AC)；准确性 = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]；阳性预测值 (PPV) = TP /[TP + FP]；阴性预测值 (NPV) = TN/[TN + FN]；LR+= 灵敏度/[100 - 特异性] 和 LR- = [100 - 灵敏度]/特异性

结果的利用：

1. RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 试剂盒的性能评估研究需要孟加拉国医学研究委员会 (BMRC) 的伦理许可。
2. 这将有助于进一步处理 RealDetect ™ COVID-19 RT-PCR 试剂盒，以符合药品管理局总干事 (DGDA) 的规定，以便在孟加拉国合法销售产品。

设施：

孟加拉国健康科学大学 (BUHS) 的首席研究员和其他研究人员将协调评估、数据分析和发布。 但是，测试将在一个单独的组织中使用来自 ideSHi 的 IEDCR 的盲法样本进行。 它是政府选定的组织之一，已指定进行 COVID-19 测试以提供服务，同时也是注册的合同研究组织 (CRO)。 该研究所拥有国际标准生物安全水平 (BSL) 2 plus 和 BSL 设施，配备精密设备，如实时 PCR 机，这是检测 COVID-19 的实时 RT-PCR 所必需的。

部门/研究所负责人的批准：

这项合作研究将在以下机构进行：

流行病学、疾病控制和研究研究所 (IEDCR)，Mohakhali，达卡（用于样本收集和样本储存）和发展科学与健康倡议研究所 (ideSHi)； Mohakhali, Dhaka（用于样本分析、数据收集、数据分析）

伦理意义：

为避免偏差，该研究将对参与该研究的 ideSHi 研究人员不知情。

将获得孟加拉国医学研究委员会的许可。

在数据收集和数据存储期间和之后将严格维护隐私和机密性。