A RealDetect™ COVID-19 RT-PCR készlet teljesítményértékelése a SARS-CoV-2 vírus kimutatására

Tekintettel a jelenlegi globális világjárványra, csakúgy, mint bármely más ország számára, Banglades számára is nagyon nehéz felvenni a harcot a COVID-19 terjedése ellen. Megnövekedett számú vizsgálatra van szükség Bangladesben, és ennek az igénynek a megbirkózása érdekében sürgősen növelni kell a vizsgálókészletek számát az országban.

Jelenleg teljes mértékben az importált tesztkészletektől függünk. Abban az időben, amikor az egész világ RT-PCR tesztkészletek hiányával néz szembe, a más országokból történő behozatal nagyon nehéznek tűnik. Elsősorban az ezeket a készleteket gyártó országok a saját országuk keresletének kielégítésére összpontosítanak, ezért ezek az országok betiltják e készletek exportját. Így a készletek elérhetősége nagy problémát jelent majd Banglades számára az országban végzett tesztelés növelése érdekében.

Másodszor, a világszerte kialakult bezártság miatt ezeknek a készleteknek egy másik országból történő szállítása a második nagy probléma, amellyel jelenleg szembe kell néznünk. A készletek hetekig rekednek a repülőtereken, mielőtt eljutnának hazánkba. Arról nem is beszélve, hogy a tesztkészletek minősége az egész bizonytalan szállítási folyamatban veszélybe kerül. Az RT-PCR tesztkészletek nagyon hőmérsékletérzékenyek, és a hideglánc fenntartása kötelező a teszt megfelelő elvégzéséhez.

A jóváhagyást követően ez a minőségi RT-PCR alapú készlet fő eszköze lehet Banglades számára a COVID-19 hatékony diagnosztizálásában és klinikai kezelésében, valamint a kormány kollektív intézkedéseiben. Bangladesből. A Bangladesben történő fejlesztés és gyártás azt jelenti, hogy a világjárvány idején sem lesz hiány tesztkészletekből, és a hazai igények kielégítése után exportálható lesz. A készlet minden bizonnyal költséghatékony lesz a többi kereskedelemben kapható készlethez képest, és az ára körülbelül 30%-kal alacsonyabb lesz, mint az országban kereskedelmi forgalomban kapható készleteké. A bangladesi kormány jelenlegi vételára. az importált COVID-19 RT-PCR teszt tesztenként kb. Tk. 2780/= és a RealDetect™ COVID-19 RT-PCR vizsgálatonkénti költsége kb. Tk. 1940/=

Az RT-PCR módszerrel a SARS-CoV-2 vírus kimutatására szolgáló ilyen típusú teljesítményértékelési tanulmány azonban még nem készült hazánkban. Ez

az indoklás, hogy miért dolgoztuk ki ezt a protokollt a RealDetect™ COVID-19 RT-PCR készlet teljesítményértékelésére Bangladesben a SARS-CoV-2 vírus számára.

Hipotézis:

A RealDetect™ COVID-19 RT-PCR hatékony diagnosztikai eszköz lesz a SARS CoV-2 vírus kimutatására nasopharyngealis tampon minták segítségével.

Módszertan:

A tanulmány típusa és célja:

Ez egy esetkontroll vizsgálat. Ez a tanulmány várhatóan igazolni fogja, hogy a helyi fejlesztésű RealDetect COVID-19 RT-PCR készlet alkalmas-e Bangladesben a SARS-CoV-2 kimutatására COVID-19-gyanús betegektől vett mintákban.

Vizsgálat Populáció és minták Összesen 120 minta vizsgálatát és elemzését végzik el. A 120 mintából 60 tárolt minta lesz (30 COVID-19 pozitív minta és 30 COVID-19 negatív minta) az IEDCR-től. A minták pozitív/negatív állapotát a rendszer vakítja, mielőtt elküldené az ideSHi-nek. A mintákat már tároltuk -80 Celsius fokon az IEDCR fagyasztóban.

Ezenkívül 60 friss mintát, amelyeket az IEDCR-nél tesztelnek, az ideSHi is tesztelni fog a RealDetect segítségével valós időben. Ezeket a mintákat az IEDCR is megvakítja, és amint elérhetővé válik, elküldi a vizsgáló laboratóriumba (ideSHi). Ebből a 60 mintából 30 COVID-19 pozitív és 30 COVID-19 negatív minta lesz. Ezeket a friss mintákat az ideSHi rendelkezésére bocsátjuk a RealDetect COVID-19 RT-PCR készlet teljesítményértékeléséhez szükséges tesztelés és elemzés céljából. A PI koordinálja ezeket a tevékenységeket.

Az IEDCR biztosítja az ideSHi számára a COVID-19 kimutatására szolgáló RealDetect RT-PCR Kit teljesítményértékelési vizsgálatához szükséges mintákat. Itt meg kell említeni, hogy az IEDCR a COVID-19 kimutatására szolgáló kormányzati referencialaboratórium Bangladesben. Az ideSHi és az IEDCR között egyetértési megállapodás kötött, és ez a két szervezet 2014 óta dolgozik együtt. Így az IEDCR részt vett ebben a tanulmányban.

Az elfogultság elkerülése érdekében az ideSHi (CRO) nyomozók nem látják az IEDCR által biztosított mintákat. Vagyis az ideSHi-nyomozók nem fogják tudni, hogy a 60 minta közül melyik pozitív és a 60 minta közül melyik negatív. A RealDetect RT-PCR Kit segítségével végzett RT-PCR futtatása után az ideSHi elküldi az eredményeket a vezető vizsgálónak. A vezető kutató az IEDCR-eredményeket is megkapja ugyanazon mintákra vonatkozóan. Végül a PI összehasonlítja az ideSHi és az IEDCR eredményeit, és meghatározza az érzékenységet, a specificitást, a pozitív prediktív értéket és a negatív prediktív értéket.

Tanulmánytervezés: Esettanulmány.

A mintanagyság statisztikai alapja:

Képletek:

Változó jelölések:

Α (az I. típusú hiba valószínűsége) (szignifikancia szint) a valódi nullhipotézis elutasításának valószínűsége (0,05) Β (a II. típusú hiba valószínűsége) (1 - a teszt hatványa) a hiba elutasításának valószínűsége. hamis nullhipotézis (0,80).

PA (az A típusú disszonáns párok aránya), az A típusú disszonáns párok aránya a diszharmáns párok között (1/4) PD (diskordáns párok aránya) az összes pár között (0,11)

Npár, szükséges mintaméret-párok 2x60=120 Egyeztetett páros elrendezést használnak, az egyező párban lévő páciensek közül az egyik RT-PCR-pozitív COVID-19-re, a másik pedig RT-PCR-negatív COVID-19-re. Hány egyező párt kell bevonni a vizsgálatba, hogy 95%-os eséllyel szignifikáns különbséget találjunk egy kétoldalas teszttel I. típusú hibával = 0,05? Tehát összesen 120 mintát fogunk használni; 60 COVID-19 pozitív és 60 COVID-19 negatív minta.

Diagnosztikai kritériumok a COVID-19 pozitív és negatív minták kiválasztásához:

Az IEDCR számos különböző készletet használ a COVID-19 észleléséhez. Ezek a készletek a következőket tartalmazzák: (1) A*Star Fortitute Kit 2 a COVID-19 észleléséhez (Szingapúr), (2) Sansure Biotec Limited (Kína), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Németország) és (4) DaAn Kit (Kína). A 2 készlet közül az A*Star Fortitude Kit 2 az IEDCR legjobb készleteként ismert, teljesítményétől függően, mivel ritkán ad téves pozitív vagy hamis negatív eredményeket.

Az A*Star Fortitude Kit 2 az IEDCR többi készletére vonatkozó ellentmondásos eredmények megerősítésére szolgál. Vagyis az IEDCR aranyszabványként az A*Star Fortitude Kit-et használja a COVID-érzékeléshez. Esetünkben ez a fő oka ennek a készletnek a kiválasztásának a RealDetect™ COVID-19 RT-PCR készlet teljesítményének összehasonlítása érdekében.

A betegek hozzájárulása nem szükséges. A mintákat az IEDCR-től szerzik be, így nincs szükség a betegek felvételére és a betegek beleegyezésére.

Minden mintát COVID-19 pozitívnak diagnosztizálnak az RT-PCR pozitív eredmények alapján, a vírus RNS Ct-értéke ≤ 30. Ha a légúti

A minták pozitív eredményt adnak a laboratóriumban a SARS-CoV-2 konzervált vírusgén(eke)t megcélzó RT-PCR-elemzés során, ez a COVID-19 megerősített pozitív esetének minősül.

Másrészt, ha a légúti minták negatív eredményt adnak amplifikáció nélkül a SARS-CoV-2 konzervált vírusgén(eke)t megcélzó laboratóriumban végzett RT-PCR analízis során, akkor azt a COVID-19 megerősített negatív esetének kell tekinteni. .

Tanulmányi hely: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi) ; Mohakhali, Daka.

Mintavételi hely(ek): Virológiai Laboratórium, Epidemiológiai, Betegségellenőrzési és Kutatási Intézet (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Megjegyzés: Az IEDCR biztosítja az ideSHi számára a RealDetect RT-PCR Kit COVID-19 kimutatására szolgáló teljesítményértékelési vizsgálatához szükséges mintákat. Itt meg kell említeni, hogy az IEDCR a COVID-19 kimutatására szolgáló kormányzati referencialaboratórium Bangladesben. Az IEDCR saját, -80°C-on tárolt mintákkal rendelkezik. Az ideSHi és az IEDCR között egyetértési megállapodás kötött, és ez a két szervezet 2014 óta dolgozik együtt.

Adatgyűjtési eljárás: A COVID-19 pozitív mintákat a vírus RNS-ére vonatkozó pozitív RT-PCR eredmények laboratóriumi leletei igazolják. A példányok kiválasztása a felvételi és kizárási kritériumok szerint történik. Az adatgyűjtést követően az adatok egy Excel lapon kerülnek tárolásra későbbi elemzés céljából.

Adatelemzés:

Meg kell határozni a RealDetect™ RT-PCR kit érzékenységét, specificitását, pozitív prediktív értékét és negatív prediktív értékét. Az érzékenység, a specificitás, a pozitív prediktív érték és a negatív prediktív érték mellett a Kappa együttható, a pozitív valószínűségi arány és a negatív valószínűségi arány is kiszámításra kerül.

Páratlan t-teszt, Wilcox-teszt, rangteszt, összehasonlítási teszt, átlagteszt, érzékenység/specificitás teszt, regresszióanalízis és geometriai átlag 95%-os CI-vel az adatok elemzésére szolgálnak. Egyváltozós elemzést kell végeznie. A ≤0,05 p értéket a szignifikáns asszociáció szintjének tekintjük. Az érzékenység, a specificitás, a kappa-együttható, a pozitív prediktív érték (PPV), a negatív prediktív érték (NPV), a pozitív valószínűségi arány (LR+), a negatív valószínűségi arány (LR-) és a hatékonyság a következő képletekkel kerül kiszámításra, amelyben a TP a a valódi pozitívak száma, FP a hamis pozitívak száma, hamis negatív (FN) az álnegatívok száma és a True Negative (TN) a valódi negatívok száma: Érzékenység = Igaz pozitív (TP)/[TP + FN]; Specificitás = TN/ [TN + Hamis pozitív (FP)]; Kappa-együttható K=(Megfigyelt megegyezés (OA) – Véletlen megállapodás (AC)/ (1-AC); Pontosság = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Pozitív prediktív érték (PPV) = TP /[TP + FP]; Negatív prediktív érték (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= érzékenység/ [100 – specifitás] és LR- = [100 – érzékenység]/specifitás

Az eredmények felhasználása:

1. A Bangladesh Medical Research Council (BMRC) etikai engedélyére van szükség a RealDetect™ COVID-19 RT-PCR készlet teljesítményértékelési vizsgálatához.
2. Ez elősegíti a RealDetect™ COVID-19 RT-PCR készlet további feldolgozását a Gyógyszerügyi Hatósági Főigazgatóság (DGDA) előírásainak megfelelően, hogy a termékeket legálisan forgalmazzák Bangladesben.

Felszerelés:

A Bangladesi Egészségtudományi Egyetem (BUHS) vezető kutatója és más kutatók koordinálják az értékelést, az adatelemzést és a közzétételt. A tesztelést azonban egy külön szervezetben végzik el, az IEDCR vakmintáival az ideSHi-nál. Ez egyike azon kormány által kiválasztott szervezeteknek, amelyeket a COVID-19 tesztelésére bíztak a szolgáltatások nyújtásával, és egyben bejegyzett szerződéses kutatási szervezet (CRO). Az intézet nemzetközi szabványnak megfelelő biológiai biztonsági szint (BSL) 2 plus és BSL létesítményekkel rendelkezik, olyan kifinomult berendezésekkel, mint a valós idejű PCR gép, amely a valós idejű RT-PCR-hez szükséges a COVID-19 kimutatásához.

Az Osztály/Intézmény vezetőjének jóváhagyása:

Ezt az együttműködési vizsgálatot a következő intézetekben végzik el:

Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (Mintagyűjtéshez és mintatároláshoz) és Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (Mintaelemzéshez, adatgyűjtéshez, adatelemzéshez)

Etikai vonatkozások:

Az elfogultság elkerülése érdekében a tanulmányt elvakítjuk az ideSHi kutatóitól, akik részt vesznek a vizsgálatban.

Engedélyt a Banglades Orvostudományi Kutatási Tanácstól kérnek.

Az adatgyűjtés és adattárolás során és után is szigorúan megőrizzük az adatvédelmet és a titoktartást.