SARS-CoV-2 바이러스 검출을 위한 RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 키트의 성능 평가

현재의 전 세계적 유행병을 고려할 때 다른 국가와 마찬가지로 방글라데시도 COVID-19 확산과 싸우는 것이 매우 어려워지고 있습니다. 방글라데시에서는 더 많은 수의 검사가 필요하며 이러한 수요에 대처하기 위해 방글라데시에서 시급히 분석 키트의 증가가 필요합니다.

현재 우리는 수입 테스트 키트에 전적으로 의존하고 있습니다. 전 세계적으로 RT-PCR 진단키트가 부족한 상황에서 다른 나라에서 수입하는 것은 매우 어려운 일인 것 같습니다. 기본적으로 이러한 키트를 제조하는 국가는 자국의 수요를 먼저 충족시키는 데 중점을 두므로 해당 국가는 이러한 키트의 수출을 금지합니다. 따라서 키트의 가용성은 방글라데시가 국내에서 테스트를 늘리는 데 큰 문제가 될 것입니다.

둘째, 전 세계적으로 폐쇄된 상황으로 인해 다른 국가에서 이러한 키트를 운송하는 것이 현재 우리가 직면하고 있는 두 번째 큰 문제인 것 같습니다. 키트는 우리나라에 도착하기 전에 몇 주 동안 공항에 좌초되었습니다. 말할 것도 없이, 전체 불확실한 운송 과정에서 테스트 키트의 품질이 위태로워지고 있습니다. RT-PCR 테스트 키트는 온도에 매우 민감하며 테스트를 제대로 수행하려면 콜드 체인을 유지하는 것이 필수적입니다.

일단 승인되면 이 정성적 RT-PCR 기반 키트는 방글라데시 정부의 집단 조치와 함께 COVID-19의 효과적인 진단 및 임상 관리에서 주요 도구가 될 수 있습니다. 방글라데시의 방글라데시에서 개발 및 제조된다는 것은 이 대유행 기간 동안 테스트 키트가 부족하지 않으며 국내 수요를 충족한 후 키트를 수출하는 것도 가능하다는 것을 의미합니다. 이 키트는 시중에서 판매되는 다른 키트에 비해 확실히 비용 효율적일 것이며 가격은 국내에서 판매되는 키트보다 약 30% 저렴할 것입니다. 방글라데시 정부의 현재 구매 가격. 가져온 COVID-19 RT-PCR 테스트의 테스트 당 약입니다. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 테스트당 비용은 약입니다. Tk. 1940/=

그러나 SARS-CoV-2 바이러스 검출을 위한 RT-PCR 방법에 대한 이러한 유형의 성능 평가 연구는 우리나라에서 아직 수행되지 않았습니다. 이것은

방글라데시에서 SARS-CoV-2 바이러스에 대한 RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 키트의 성능 평가를 위해 이 프로토콜을 설계한 이유입니다.

가설:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR은 비인두 면봉 검체를 사용하여 SARS CoV-2 바이러스를 탐지하는 효과적인 진단 도구가 될 것입니다.

방법론:

연구 유형 및 목적:

이것은 사례 관리 연구입니다. 이 연구는 현지에서 개발된 RealDetect COVID-19 RT-PCR 키트가 방글라데시에서 COVID-19 의심 환자로부터 수집한 검체에서 SARS-CoV-2를 검출하는 데 사용하기에 적합한지 여부를 검증할 것으로 기대됩니다.

연구 모집단 및 샘플 총 120개의 샘플에 대한 테스트 및 분석이 수행됩니다. 120개의 샘플 중 60개는 IEDCR에서 보관된 샘플(COVID-19 양성 샘플 30개 및 COVID-19 음성 샘플 30개)입니다. 샘플의 양성/음성 상태는 ideSHi로 보내기 전에 눈이 멀게 됩니다. 샘플은 이미 IEDCR 냉동고에 -80도에 보관되어 있습니다.

또한 IEDCR에서 테스트할 60개의 새로운 표본은 실시간으로 RealDetect를 사용하여 ideSHi에서도 테스트됩니다. 이 샘플은 또한 IEDCR에 의해 눈이 멀고 사용 가능해지면 테스트 실험실(ideSHi)로 보내집니다. 이 60개 샘플 중 30개는 COVID-19 양성 샘플이고 30개는 COVID-19 음성 샘플입니다. 이 새로운 샘플은 RealDetect COVID-19 RT-PCR 키트의 성능 평가를 위한 테스트 및 분석을 위해 ideSHi에 제공됩니다. PI는 이러한 활동을 조정합니다.

IEDCR은 COVID-19 검출을 위한 RealDetect RT-PCR 키트의 성능 평가 연구에 필요한 샘플을 ideSHi에 제공할 것입니다. 여기서 IEDCR은 방글라데시에서 COVID-19 탐지를 위한 정부 참조 실험실이라는 점을 언급해야 합니다. ideSHi와 IEDCR 사이에는 MOU가 있으며 이 두 조직은 2014년부터 공동 작업을 수행해 왔습니다. 따라서 IEDCR이 이 연구에 참여했습니다.

편견을 피하기 위해 ideSHi(CRO) 조사관은 IEDCR에서 제공한 샘플에 대해 눈이 멀게 됩니다. 즉, ideSHi 조사관은 60개 샘플 중 어느 것이 양성이고 60개 샘플 중 어떤 것이 음성인지 알 수 없습니다. RealDetect RT-PCR Kit를 사용하여 RT-PCR을 실행한 후 ideSHi는 결과를 Principal Investor에게 보냅니다. 수석 조사관은 동일한 샘플에 대한 IEDCR 결과도 받게 됩니다. 마지막으로 PI는 ideSHi와 IEDCR의 결과를 비교하여 민감도, 특이도, 양성 예측도 및 음성 예측도를 결정합니다.

연구 설계: 사례 통제 연구.

표본 크기의 통계적 근거:

방식:

변수 표기법:

Α(제1종 오류 확률)(유의 수준)은 참 귀무가설(0.05)을 기각할 확률입니다. Β(제2종 오류 확률)(1 - 검정력)은 거짓 귀무 가설(0.80).

PA(A 유형 불일치 쌍의 비율), 불일치 쌍 중 A 유형 불일치 쌍의 비율(1/4) 모든 쌍 중 PD(불일치 쌍 비율)(0.11)

Npairs, 필수 샘플 크기 쌍 2x60=120 일치 쌍 디자인이 사용되며, 일치 쌍의 한 환자는 COVID-19에 대해 RT-PCR 양성에 할당되고 다른 환자는 COVID-19에 대해 RT-PCR 음성에 할당됩니다. 제1종 오류 = 0.05인 양측 검정을 사용하여 유의미한 차이를 발견할 확률이 95%가 되려면 연구에 얼마나 많은 일치 쌍이 등록되어야 합니까? 따라서 총 120개의 샘플을 사용합니다. COVID-19 양성 샘플 60개와 COVID-19 음성 샘플 60개.

COVID-19 양성 및 음성 표본 선택을 위한 진단 기준:

IEDCR은 COVID-19 탐지를 위해 다양한 키트를 사용합니다. 이러한 키트에는 (1) COVID-19 검출용 A*Star Fortitute Kit 2(Singapure), (2) Sansure Biotec Limited(중국), (3) ModularDx Kit(TIB Molecular Biology, 독일, (4) DaAn Kit가 포함됩니다. (중국). 이 2가지 키트 중 A*Star Fortitude Kit 2는 위양성이나 위음성 결과가 거의 발생하지 않기 때문에 성능에 따라 IEDCR에서 최고의 키트로 알려져 왔습니다.

A*Star Fortitude Kit 2는 IEDCR의 다른 키트에 대한 불일치 결과를 확인하는 데 사용됩니다. 즉, IEDCR은 COVID 탐지를 위해 A*Star Fortitude Kit를 Gold Standard로 사용합니다. 우리의 경우 RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 키트의 성능을 비교하기 위해 이 키트를 선택한 주된 이유입니다.

환자의 동의는 필요하지 않습니다. 표본은 IEDCR에서 얻을 수 있으므로 환자 등록 및 환자의 동의가 필요하지 않습니다.

모든 검체는 바이러스 RNA에 대한 Ct 값 ≤ 30인 RT-PCR 양성 결과를 기반으로 COVID-19 양성으로 진단됩니다. 호흡기의 경우

표본이 SARS-CoV-2에 대해 보존된 바이러스 유전자를 표적으로 하는 실험실에서 RT-PCR 분석에서 양성 결과를 제공하면 COVID-19에 대해 확인된 양성 사례로 간주됩니다.

한편, SARS-CoV-2에 대해 보존된 바이러스 유전자를 표적으로 하는 실험실에서 RT-PCR 분석에서 호흡기 검체에서 증폭되지 않은 음성 결과가 나오면 COVID-19에 대해 확인된 음성 사례로 간주됩니다. .

학습 장소: 과학 및 건강 이니셔티브 개발 연구소(ideSHi) ; 모하칼리, 다카

샘플 수집 장소: Virology Laboratory, Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

참고: IEDCR은 COVID-19 검출을 위한 RealDetect RT-PCR 키트의 성능 평가 연구에 필요한 샘플을 ideSHi에 제공할 것입니다. 여기서 IEDCR은 방글라데시에서 COVID-19 탐지를 위한 정부 참조 실험실이라는 점을 언급해야 합니다. IEDCR은 -80°C에 저장된 자체 샘플을 보유하고 있습니다. ideSHi와 IEDCR 사이에는 MOU가 있으며 이 두 조직은 2014년부터 공동 작업을 수행해 왔습니다.

데이터 수집 절차: COVID-19 양성 샘플은 바이러스 RNA에 대한 양성 RT-PCR 결과의 실험실 결과에 의해 확인됩니다. 표본 선택은 포함 및 제외 기준에 따라 수행됩니다. 데이터 수집 후 데이터는 추후 분석을 위해 Excel 시트에 저장됩니다.

데이터 분석:

RealDetect™ RT-PCR kit의 민감도, 특이도, 양성예측도, 음성예측도가 결정됩니다. 민감도, 특이도, 양성 예측값 및 음성 예측값과 함께 Kappa 계수, 양성 우도비 및 음성 우도비도 계산됩니다.

Unpaired t-test, Wilcox's test, Rank test, compare test, Mean test, Sensitivity/Specificity test, Regression analysis, CI 95% 기하평균 등을 이용하여 분석하였다. 일변량 분석을 수행해야 합니다. ≤0.05의 p 값은 유의미한 연관성 수준으로 간주됩니다. 민감도, 특이도, 카파 계수, 양의 예측 값(PPV), 음의 예측 값(NPV), 양의 우도 비율(LR+), 음의 우도 비율(LR-) 및 효율성은 TP가 다음 공식을 사용하여 계산됩니다. 참 양성의 수, FP는 거짓 양성의 수, 거짓 음성(FN)은 거짓 음성의 수 및 참 음성(TN)은 참 음성의 수: 감도 = 참 양성(TP)/[TP + FN]; 특이성 = TN/[TN + 위양성(FP)]; 카파 계수 K=(관찰된 일치(OA)- 우연에 의한 일치(AC)/(1-AC), 정확도 = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN], 양의 예측값(PPV) = TP /[TP + FP], 음성 예측값(NPV) = TN/[TN + FN], LR+= 민감도/[100 - 특이도] 및 LR- = [100 - 민감도]/특이도

결과 활용:

1. RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 키트의 성능 평가 연구를 위해 Bangladesh Medical Research Council(BMRC) 윤리 승인이 필요합니다.
2. 이는 방글라데시에서 제품을 합법적으로 판매하기 위한 DGDA(의약국장) 규정에 대한 RealDetect™ COVID-19 RT-PCR 키트의 추가 처리에 도움이 될 것입니다.

시설:

방글라데시 보건과학 대학(BUHS)의 수석 연구원과 다른 조사자들이 평가와 데이터 분석 및 출판을 조정할 것입니다. 그러나 테스트는 ideSHi에서 IEDCR의 맹검 표본을 사용하여 별도의 조직에서 수행됩니다. 서비스를 제공하기 위해 COVID-19 테스트를 위해 지정된 정부 선정 기관 중 하나이며 등록된 계약 연구 기관(CRO)이기도 합니다. 연구소는 코로나19 검출을 위한 실시간 RT-PCR에 필요한 실시간 PCR 장비와 같은 첨단 장비를 갖춘 국제 표준 생물안전등급(BSL) 2 플러스 및 BSL 시설을 갖추고 있다.

학과/연구소장의 승인:

이 공동 연구는 다음 기관에서 수행됩니다.

IEDCR(Institute of Epidemiology, Disease Control and Research), Mohakhali, Dhaka(샘플 수집 및 샘플 보관용) 및 과학 및 건강 이니셔티브 개발 연구소(ideSHi); Mohakhali, Dhaka (샘플 분석, 데이터 수집, 데이터 분석용)

윤리적 영향:

편견을 피하기 위해 연구에 참여할 ideSHi 연구원에게 연구가 눈이 멀게 됩니다.

방글라데시 의학 연구 위원회에서 허가를 받습니다.

개인 정보 보호 및 기밀 유지는 데이터 수집 및 데이터 저장 도중과 이후에 엄격하게 유지됩니다.