Valutazione delle prestazioni del kit RealDetect™ COVID-19 RT-PCR per il rilevamento del virus SARS-CoV-2

Considerando l'attuale pandemia globale, proprio come qualsiasi altro paese, sta diventando molto difficile per il Bangladesh combattere la diffusione del COVID-19. In Bangladesh è necessario un numero maggiore di test e per far fronte a questa domanda è urgentemente necessario un aumento dei kit di analisi nel paese.

Attualmente dipendiamo totalmente dai kit di test importati. Nel momento in cui il mondo intero sta affrontando una carenza di kit di test RT-PCR, l'importazione da altri paesi sembra essere molto difficile. In primo luogo, i paesi che producono questi kit si concentrano prima di soddisfare la domanda nei propri paesi e quindi quei paesi impongono il divieto di esportare questi kit. Quindi, la disponibilità dei kit diventerà un grosso problema per il Bangladesh per aumentare i test nel paese.

In secondo luogo, a causa della situazione di blocco in tutto il mondo, il trasporto di questi kit da un altro paese sembra il secondo grande problema che stiamo affrontando in questo momento. I kit sono bloccati negli aeroporti per settimane prima di arrivare nel nostro Paese. Per non parlare del fatto che la qualità dei kit di test viene messa a repentaglio dall'intero incerto processo di trasporto. I kit di test RT-PCR sono molto sensibili alla temperatura e il mantenimento della catena del freddo è obbligatorio per eseguire correttamente il test.

Una volta approvato, questo kit qualitativo basato su RT-PCR può essere uno strumento principale per il Bangladesh nella diagnosi efficace e nella gestione clinica di COVID-19 insieme alle azioni collettive intraprese dal governo. del Bangladesh. Essendo sviluppato e prodotto in Bangladesh significa che non mancheranno i kit di test durante questa pandemia e sarà anche possibile esportare il kit dopo aver soddisfatto le esigenze nazionali. Il kit sarà sicuramente conveniente rispetto ad altri kit disponibili in commercio e il prezzo sarà inferiore di circa il 30% rispetto ai kit disponibili in commercio nel paese. Prezzo di acquisto attuale del governo del Bangladesh. per test del test COVID-19 RT-PCR importato è di ca. Tk. 2780/= e RealDetect™ COVID-19 RT-PCR per test il costo sarà di ca. Tk. 1940/=

Tuttavia, questo tipo di studio di valutazione delle prestazioni sul metodo RT-PCR per il rilevamento del virus SARS-CoV-2 non è stato ancora condotto nel nostro paese. Questo è

il motivo per cui abbiamo progettato questo protocollo per la valutazione delle prestazioni del kit RealDetect™ COVID-19 RT-PCR in Bangladesh per il virus SARS-CoV-2.

Ipotesi:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR sarà uno strumento diagnostico efficace per il rilevamento del virus SARS CoV-2 utilizzando campioni di tampone nasofaringeo.

Metodologia:

Tipo di studio e scopo:

Questo è uno studio caso controllo. Questo studio dovrebbe convalidare se il kit RealDetect COVID-19 RT-PCR sviluppato localmente è adatto all'uso in Bangladesh per il rilevamento di SARS-CoV-2 in campioni raccolti da pazienti sospetti di COVID-19.

Popolazione di studio e campioni Verranno effettuati test e analisi su un totale di 120 esemplari. Dei 120 campioni, 60 saranno conservati campioni (30 campioni positivi al COVID-19 e 30 campioni negativi al COVID-19) da IEDCR. Lo stato positivo/negativo dei campioni verrà oscurato prima dell'invio a ideSHi. I campioni sono già stati conservati a -80 gradi Celsius nel congelatore IEDCR.

Inoltre, 60 campioni freschi che saranno testati all'IEDCR saranno testati anche all'ideSHi utilizzando RealDetect in tempo reale. Questi campioni saranno anche accecati da IEDCR e inviati al laboratorio di test (ideSHi) non appena saranno disponibili. Di questi 60 campioni, 30 saranno positivi al COVID-19 e 30 negativi al COVID-19. Questi nuovi campioni saranno forniti a ideSHi per test e analisi per la valutazione delle prestazioni del kit RealDetect COVID-19 RT-PCR. Il PI coordinerà queste attività.

IEDCR fornirà a ideSHi i campioni necessari per lo studio di valutazione delle prestazioni del kit RealDetect RT-PCR per il rilevamento di COVID-19. Va menzionato qui che IEDCR è il laboratorio di riferimento del governo per il rilevamento di COVID-19 in Bangladesh. Esiste un protocollo d'intesa tra ideSHi e IEDCR e queste due organizzazioni collaborano dal 2014. Così IEDCR è stato coinvolto in questo studio.

Per evitare pregiudizi, i ricercatori di ideSHi (CRO) saranno all'oscuro dei campioni forniti da IEDCR. Cioè, i ricercatori ideSHi non sapranno quale dei 60 campioni è positivo e quale dei 60 campioni è negativo. Dopo l'esecuzione della RT-PCR utilizzando il kit RealDetect RT-PCR, ideSHi invierà i risultati al ricercatore principale. Il ricercatore principale riceverà anche i risultati IEDCR per gli stessi campioni. Infine, il PI confronterà i risultati di ideSHi e IEDCR e determinerà la sensibilità, la specificità, il valore predittivo positivo e il valore predittivo negativo.

Disegno dello studio: studio caso controllo.

Base statistica della dimensione del campione:

Formule:

Notazioni variabili:

Α (probabilità di errore di tipo I) (livello di significatività) è la probabilità di rifiutare l'ipotesi nulla vera (0.05) Β (probabilità di errore di tipo II) (1 - potenza del test) è la probabilità di non rifiutare l'ipotesi falsa ipotesi nulla (0.80).

PA (proporzione di coppie discordanti di tipo A), proporzione di coppie discordanti di tipo A tra le coppie discordanti (1/4) PD (proporzione di coppie discordanti) tra tutte le coppie (0,11)

N coppie, coppie di dimensioni del campione richieste 2x60=120 Viene utilizzato un disegno a coppia abbinata, con un paziente in una coppia abbinata assegnato a RT-PCR positivo per COVID-19 e l'altro a RT-PCR negativo per COVID-19. Quante coppie abbinate devono essere arruolate nello studio per avere una probabilità del 95% di trovare una differenza significativa utilizzando un test a due code con errore di tipo I = 0,05? Quindi, utilizzeremo un totale di 120 campioni; 60 campioni positivi al COVID-19 e 60 campioni negativi al COVID-19.

Criteri diagnostici per la selezione di campioni positivi e negativi per COVID-19:

IEDCR utilizza molti kit diversi per il rilevamento di COVID-19. Questi kit includono (1) A*Star Fortitute Kit 2 per il rilevamento di COVID-19 (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (Cina), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Germania e (4) DaAn Kit (Cina). Tra questi 2 kit, A*Star Fortitude Kit 2 è stato conosciuto come il miglior kit in IEDCR a seconda delle sue prestazioni perché raramente genera risultati falsi positivi o falsi negativi.

A*Star Fortitude Kit 2 viene utilizzato per la conferma di eventuali risultati discordanti per altri kit in IEDCR. Cioè, IEDCR utilizza A*Star Fortitude Kit per il rilevamento COVID come Gold Standard. Nel nostro caso, questo è il motivo principale per la selezione di questo kit per confrontare le prestazioni del kit RealDetect™ COVID-19 RT-PCR.

Non è richiesto il consenso dei pazienti. I campioni saranno ottenuti da IEDCR e quindi non è richiesto l'arruolamento del paziente e il consenso da parte dei pazienti.

Tutti i campioni saranno diagnosticati come COVID-19 positivi sulla base dei risultati positivi della RT-PCR con valore Ct ≤ 30 per l'RNA virale. Se il respiratorio

i campioni danno risultati positivi all'analisi RT-PCR presso il laboratorio mirato ai geni virali conservati per SARS-CoV-2, sarà considerato come caso positivo confermato per COVID-19.

D'altra parte, se i campioni respiratori danno risultati negativi senza amplificazione all'analisi RT-PCR presso il laboratorio mirato ai geni virali conservati per SARS-CoV-2, sarà considerato come caso negativo confermato per COVID-19 .

Luogo di studio: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi); Mohakhali, Dacca.

Sito(i) di raccolta dei campioni: Laboratorio di virologia, Istituto di epidemiologia, controllo e ricerca sulle malattie (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Nota: IEDCR fornirà a ideSHi i campioni necessari per lo studio di valutazione delle prestazioni del kit RealDetect RT-PCR per il rilevamento di COVID-19. Va menzionato qui che IEDCR è il laboratorio di riferimento del governo per il rilevamento di COVID-19 in Bangladesh. IEDCR ha i propri campioni conservati a -80°C. Esiste un protocollo d'intesa tra ideSHi e IEDCR e queste due organizzazioni collaborano dal 2014.

Procedura di raccolta dei dati: i campioni positivi per COVID-19 saranno confermati dai risultati di laboratorio dei risultati RT-PCR positivi per l'RNA virale. La selezione degli esemplari sarà effettuata seguendo i criteri di inclusione ed esclusione. Dopo la raccolta dei dati, i dati verranno archiviati in un foglio Excel per un'analisi successiva.

Analisi dei dati:

Saranno determinati la sensibilità, la specificità, il valore predittivo positivo e il valore predittivo negativo del kit RealDetect™ RT-PCR. Oltre a sensibilità, specificità, valore predittivo positivo e valore predittivo negativo, verranno calcolati anche il coefficiente Kappa, il rapporto di verosimiglianza positivo e il rapporto di verosimiglianza negativo

Per analizzare i dati verranno utilizzati il ​​t-test non appaiato, il test di Wilcox, il test di rango, il test di confronto, il test della media, il test di sensibilità/specificità, l'analisi di regressione e la media geometrica con IC al 95%. Dovrà condurre un'analisi univariata. Un valore p di ≤0,05 sarà considerato come il livello di associazione significativa. La sensibilità, la specificità, il coefficiente kappa, il valore predittivo positivo (PPV), il valore predittivo negativo (NPV), il rapporto di verosimiglianza positivo (LR+), il rapporto di verosimiglianza negativo (LR-) e l'efficienza saranno calcolati utilizzando le seguenti formule in cui TP è il numero di veri positivi, FP il numero di falsi positivi, Falso negativo (FN) il numero di falsi negativi e Vero negativo (TN) il numero di veri negativi: Sensibilità = Vero positivo (TP)/[TP + FN]; Specificità = TN/ [TN + Falso positivo (FP)]; Coefficiente kappa K=(Accordo osservato (OA)- Accordo per caso (AC)/ (1-AC); Accuratezza = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Valore predittivo positivo (PPV) = TP /[TP + FP]; Valore predittivo negativo (VAN) = TN/[TN + FN]; LR+= sensibilità/[100 - specificità] e LR- = [100 - sensibilità]/specificità

Utilizzo dei risultati:

1. È necessaria l'autorizzazione etica del Bangladesh Medical Research Council (BMRC) per lo studio di valutazione delle prestazioni del kit RealDetect™ COVID-19 RT-PCR.
2. Ciò aiuterà l'ulteriore elaborazione del kit RealDetect™ COVID-19 RT-PCR per le normative del Direttore Generale della Drug Administration (DGDA) per commercializzare legalmente i prodotti in Bangladesh.

Strutture:

Il ricercatore principale e altri ricercatori della Bangladesh University of Health Sciences (BUHS) coordineranno la valutazione, l'analisi e la pubblicazione dei dati. Tuttavia, i test saranno eseguiti in un'organizzazione separata utilizzando campioni in cieco di IEDCR presso l'ideSHi. È una delle organizzazioni selezionate dal governo a cui è stato assegnato il test COVID-19 per fornire servizi ed è anche un'organizzazione di ricerca a contratto (CRO) registrata. L'istituto dispone di livelli di sicurezza biologica (BSL) 2 plus standard internazionali e strutture BSL con apparecchiature sofisticate come la macchina PCR in tempo reale necessaria per la RT-PCR in tempo reale per il rilevamento di COVID-19.

Approvazione del Capo del Dipartimento/Istituto:

Questo studio collaborativo sarà condotto nei seguenti istituti:

Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (per la raccolta e la conservazione dei campioni) e Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (per l'analisi dei campioni, la raccolta dei dati, l'analisi dei dati)

Implicazioni etiche:

Per evitare pregiudizi, lo studio sarà cieco ai ricercatori ideSHi che saranno coinvolti nello studio.

Il permesso verrà preso dal Bangladesh Medical Research Council.

La privacy e la riservatezza saranno rigorosamente mantenute durante e dopo la raccolta e l'archiviazione dei dati.