Ytelsesevaluering av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-sett for påvisning av SARS-CoV-2-virus

Med tanke på den nåværende globale pandemien, akkurat som alle andre land, blir det veldig vanskelig for Bangladesh å bekjempe spredningen av COVID-19. Et økt antall testing er nødvendig i Bangladesh, og for å takle denne etterspørselen er det nødvendig med en økning i analysesett i landet.

Foreløpig er vi helt avhengige av importerte testsett. På den tiden da hele verden står overfor mangel på RT-PCR-testsett, ser det ut til å være svært vanskelig å importere fra andre land. Land som produserer disse settene er først og fremst fokusert på å møte etterspørselen i sine egne land først, og derfor pålegger disse landene et forbud mot å eksportere disse settene. Så tilgjengeligheten av settene vil bli et stort problem for Bangladesh for å øke testingen i landet.

For det andre, på grunn av låsesituasjonen over hele verden, virker transport av disse settene fra et annet land det andre store problemet vi står overfor akkurat nå. Settene er strandet på flyplassene i flere uker før de når til landet vårt. For ikke å nevne, kvaliteten på testsettene blir satt på spill i hele den usikre transportprosessen. RT-PCR-testsettene er svært temperaturfølsomme og opprettholdelse av kjølekjeden er obligatorisk for å utføre testen riktig.

Når det er godkjent, kan dette kvalitative RT-PCR-baserte settet være et hovedverktøy for Bangladesh i effektiv diagnose og klinisk håndtering av COVID-19 sammen med kollektive handlinger utført av myndighetene. av Bangladesh. Å bli utviklet og produsert i Bangladesh betyr at det ikke vil være mangel på testsett under denne pandemien, og det vil også være mulig å eksportere settet etter å ha dekket innenlandske behov. Settet vil definitivt være kostnadseffektivt sammenlignet med andre kommersielt tilgjengelige sett, og prisen vil være rundt 30 % lavere enn de kommersielt tilgjengelige settene i landet. Gjeldende kjøpesum for Bangladesh-regjeringen. per test av den importerte COVID-19 RT-PCR-testen er ca. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR per testkostnad vil være ca. Tk. 1940/=

Imidlertid er denne typen ytelsesevalueringsstudie på RT-PCR-metoden for påvisning av SARS-CoV-2-virus ennå ikke gjort i vårt land. Dette er

begrunnelsen for at vi har utviklet denne protokollen for ytelsesevaluering av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-sett i Bangladesh for SARS-CoV-2-viruset.

Hypotese:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR vil være et effektivt diagnostisk verktøy for påvisning av SARS CoV-2-virus ved bruk av nasofaryngeale vattpinneprøver.

Metodikk:

Studietype og formål:

Dette er en casekontrollstudie. Denne studien forventes å validere om det lokalt utviklede RealDetect COVID-19 RT-PCR-settet er egnet for bruk i Bangladesh for påvisning av SARS-CoV-2 i prøver samlet fra mistenkte COVID-19-pasienter.

Studiepopulasjon og prøver Testing og analyse av totalt 120 prøver vil bli utført. Av de 120 prøvene vil 60 lagres prøver (30 COVID-19 positive prøver og 30 COVID-19 negative prøver) fra IEDCR. Den positive/negative statusen til prøvene vil bli blindet før de sendes til ideSHI. Prøvene er allerede lagret ved -80 grader Celsius i IEDCR-fryseren.

I tillegg vil 60 ferske prøver som vil bli testet ved IEDCR også bli testet på ideSHI ved hjelp av RealDetect på sanntidsbasis. Disse prøvene vil også bli blindet av IEDCR og sendt til testlaboratoriet (ideSHI) etter hvert som de blir tilgjengelige. Av disse 60 prøvene vil 30 være covid-19 positive og 30 covid-19 negative prøver. Disse ferske prøvene vil bli levert til ideSHI for testing og analyse for ytelsesevaluering av RealDetect COVID-19 RT-PCR-settet. PI vil koordinere disse aktivitetene.

IEDCR vil gi ideSHI prøvene som trengs for ytelsesevalueringsstudien av RealDetect RT-PCR Kit for COVID-19-deteksjon. Det skal nevnes her at IEDCR er regjeringens referanselaboratorium for COVID-19-deteksjon i Bangladesh. Det er en MOU mellom ideSHI og IEDCR, og disse to organisasjonene har samarbeidet fra 2014. Derfor har IEDCR vært involvert i denne studien.

For å unngå skjevhet, vil ideSHI (CRO) etterforskere bli blindet for prøvene levert av IEDCR. Det vil si at ideSHI-etterforskerne ikke vil vite hvilke av de 60 prøvene som er positive og hvilke av de 60 prøvene som er negative. Etter RT-PCR-kjøring med RealDetect RT-PCR-sett, vil ideSHI sende resultatene til hovedetterforskeren. Hovedetterforskeren vil også motta IEDCR-resultater for de samme prøvene. Til slutt vil PI sammenligne resultatene fra ideSHI og IEDCR og bestemme sensitivitet, spesifisitet, positiv prediktiv verdi og negativ prediktiv verdi.

Studiedesign: Kasuskontrollstudie.

Statistisk grunnlag for prøvestørrelse:

Formler:

Variable notasjoner:

Α (sannsynligheten for type I feil) (signifikansnivå) er sannsynligheten for å forkaste den sanne nullhypotesen (0,05) Β (sannsynligheten for type II feil) (1 - testens potens) er sannsynligheten for å ikke forkaste falsk nullhypotese (0,80).

PA (andel av diskordante par av type A), andel av diskordante par av type A blant diskordante par (1/4) PD (andel av diskordante par) blant alle par (0,11)

N-par, obligatoriske prøvestørrelsespar 2x60=120 Et matchet-par-design brukes, med én pasient i et matchet par tildelt RT-PCR-positiv for COVID-19 og den andre til RT-PCR-negativ for COVID-19. Hvor mange matchede par må registreres i studien for å ha 95 % sjanse for å finne en signifikant forskjell ved å bruke en tosidig test med type I feil = 0,05? Så vi vil bruke totalt 120 prøver; 60 covid-19 positive prøver og 60 covid-19 negative prøver.

Diagnostiske kriterier for valg av COVID-19 positive og negative prøver:

IEDCR bruker mange forskjellige sett for COVID-19-deteksjon. Disse settene inkluderer (1) A*Star Fortitute Kit 2 for COVID-19-deteksjon (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (Kina), (3) ModularDx-sett (TIB Molecular Biology, Tyskland, og (4) DaAn-sett (Kina). Blant disse 2 settene har A*Star Fortitude Kit 2 vært kjent som det beste settet i IEDCR avhengig av ytelsen fordi det sjelden genererer falske positive eller falske negative resultater.

A*Star Fortitude Kit 2 brukes til å bekrefte eventuelle uoverensstemmende resultater for andre sett i IEDCR. Det vil si at IEDCR bruker A*Star Fortitude Kit for COVID-deteksjon som gullstandarden. I vårt tilfelle er dette hovedårsaken til valget av dette settet for å sammenligne ytelsen til RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-settet.

Det kreves ikke samtykke fra pasientene. Prøver vil bli innhentet fra IEDCR, så det er ingen krav om pasientregistrering og samtykke fra pasientene.

Alle prøver vil bli diagnostisert som COVID-19-positive på grunnlag av RT-PCR-positive resultater med Ct-verdi ≤ 30 for virus-RNA. Hvis luftveiene

Prøver gir positive resultater ved RT-PCR-analyse på laboratoriet rettet mot det eller de konserverte virale genene for SARS-CoV-2, vil det bli betraktet som bekreftet positivt tilfelle for COVID-19.

På den annen side, hvis åndedrettsprøvene gir negative resultater uten amplifikasjon etter RT-PCR-analyse ved laboratoriet rettet mot det eller de konserverte virale genene for SARS-CoV-2, vil det bli betraktet som bekreftet negativt tilfelle for COVID-19 .

Studiested: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi) ; Mohakhali, Dhaka.

Prøveinnsamlingssted(er): Virology Laboratory, Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Merk: IEDCR vil gi ideSHi prøvene som trengs for ytelsesevalueringsstudien av RealDetect RT-PCR Kit for COVID-19-deteksjon. Det skal nevnes her at IEDCR er regjeringens referanselaboratorium for COVID-19-deteksjon i Bangladesh. IEDCR har egne lagrede prøver i -80°C. Det er en MOU mellom ideSHI og IEDCR, og disse to organisasjonene har samarbeidet fra 2014.

Datainnsamlingsprosedyre: COVID-19 positive prøver vil bli bekreftet av laboratoriefunn av positive RT-PCR-resultater for virus-RNA. Valg av prøvene vil bli utført etter inkluderings- og eksklusjonskriteriene. Etter datainnsamling vil data lagres i et Excel-ark for senere analyse.

Dataanalyse:

Sensitiviteten, spesifisiteten, den positive prediktive verdien og den negative prediktive verdien til RealDetect™ RT-PCR-settet vil bli bestemt. Ved siden av sensitivitet, spesifisitet, positiv prediktiv verdi og negativ prediktiv verdi, vil også Kappa-koeffisient, positivt sannsynlighetsforhold og negativt sannsynlighetsforhold beregnes

Upared t-test, Wilcox sin test, Rank test, sammenligne test, Mean test, Sensitivity/Spesificity test, Regresjonsanalyse og Geometrisk gjennomsnitt med 95 % CI vil bli brukt til å analysere dataene. Det må utføres en univariat analyse. En p-verdi på ≤0,05 vil bli vurdert som nivået av signifikant assosiasjon. Sensitiviteten, spesifisiteten, kappa-koeffisienten, positiv prediktiv verdi (PPV), negativ prediktiv verdi (NPV), positive likelihood ratio (LR+), negative likelihood ratio (LR-) og effektivitet vil bli beregnet ved å bruke følgende formler der TP er antall sanne positive, FP antall falske positive, falske negative (FN) antall falske negative og sanne negative (TN) antall sanne negative: Sensitivitet = Sann positiv (TP)/[TP + FN]; Spesifisitet = TN/ [TN + Falsk positiv (FP)]; Kappa-koeffisient K=(Observed Agreement (OA)- Overensstemmelse ved tilfeldighet (AC)/ (1-AC); Nøyaktighet = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Positiv prediktiv verdi (PPV) = TP /[TP + FP]; Negativ prediktiv verdi (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= sensitivitet/ [100 - spesifisitet] og LR- = [100 - sensitivitet]/spesifisitet

Utnyttelse av resultater:

1. Bangladesh Medical Research Council (BMRC) etisk godkjenning er nødvendig for ytelsesevalueringsstudie av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-settet.
2. Dette vil hjelpe for videre behandling av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-sett for Generaldirektor for Drug Administration (DGDA) forskrifter for å lovlig markedsføre produktene i Bangladesh.

Fasiliteter:

Hovedetterforskeren og andre etterforskere ved Bangladesh University of Health Sciences (BUHS) vil koordinere evalueringen og dataanalysen og publiseringen. Testingen vil imidlertid bli utført i en egen organisasjon ved bruk av blindede prøver fra IEDCR ved ideSHI. Det er en av regjeringens utvalgte organisasjoner som har blitt tildelt COVID-19-testing for å tilby tjenester og er også en registrert kontraktsforskningsorganisasjon (CRO). Instituttet har internasjonal standard Biological Safety Levels (BSL) 2 pluss og BSL-fasiliteter med sofistikert utstyr som sanntids PCR-maskin som kreves for sanntids RT-PCR for COVID-19-deteksjon.

Godkjenning av leder av avdelingen/instituttet:

Denne samarbeidsstudien vil bli utført i følgende institutter:

Institutt for epidemiologi, sykdomskontroll og forskning (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (For prøveinnsamling og prøvelagring) og Institutt for utvikling av vitenskap og helseinitiativer (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (For prøveanalyse, datainnsamling, dataanalyse)

Etiske implikasjoner:

For å unngå skjevheten vil studien bli blindet for ideSHi-forskere som vil være involvert i studien.

Tillatelse vil bli hentet fra Bangladesh Medical Research Council.

Personvernet og konfidensialiteten vil bli strengt opprettholdt under og etter datainnsamling og datalagring.