Ocena działania zestawu RealDetect™ COVID-19 RT-PCR do wykrywania wirusa SARS-CoV-2

Biorąc pod uwagę obecną globalną pandemię, podobnie jak w przypadku innych krajów, Bangladeszowi bardzo trudno jest walczyć z rozprzestrzenianiem się COVID-19. W Bangladeszu potrzebna jest zwiększona liczba testów, a aby sprostać temu zapotrzebowaniu, w kraju pilnie potrzebne jest zwiększenie liczby zestawów testowych.

Obecnie jesteśmy całkowicie uzależnieni od importowanych zestawów testowych. W czasach, gdy na całym świecie brakuje zestawów do testów RT-PCR, import z innych krajów wydaje się być bardzo utrudniony. Przede wszystkim kraje produkujące te zestawy koncentrują się przede wszystkim na zaspokojeniu popytu we własnych krajach, dlatego kraje te wprowadzają zakaz eksportu tych zestawów. Tak więc dostępność zestawów stanie się dużym problemem dla Bangladeszu w celu zwiększenia liczby testów w kraju.

Po drugie, ze względu na ogólnoświatową kwarantannę, transport tych zestawów z innego kraju wydaje się drugim dużym problemem, z którym mamy teraz do czynienia. Zestawy leżą na lotniskach tygodniami, zanim dotrą do naszego kraju. Nie wspominając o tym, że jakość zestawów testowych jest zagrożona w całym niepewnym procesie transportu. Zestawy testowe RT-PCR są bardzo wrażliwe na temperaturę i utrzymanie łańcucha chłodniczego jest obowiązkowe w celu prawidłowego przeprowadzenia testu.

Po zatwierdzeniu ten jakościowy zestaw oparty na RT-PCR może być dla Bangladeszu głównym narzędziem skutecznej diagnozy i zarządzania klinicznego COVID-19 wraz ze zbiorowymi działaniami podejmowanymi przez rząd. z Bangladeszu. Opracowanie i produkcja w Bangladeszu oznacza, że ​​podczas tej pandemii nie zabraknie zestawów testowych, a także będzie możliwy eksport zestawu po zaspokojeniu potrzeb krajowych. Zestaw z pewnością będzie opłacalny w porównaniu z innymi zestawami dostępnymi na rynku, a cena będzie o około 30% niższa niż zestawów dostępnych na rynku w kraju. Obecna cena zakupu rządu Bangladeszu. za test importowanego testu RT-PCR COVID-19 wynosi ok. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR koszt testu wyniesie ok. Tk. 1940/=

Jednak tego typu badania oceniające skuteczność metody RT-PCR do wykrywania wirusa SARS-CoV-2 nie zostały jeszcze przeprowadzone w naszym kraju. To jest

uzasadnienie, dlaczego opracowaliśmy ten protokół do oceny działania zestawu RealDetect™ COVID-19 RT-PCR w Bangladeszu pod kątem wirusa SARS-CoV-2.

Hipoteza:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR będzie skutecznym narzędziem diagnostycznym do wykrywania wirusa SARS CoV-2 przy użyciu wymazów z jamy nosowo-gardłowej.

Metodologia:

Rodzaj i cel badania:

To jest badanie kontrolne przypadku. Oczekuje się, że badanie to potwierdzi, czy lokalnie opracowany zestaw RealDetect COVID-19 RT-PCR nadaje się do stosowania w Bangladeszu do wykrywania SARS-CoV-2 w próbkach pobranych od pacjentów z podejrzeniem COVID-19.

Badanie Populacja i próbki Przeprowadzone zostaną badania i analizy łącznie 120 okazów. Spośród 120 próbek 60 będzie przechowywanych (30 próbek z wynikiem pozytywnym na obecność COVID-19 i 30 próbek z wynikiem ujemnym na obecność COVID-19) z IEDCR. Pozytywny/negatywny status próbek zostanie zaślepiony przed wysłaniem do ideSHi. Próbki były już przechowywane w temperaturze -80 stopni Celsjusza w zamrażarce IEDCR.

Ponadto 60 świeżych próbek, które zostaną przetestowane w IEDCR, zostanie również przetestowanych w ideSHi przy użyciu RealDetect w czasie rzeczywistym. Próbki te zostaną również zaślepione przez IEDCR i wysłane do laboratorium badawczego (ideSHi), gdy tylko staną się dostępne. Z tych 60 próbek 30 będzie miało pozytywny wynik na obecność COVID-19, a 30 będzie ujemnych na obecność COVID-19. Te świeże próbki zostaną dostarczone do ideSHi w celu przetestowania i analizy w celu oceny działania zestawu RealDetect COVID-19 RT-PCR. PI będzie koordynował te działania.

IEDCR dostarczy ideSHi próbki potrzebne do badania oceny działania zestawu RealDetect RT-PCR do wykrywania COVID-19. W tym miejscu należy wspomnieć, że IEDCR jest rządowym laboratorium referencyjnym do wykrywania COVID-19 w Bangladeszu. Istnieje protokół ustaleń między ideSHi i IEDCR, a te dwie organizacje współpracują ze sobą od 2014 roku. Dlatego IEDCR został zaangażowany w to badanie.

Aby uniknąć stronniczości, badacze ideSHi (CRO) będą zaślepieni próbkami dostarczonymi przez IEDCR. Oznacza to, że badacze ideSHi nie będą wiedzieć, która z 60 próbek jest dodatnia, a która z 60 próbek ujemna. Po przeprowadzeniu RT-PCR przy użyciu zestawu RealDetect RT-PCR Kit ideSHi prześle wyniki do głównego badacza. Główny badacz otrzyma również wyniki IEDCR dla tych samych próbek. Na koniec PI porówna wyniki z ideSHi i IEDCR i określi czułość, swoistość, dodatnią wartość predykcyjną i ujemną wartość predykcyjną.

Projekt badania: badanie kliniczno-kontrolne.

Statystyczna podstawa wielkości próby:

Formuły:

Notacje zmiennych:

Α (prawdopodobieństwo błędu I rodzaju) (poziom istotności) to prawdopodobieństwo odrzucenia prawdziwej hipotezy zerowej (0,05) B (prawdopodobieństwo popełnienia błędu II rodzaju) (1 – moc testu) to prawdopodobieństwo nieodrzucenia hipotezy zerowej fałszywa hipoteza zerowa (0,80).

PA (odsetek niezgodnych par typu A), odsetek niezgodnych par typu A wśród niezgodnych par (1/4) PD (odsetek niezgodnych par) wśród wszystkich par (0,11)

Npar, wymagane pary wielkości próby 2x60=120 Stosowany jest projekt dopasowanych par, z jednym pacjentem w dopasowanej parze przypisywanym do wyniku RT-PCR pozytywnego dla COVID-19, a drugiego do RT-PCR negatywnego dla COVID-19. Ile dopasowanych par należy włączyć do badania, aby mieć 95% szans na znalezienie istotnej różnicy przy użyciu testu dwustronnego z błędem I rodzaju = 0,05? W sumie użyjemy 120 próbek; 60 próbek z wynikiem pozytywnym na obecność COVID-19 i 60 próbek z wynikiem ujemnym na obecność COVID-19.

Kryteria diagnostyczne doboru próbek z wynikiem dodatnim i ujemnym w kierunku COVID-19:

IEDCR używa wielu różnych zestawów do wykrywania COVID-19. Zestawy te obejmują (1) zestaw A*Star Fortitute 2 do wykrywania COVID-19 (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (Chiny), (3) zestaw ModularDx (TIB Molecular Biology, Niemcy) oraz (4) zestaw DaAn (Chiny). Spośród tych 2 zestawów, A*Star Fortitude Kit 2 jest znany jako najlepszy zestaw w IEDCR w zależności od jego wydajności, ponieważ rzadko generuje wyniki fałszywie dodatnie lub fałszywie ujemne.

A*Star Fortitude Kit 2 służy do potwierdzania niezgodnych wyników dla innych zestawów w IEDCR. Oznacza to, że IEDCR używa zestawu A*Star Fortitude do wykrywania COVID jako złotego standardu. W naszym przypadku jest to główny powód wyboru tego zestawu w celu porównania wydajności zestawu RealDetect™ COVID-19 RT-PCR.

Zgody pacjentów nie są wymagane. Próbki będą pozyskiwane z IEDCR, więc nie ma wymogu zapisów i zgód pacjentów.

Wszystkie próbki zostaną zdiagnozowane jako dodatnie pod względem COVID-19 na podstawie pozytywnych wyników RT-PCR z wartością Ct ≤ 30 dla wirusowego RNA. Jeśli układ oddechowy

próbki dadzą pozytywne wyniki w analizie RT-PCR w laboratorium ukierunkowanej na konserwatywny gen wirusa SARS-CoV-2, zostanie to uznane za potwierdzony pozytywny przypadek COVID-19.

Z drugiej strony, jeśli próbki z dróg oddechowych dadzą wyniki ujemne bez amplifikacji w analizie RT-PCR w laboratorium ukierunkowanym na konserwatywny gen (geny) wirusa SARS-CoV-2, zostanie to uznane za potwierdzony negatywny przypadek COVID-19 .

Miejsce studiów: Instytut Rozwoju Nauki i Inicjatyw Zdrowotnych (ideSHi) ; Mohakhali, Dhaka.

Miejsca pobierania próbek: Laboratorium Wirusologiczne, Instytut Epidemiologii, Kontroli i Badań Chorób (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Uwaga: IEDCR dostarczy ideSHi próbki potrzebne do badania oceny działania zestawu RealDetect RT-PCR do wykrywania COVID-19. W tym miejscu należy wspomnieć, że IEDCR jest rządowym laboratorium referencyjnym do wykrywania COVID-19 w Bangladeszu. IEDCR posiada własne próbki przechowywane w - 80°C. Istnieje protokół ustaleń między ideSHi i IEDCR, a te dwie organizacje współpracują ze sobą od 2014 roku.

Procedura zbierania danych: dodatnie próbki COVID-19 zostaną potwierdzone wynikami laboratoryjnymi dodatnich wyników RT-PCR dla wirusowego RNA. Selekcja okazów zostanie przeprowadzona zgodnie z kryteriami włączenia i wyłączenia. Po zebraniu danych zostaną one zapisane w arkuszu programu Excel do późniejszej analizy.

Analiza danych:

Określona zostanie czułość, swoistość, dodatnia wartość predykcyjna i ujemna wartość predykcyjna zestawu RealDetect™ RT-PCR. Oprócz czułości, specyficzności, dodatniej wartości predykcyjnej i ujemnej wartości predykcyjnej, zostanie również obliczony współczynnik Kappa, dodatni iloraz wiarygodności i ujemny iloraz wiarygodności

Do analizy danych zostaną użyte niesparowany test t, test Wilcoxa, test rang, test porównania, test średniej, test czułości/specyficzności, analiza regresji i średnia geometryczna z 95% CI. Będzie musiał przeprowadzić analizę jednowymiarową. Wartość p ≤0,05 zostanie uznana za poziom istotnego związku. Czułość, swoistość, współczynnik kappa, dodatnia wartość predykcyjna (PPV), ujemna wartość predykcyjna (NPV), dodatni współczynnik wiarygodności (LR+), ujemny współczynnik wiarygodności (LR-) i skuteczność zostaną obliczone przy użyciu następujących wzorów, w których TP jest liczba wyników prawdziwie dodatnich, FP liczba wyników fałszywie dodatnich, wynik fałszywie ujemny (FN) liczba wyników fałszywie ujemnych, a wynik prawdziwie ujemny (TN) liczba wyników prawdziwie ujemnych: Czułość = wynik prawdziwie dodatni (TP)/[TP + FN]; swoistość = TN/ [TN + fałszywie dodatni wynik (FP)]; Współczynnik Kappa K=(Zgodność obserwowana (OA)- Zgodność przypadkowa (AC)/ (1-AC); Dokładność = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Dodatnia wartość predykcyjna (PPV) = TP /[TP + FP]; Ujemna wartość predykcyjna (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= czułość/ [100 - swoistość] i LR- = [100 - czułość]/swoistość

Wykorzystanie wyników:

1. Do badania oceny działania zestawu RealDetect™ COVID-19 RT-PCR wymagane jest zezwolenie Bangladesh Medical Research Council (BMRC).
2. Pomoże to w dalszym przetwarzaniu zestawu RealDetect™ COVID-19 RT-PCR na potrzeby przepisów Dyrektora Generalnego ds. Administracji Lekami (DGDA) w celu legalnego wprowadzenia produktów na rynek Bangladeszu.

Budynków:

Główny badacz i inni badacze z Uniwersytetu Nauk o Zdrowiu w Bangladeszu (BUHS) będą koordynować ocenę, analizę danych i publikację. Jednak testy zostaną przeprowadzone w oddzielnej organizacji przy użyciu zaślepionych próbek z IEDCR w ideSHi. Jest to jedna z wybranych przez rząd organizacji, która została wyznaczona do wykonywania testów na COVID-19 w celu świadczenia usług, a także jest zarejestrowaną organizacją badawczą kontraktową (CRO). Instytut posiada międzynarodowe standardowe poziomy bezpieczeństwa biologicznego (BSL) 2 plus i zaplecze BSL z zaawansowanym sprzętem, takim jak maszyna do PCR w czasie rzeczywistym, która jest wymagana do RT-PCR w czasie rzeczywistym w celu wykrycia COVID-19.

Zatwierdzenie Kierownika Katedry/Instytutu:

To wspólne badanie zostanie przeprowadzone w następujących instytutach:

Instytut Epidemiologii, Kontroli i Badań Chorób (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (do pobierania i przechowywania próbek) oraz Instytut Rozwoju Nauki i Inicjatyw Zdrowotnych (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (do analizy próbek, gromadzenia danych, analizy danych)

Implikacje etyczne:

Aby uniknąć stronniczości, badanie będzie zaślepione dla badaczy ideSHi, którzy będą w nim zaangażowani.

Pozwolenie zostanie wydane przez Bangladesh Medical Research Council.

Prywatność i poufność będą ściśle przestrzegane podczas i po zebraniu i przechowywaniu danych.