Leistungsbewertung des RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-Kits zum Nachweis des SARS-CoV-2-Virus

Angesichts der aktuellen globalen Pandemie wird es für Bangladesch wie für alle anderen Länder sehr schwierig, die Ausbreitung von COVID-19 zu bekämpfen. In Bangladesch ist eine erhöhte Anzahl von Tests erforderlich, und um dieser Nachfrage gerecht zu werden, werden im Land dringend mehr Testkits benötigt.

Derzeit sind wir vollständig auf importierte Testkits angewiesen. In einer Zeit, in der die ganze Welt mit einem Mangel an RT-PCR-Testkits konfrontiert ist, scheint der Import aus anderen Ländern sehr schwierig zu sein. In erster Linie konzentrieren sich die Länder, die diese Kits herstellen, darauf, zuerst die Nachfrage in ihren eigenen Ländern zu befriedigen, und daher verhängen diese Länder ein Exportverbot für diese Kits. Daher wird die Verfügbarkeit der Kits zu einem großen Problem für Bangladesch, um die Tests im Land zu verstärken.

Zweitens scheint der Transport dieser Kits aus einem anderen Land aufgrund der weltweiten Sperrsituation das zweite große Problem zu sein, mit dem wir derzeit konfrontiert sind. Die Kits sind wochenlang auf den Flughäfen gestrandet, bevor sie unser Land erreichen. Ganz zu schweigen davon, dass die Qualität der Testkits durch den gesamten unsicheren Transportprozess gefährdet ist. Die RT-PCR-Testkits sind sehr temperaturempfindlich und die Einhaltung der Kühlkette ist zwingend erforderlich, um den Test ordnungsgemäß durchzuführen.

Nach der Zulassung kann dieses qualitative RT-PCR-basierte Kit ein wichtiges Instrument für Bangladesch bei der effektiven Diagnose und klinischen Behandlung von COVID-19 sein, zusammen mit kollektiven Maßnahmen der Regierung. von Bangladesch. Die Entwicklung und Herstellung in Bangladesch bedeutet, dass es während dieser Pandemie keinen Mangel an Testkits geben wird und dass es auch möglich sein wird, das Kit zu exportieren, nachdem der Inlandsbedarf gedeckt wurde. Das Kit wird im Vergleich zu anderen im Handel erhältlichen Kits definitiv kostengünstig sein und der Preis wird etwa 30 % unter dem der im Land erhältlichen Kits liegen. Aktueller Kaufpreis der Regierung von Bangladesch. pro Test des importierten COVID-19 RT-PCR Tests beträgt ca. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR pro Test kostet ca. Tk. 1940/=

Diese Art von Leistungsbewertungsstudie zur RT-PCR-Methode zum Nachweis des SARS-CoV-2-Virus wurde in unserem Land jedoch noch nicht durchgeführt. Das ist

die Begründung, warum wir dieses Protokoll zur Leistungsbewertung des RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-Kits in Bangladesch für das SARS-CoV-2-Virus entwickelt haben.

Hypothese:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR wird ein wirksames diagnostisches Instrument zum Nachweis des SARS-CoV-2-Virus mithilfe von Nasen-Rachen-Abstrichproben sein.

Methodik:

Studienart & Zweck:

Dies ist eine Fall-Kontroll-Studie. Diese Studie soll validieren, ob das lokal entwickelte RealDetect COVID-19 RT-PCR-Kit für den Einsatz in Bangladesch zum Nachweis von SARS-CoV-2 in Proben von COVID-19-Verdachtspatienten geeignet ist.

Studienpopulation und Proben Es werden Tests und Analysen von insgesamt 120 Proben durchgeführt. Von den 120 Proben werden 60 Proben (30 COVID-19-positive Proben und 30 COVID-19-negative Proben) von IEDCR gelagert. Der positive/negative Status der Proben wird vor dem Versand an ideSHi verblindet. Die Proben wurden bereits bei -80 Grad Celsius im IEDCR-Gefrierschrank gelagert.

Darüber hinaus werden 60 frische Proben, die bei IEDCR getestet werden, auch bei ideSHi mit RealDetect in Echtzeit getestet. Diese Proben werden ebenfalls von IEDCR verblindet und an das Testlabor (ideSHi) gesendet, sobald sie verfügbar sind. Von diesen 60 Proben sind 30 COVID-19-positive und 30 COVID-19-negative Proben. Diese frischen Proben werden ideSHi zum Testen und Analysieren zur Leistungsbewertung des RealDetect COVID-19 RT-PCR-Kits zur Verfügung gestellt. Der PI wird diese Aktivitäten koordinieren.

IEDCR wird ideSHi die Proben zur Verfügung stellen, die für die Leistungsbewertungsstudie des RealDetect RT-PCR-Kits zum Nachweis von COVID-19 benötigt werden. An dieser Stelle sei erwähnt, dass das IEDCR das staatliche Referenzlabor für den COVID-19-Nachweis in Bangladesch ist. Es gibt eine Absichtserklärung zwischen ideSHi und IEDCR und diese beiden Organisationen arbeiten seit 2014 zusammen. Daher war IEDCR an dieser Studie beteiligt.

Um Voreingenommenheit zu vermeiden, werden die Ermittler von ideSHi (CRO) gegenüber den von IEDCR bereitgestellten Proben verblindet. Das heißt, die ideSHi-Ermittler wissen nicht, welche der 60 Proben positiv und welche der 60 Proben negativ sind. Nach dem RT-PCR-Lauf mit dem RealDetect RT-PCR Kit sendet ideSHi die Ergebnisse an den Hauptprüfarzt. Der Hauptforscher erhält auch IEDCR-Ergebnisse für dieselben Proben. Schließlich vergleicht der PI die Ergebnisse von ideSHi und IEDCR und bestimmt die Sensitivität, Spezifität, den positiven Vorhersagewert und den negativen Vorhersagewert.

Studiendesign: Fall-Kontroll-Studie.

Statistische Basis des Stichprobenumfangs:

Formeln:

Variablennotationen:

Α (die Wahrscheinlichkeit eines Fehlers erster Art) (Signifikanzniveau) ist die Wahrscheinlichkeit, die wahre Nullhypothese (0,05) abzulehnen falsche Nullhypothese (0,80).

PA (Anteil der diskordanten Paare vom Typ A), Anteil der diskordanten Paare vom Typ A an den diskordanten Paaren (1/4) PD (Anteil der diskordanten Paare) an allen Paaren (0,11)

NPaare, erforderliche Stichprobengröße Paare 2x60=120 Es wird ein Matched-Pair-Design verwendet, wobei ein Patient in einem Matched-Paar RT-PCR-positiv für COVID-19 und der andere RT-PCR-negativ für COVID-19 zugewiesen wird. Wie viele übereinstimmende Paare müssen in die Studie aufgenommen werden, um eine Wahrscheinlichkeit von 95 % zu haben, bei Verwendung eines zweiseitigen Tests mit einem Fehler 1. Art = 0,05 einen signifikanten Unterschied zu finden? Wir werden also insgesamt 120 Samples verwenden; 60 COVID-19-positive Proben und 60 COVID-19-negative Proben.

Diagnostische Kriterien für die Auswahl von COVID-19-positiven und -negativen Proben:

IEDCR verwendet viele verschiedene Kits für den COVID-19-Nachweis. Diese Kits umfassen (1) A*Star Fortitute Kit 2 für den COVID-19-Nachweis (Singapur), (2) Sansure Biotec Limited (China), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Deutschland) und (4) DaAn Kit (China). Unter diesen 2 Kits ist das A*Star Fortitude Kit 2 je nach seiner Leistung als das beste Kit in IEDCR bekannt, da es selten falsch positive oder falsch negative Ergebnisse erzeugt.

A*Star Fortitude Kit 2 wird zur Bestätigung abweichender Ergebnisse anderer Kits im IEDCR verwendet. Das heißt, IEDCR verwendet das A*Star Fortitude Kit für die COVID-Erkennung als Goldstandard. In unserem Fall ist dies der Hauptgrund für die Auswahl dieses Kits, um die Leistungen des RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-Kits zu vergleichen.

Einwilligungen der Patienten sind nicht erforderlich. Die Proben werden vom IEDCR bezogen, daher ist keine Registrierung des Patienten und keine Zustimmung des Patienten erforderlich.

Alle Proben werden auf der Grundlage positiver RT-PCR-Ergebnisse mit einem Ct-Wert ≤ 30 für die virale RNA als COVID-19-positiv diagnostiziert. Wenn die Atemwege

Proben bei der RT-PCR-Analyse im Labor positive Ergebnisse liefern, die auf das/die konservierte(n) virale(n) Gen(e) für SARS-CoV-2 abzielen, wird dies als bestätigter positiver Fall für COVID-19 betrachtet.

Wenn die respiratorischen Proben andererseits negative Ergebnisse ohne Amplifikation bei der RT-PCR-Analyse im Labor liefern, die auf das/die konservierte(n) virale(n) Gen(e) für SARS-CoV-2 abzielt, wird dies als bestätigter negativer Fall für COVID-19 betrachtet .

Studienort: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi) ; Mohakhali, Dhaka.

Probenahmestelle(n): Virologisches Labor, Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Hinweis: IEDCR stellt ideSHi die Proben zur Verfügung, die für die Leistungsbewertungsstudie des RealDetect RT-PCR-Kits zum Nachweis von COVID-19 benötigt werden. An dieser Stelle sei erwähnt, dass das IEDCR das staatliche Referenzlabor für den COVID-19-Nachweis in Bangladesch ist. IEDCR hat seine eigenen gelagerten Proben bei -80°C. Es gibt eine Absichtserklärung zwischen ideSHi und IEDCR und diese beiden Organisationen arbeiten seit 2014 zusammen.

Datenerfassungsverfahren: COVID-19-positive Proben werden durch Laborbefunde positiver RT-PCR-Ergebnisse für die virale RNA bestätigt. Die Auswahl der Proben erfolgt nach den Ein- und Ausschlusskriterien. Nach der Datenerfassung werden die Daten zur späteren Analyse in einer Excel-Tabelle gespeichert.

Datenanalyse:

Die Sensitivität, Spezifität, der positive Vorhersagewert und der negative Vorhersagewert des RealDetect™ RT-PCR-Kits werden bestimmt. Neben Sensitivität, Spezifität, positivem Vorhersagewert und negativem Vorhersagewert werden auch Kappa-Koeffizient, positives Likelihood-Verhältnis und negatives Likelihood-Verhältnis berechnet

Zur Analyse der Daten werden der ungepaarte t-Test, der Wilcox-Test, der Rangtest, der Vergleichstest, der Mittelwerttest, der Sensitivitäts-/Spezifitätstest, die Regressionsanalyse und der geometrische Mittelwert mit 95 % KI verwendet. Es muss eine univariate Analyse durchgeführt werden. Ein p-Wert von ≤ 0,05 wird als Grad der signifikanten Assoziation angesehen. Sensitivität, Spezifität, Kappa-Koeffizient, positiver prädiktiver Wert (PPV), negativer prädiktiver Wert (NPV), positives Likelihood-Verhältnis (LR+), negatives Likelihood-Verhältnis (LR-) und Effizienz werden anhand der folgenden Formeln berechnet, in denen TP das ist Anzahl richtig positiv, FP die Anzahl falsch positiv, Falsch negativ (FN) die Anzahl falsch negativ und Richtig negativ (TN) die Anzahl richtig negativ: Sensitivität = Richtig positiv (TP)/[TP + FN]; Spezifität = TN/ [TN + falsch positiv (FP)]; Kappa-Koeffizient K = (Beobachtete Übereinstimmung (OA) – Übereinstimmung durch Zufall (AC)/ (1-AC); Genauigkeit = [TP + TN]/ [TP + TN + FP + FN]; Positiver Vorhersagewert (PPV) = TP /[TP + FP]; negativer prädiktiver Wert (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+ = Sensitivität/[100 – Spezifität] und LR– = [100 – Sensitivität]/Spezifität

Nutzung der Ergebnisse:

1. Für die Leistungsbewertungsstudie des RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-Kits ist eine ethische Genehmigung des Bangladesh Medical Research Council (BMRC) erforderlich.
2. Dies hilft bei der weiteren Verarbeitung des RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-Kits für die Vorschriften des Generaldirektors der Arzneimittelbehörde (DGDA), um die Produkte legal in Bangladesch zu vermarkten.

Einrichtungen:

Der Principal Investigator und weitere Forscher der Bangladesh University of Health Sciences (BUHS) koordinieren die Auswertung, Datenanalyse und Veröffentlichung. Die Tests werden jedoch in einer separaten Organisation mit verblindeten Proben von IEDCR am ideSHi durchgeführt. Es ist eine der von der Regierung ausgewählten Organisationen, die für COVID-19-Tests mit der Erbringung von Dienstleistungen beauftragt wurde, und ist auch eine registrierte Auftragsforschungsorganisation (CRO). Das Institut verfügt über biologische Sicherheitsstufen (BSL) 2 plus nach internationalem Standard und BSL-Einrichtungen mit hochentwickelter Ausrüstung wie einer Echtzeit-PCR-Maschine, die für die Echtzeit-RT-PCR zum Nachweis von COVID-19 erforderlich ist.

Genehmigung der Abteilungs-/Institutsleitung:

Diese Verbundstudie wird in folgenden Instituten durchgeführt:

Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (zur Probensammlung und Probenlagerung) und Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (Für Probenanalyse, Datensammlung, Datenanalyse)

Ethische Implikationen:

Um die Verzerrung zu vermeiden, wird die Studie gegenüber ideSHi-Forschern, die an der Studie beteiligt sein werden, verblindet.

Die Genehmigung wird vom Bangladesh Medical Research Council eingeholt.

Die Privatsphäre und Vertraulichkeit werden während und nach der Datenerhebung und Datenspeicherung streng gewahrt.