RealDetect™ COVID-19 RT-PCR -sarjan suorituskyvyn arviointi SARS-CoV-2-viruksen havaitsemiseen

Ottaen huomioon tämänhetkinen globaali pandemia, kuten minkä tahansa muun maan, Bangladeshin on tulossa erittäin vaikeaksi torjua COVID-19:n leviämistä. Bangladeshissa tarvitaan lisää testejä, ja tähän kysyntään vastaamiseksi maassa tarvitaan kiireesti lisää määrityssarjoja.

Tällä hetkellä olemme täysin riippuvaisia ​​tuoduista testisarjoista. Aikana, jolloin koko maailmalla on pula RT-PCR-testisarjoista, tuonti muista maista näyttää olevan erittäin vaikeaa. Ensisijaisesti näitä sarjoja valmistavat maat keskittyvät vastaamaan ensin omien maidensa kysyntään, ja siksi kyseiset maat määräävät näiden sarjojen vientikiellon. Joten sarjojen saatavuudesta tulee suuri ongelma Bangladeshille testauksen lisäämisessä maassa.

Toiseksi maailmanlaajuisen sulkutilanteen vuoksi näiden sarjojen kuljettaminen toisesta maasta tuntuu toiselta suurelta ongelmalta, jota kohtaamme juuri nyt. Sarjat ovat jumissa lentokentillä viikkoja ennen kuin ne saapuvat maahamme. Puhumattakaan siitä, että testisarjojen laatu on vaarassa koko epävarmassa kuljetusprosessissa. RT-PCR-testisarjat ovat erittäin herkkiä lämpötilalle ja kylmäketjun ylläpitäminen on pakollista, jotta testi voidaan suorittaa kunnolla.

Kun tämä laadukas RT-PCR-pohjainen pakki on hyväksytty, se voi olla tärkein työkalu Bangladeshille COVID-19:n tehokkaassa diagnosoinnissa ja kliinisessä hoidossa sekä hallituksen yhteisissä toimissa. Bangladeshista. Kehitetty ja valmistettu Bangladeshissa tarkoittaa, että testaussarjoista ei tule pulaa tämän pandemian aikana ja se on myös mahdollista viedä kotimaisten tarpeiden täyttämisen jälkeen. Sarja on varmasti kustannustehokas verrattuna muihin kaupallisesti saataviin sarjoihin ja hinta on noin 30 % alhaisempi kuin maassa kaupallisesti saatavilla olevat sarjat. Bangladeshin hallituksen nykyinen ostohinta. tuodun COVID-19 RT-PCR-testin testiä kohden on noin. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR testiä kohden maksaa noin. Tk. 1940/=

Tällaista suorituskyvyn arviointitutkimusta RT-PCR-menetelmästä SARS-CoV-2-viruksen havaitsemiseksi ei ole kuitenkaan vielä tehty maassamme. Tämä on

perustelut sille, miksi olemme suunnitelleet tämän protokollan RealDetect™ COVID-19 RT-PCR -sarjan suorituskyvyn arviointiin Bangladeshissa SARS-CoV-2-virukselle.

Hypoteesi:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR on tehokas diagnostinen työkalu SARS CoV-2 -viruksen havaitsemiseen käyttämällä nenänielun vanupuikkonäytteitä.

Metodologia:

Opintojen tyyppi ja tarkoitus:

Tämä on tapauskontrollitutkimus. Tämän tutkimuksen odotetaan vahvistavan, sopiiko paikallisesti kehitetty RealDetect COVID-19 RT-PCR -sarja käytettäväksi Bangladeshissa SARS-CoV-2:n havaitsemiseksi näytteistä, jotka on kerätty epäillyiltä COVID-19-potilailta.

Tutkimuspopulaatio ja näytteet Testataan ja analysoidaan yhteensä 120 näytettä. 120 näytteestä 60 on tallennettu näytettä (30 COVID-19-positiivista näytettä ja 30 COVID-19-negatiivista näytettä) IEDCR:stä. Näytteiden positiivinen/negatiivinen tila sokennetaan ennen lähettämistä ideSHiin. Näytteet on jo säilytetty -80 celsiusasteessa IEDCR-pakastimessa.

Lisäksi 60 tuoretta näytettä, jotka testataan IEDCR:ssä, testataan myös ideSHissa RealDetectin avulla reaaliajassa. IEDCR myös sokkouttaa nämä näytteet ja lähettää testauslaboratorioon (ideSHi), kun niitä tulee saataville. Näistä 60 näytteestä 30 on COVID-19-positiivista ja 30 COVID-19-negatiivista näytettä. Nämä tuoreet näytteet toimitetaan ideSHille testausta ja analysointia varten RealDetect COVID-19 RT-PCR -sarjan suorituskyvyn arvioimiseksi. PI koordinoi näitä toimia.

IEDCR toimittaa ideSHille näytteet, joita tarvitaan RealDetect RT-PCR Kitin suorituskyvyn arviointiin COVID-19-havainnointiin. Tässä on mainittava, että IEDCR on hallituksen vertailulaboratorio COVID-19-havaintoja varten Bangladeshissa. IdeSHin ja IEDCR:n välillä on MOU, ja nämä kaksi organisaatiota ovat tehneet yhteistyötä vuodesta 2014 lähtien. Siksi IEDCR on ollut mukana tässä tutkimuksessa.

Harhaisuuden välttämiseksi ideSHi (CRO) -tutkijat sokeutuvat IEDCR:n toimittamiin näytteisiin. IdeSHi-tutkijat eivät siis tiedä, mitkä 60 näytteestä ovat positiivisia ja mitkä 60 näytteestä ovat negatiivisia. Kun RT-PCR on ajettu RealDetect RT-PCR Kit -sarjalla, ideSHi lähettää tulokset päätutkijalle. Päätutkija saa myös IEDCR-tulokset samoista näytteistä. Lopuksi PI vertaa ideSHi:n ja IEDCR:n tuloksia ja määrittää herkkyyden, spesifisyyden, positiivisen ennustusarvon ja negatiivisen ennustusarvon.

Tutkimuksen suunnittelu: tapauskontrollitutkimus.

Otoskoon tilastollinen peruste:

Kaavat:

Muuttujien merkinnät:

Α (tyypin I virheen todennäköisyys) (merkittävyystaso) on todellisen nollahypoteesin hylkäämisen todennäköisyys (0,05) Β (tyypin II virheen todennäköisyys) (1 - testin potenssi) on todennäköisyys sille, että virheen hylkääminen epäonnistuu. väärä nollahypoteesi (0,80).

PA (tyypin A ristiriitaisten parien osuus), tyypin A ristiriitaisten parien osuus ristiriitaisten parien joukossa (1/4) PD (ristiriitaisten parien osuus) kaikista pareista (0,11)

Nparia, vaadittu näytekoko parit 2x60=120 Käytetään täsmäytysparin mallia, jossa yksi potilas täsmäytysparista on määritetty RT-PCR-positiiviseksi COVID-19:n suhteen ja toinen RT-PCR-negatiiviseksi COVID-19:n suhteen. Kuinka monta vastaavaa paria on otettava mukaan tutkimukseen, jotta 95 %:n todennäköisyys löytää merkittävä ero käyttämällä kaksipuolista testiä, jonka tyypin I virhe = 0,05? Joten käytämme yhteensä 120 näytettä; 60 COVID-19-positiivista näytettä ja 60 COVID-19-negatiivista näytettä.

Diagnostiset kriteerit COVID-19-positiivisten ja negatiivisten näytteiden valinnassa:

IEDCR käyttää monia erilaisia ​​sarjoja COVID-19:n havaitsemiseen. Näihin sarjoihin kuuluvat (1) A*Star Fortitute Kit 2 COVID-19-havainnointiin (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (Kiina), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Saksa) ja (4) DaAn Kit (Kiina). Näistä kahdesta sarjasta A*Star Fortitude Kit 2 on tunnettu IEDCR:n parhaana sarjana suorituskyvystään riippuen, koska se tuottaa harvoin vääriä positiivisia tai vääriä negatiivisia tuloksia.

A*Star Fortitude Kit 2:ta käytetään muiden IEDCR:n sarjojen ristiriitaisten tulosten vahvistamiseen. Toisin sanoen IEDCR käyttää A*Star Fortitude Kitiä COVID-tunnistukseen kultaisena standardina. Meidän tapauksessamme tämä on tärkein syy tämän sarjan valinnalle, jotta voidaan verrata RealDetect™ COVID-19 RT-PCR -sarjan suorituskykyä.

Potilaiden suostumuksia ei vaadita. Näytteet otetaan IEDCR:ltä, joten potilaiden rekisteröintiä ja suostumusta ei vaadita.

Kaikki näytteet diagnosoidaan COVID-19-positiivisiksi RT-PCR-positiivisten tulosten perusteella Ct-arvon ollessa ≤ 30 viruksen RNA:lle. Jos hengitys

näytteet antavat positiivisia tuloksia laboratoriossa tehdyssä RT-PCR-analyysissä, joka kohdistuu SARS-CoV-2:n konservoituneisiin virusgeeneihin, sen katsotaan olevan vahvistettu positiivinen COVID-19-tapaus.

Toisaalta, jos hengitysnäytteet antavat negatiivisia tuloksia ilman vahvistusta RT-PCR-analyysissä laboratoriossa, joka kohdistuu konservoituneisiin SARS-CoV-2-virusgeeniin, sen katsotaan olevan vahvistettu negatiivinen COVID-19-tapaus. .

Opiskelupaikka: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi) ; Mohakhali, Dhaka

Näytteenottopaikat: Virologian laboratorio, Epidemiologian instituutti, tautien valvonta ja tutkimus (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Huomautus: IEDCR toimittaa ideSHille näytteet, joita tarvitaan RealDetect RT-PCR Kitin suorituskyvyn arviointiin COVID-19-tunnistukseen. Tässä on mainittava, että IEDCR on hallituksen vertailulaboratorio COVID-19-havaintoja varten Bangladeshissa. IEDCR:llä on omia varastoituja näytteitä -80°C:ssa. IdeSHin ja IEDCR:n välillä on MOU, ja nämä kaksi organisaatiota ovat tehneet yhteistyötä vuodesta 2014 lähtien.

Tiedonkeruumenettely: COVID-19-positiiviset näytteet vahvistetaan viruksen RNA:n positiivisilla RT-PCR-tuloksilla. Näytteiden valinta suoritetaan mukaanotto- ja poissulkemiskriteerien mukaisesti. Tiedonkeruun jälkeen tiedot tallennetaan Excel-taulukkoon myöhempää analysointia varten.

Tietojen analysointi:

RealDetect™ RT-PCR -sarjan herkkyys, spesifisyys, positiivinen ennustearvo ja negatiivinen ennustearvo määritetään. Herkkyyden, spesifisyyden, positiivisen ennustusarvon ja negatiivisen ennustusarvon lisäksi lasketaan myös Kappa-kerroin, positiivinen todennäköisyyssuhde ja negatiivinen todennäköisyyssuhde

Pariton t-testi, Wilcoxin testi, sijoitustesti, vertailutesti, keskiarvotesti, herkkyys/spesifisyystesti, regressioanalyysi ja geometrinen keskiarvo 95 %:n luottamusvälillä käytetään tietojen analysointiin. Sen on suoritettava yksimuuttuja-analyysi. P-arvoa ≤0,05 pidetään merkittävän assosioinnin tasona. Herkkyys, spesifisyys, kappa-kerroin, positiivinen ennustearvo (PPV), negatiivinen ennustearvo (NPV), positiivinen todennäköisyyssuhde (LR+), negatiivinen todennäköisyyssuhde (LR-) ja tehokkuus lasketaan käyttämällä seuraavia kaavoja, joissa TP on todellisten positiivisten lukumäärä, FP väärien positiivisten lukumäärä, väärien negatiivisten (FN) väärien negatiivisten lukumäärä ja tosi negatiivisten (TN) todellisten negatiivisten lukumäärä: Herkkyys = tosi positiivinen (TP)/[TP + FN]; Spesifisyys = TN/ [TN + Väärä positiivinen (FP)]; Kappa-kerroin K=(Observed Agreement (OA) – Sopimus sattumalta (AC)/ (1-AC); Tarkkuus = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Positiivinen ennustearvo (PPV) = TP /[TP + FP]; Negatiivinen ennustearvo (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= herkkyys/ [100 - spesifisyys] ja LR- = [100 - herkkyys]/spesifisyys

Tulosten hyödyntäminen:

1. Bangladesh Medical Research Councilin (BMRC) eettinen hyväksyntä tarvitaan RealDetect™ COVID-19 RT-PCR -sarjan suorituskyvyn arviointitutkimukseen.
2. Tämä auttaa RealDetect™ COVID-19 RT-PCR -sarjan jatkokäsittelyssä lääkehallinnon pääjohtajan (DGDA) määräysten mukaisesti tuotteiden lailliseksi markkinoimiseksi Bangladeshissa.

Palvelut:

Bangladeshin terveystieteiden yliopiston (BUHS) päätutkija ja muut tutkijat koordinoivat arviointia, tietojen analysointia ja julkaisemista. Testaus suoritetaan kuitenkin erillisessä organisaatiossa käyttämällä sokkoutettuja näytteitä IEDCR:stä ideSHissa. Se on yksi hallituksen valitsemista organisaatioista, joka on määrätty tarjoamaan palveluita COVID-19-testaukseen, ja se on myös rekisteröity sopimustutkimusorganisaatio (CRO). Instituutilla on kansainväliset standardit Biological Safety Levels (BSL) 2 plus- ja BSL-tilat, joissa on kehittyneitä laitteita, kuten reaaliaikainen PCR-kone, jota tarvitaan reaaliaikaiseen RT-PCR:ään COVID-19-havaintoja varten.

Osaston/instituutin johtajan hyväksyntä:

Tämä yhteistyötutkimus tehdään seuraavissa laitoksissa:

Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (näytteiden keräämistä ja näytteiden varastointia varten) ja Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (näyteanalyysiä, tiedonkeruuta, data-analyysiä varten)

Eettiset vaikutukset:

Vinouden välttämiseksi tutkimus sokennetaan tutkimukseen osallistuville ideSHi-tutkijoille.

Lupa otetaan Bangladeshin lääketieteellisen tutkimuksen neuvostolta.

Yksityisyyttä ja luottamuksellisuutta säilytetään tiukasti tietojen keräämisen ja tallennuksen aikana ja sen jälkeen.