Prestatie-evaluatie van RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit voor de detectie van het SARS-CoV-2-virus

Gezien de huidige wereldwijde pandemie wordt het, net als voor elk ander land, erg moeilijk voor Bangladesh om de verspreiding van COVID-19 tegen te gaan. Er is een groter aantal tests nodig in Bangladesh en om aan deze vraag te voldoen, is er dringend een toename van testkits nodig in het land.

Momenteel zijn we volledig afhankelijk van geïmporteerde testkits. In een tijd dat de hele wereld kampt met een tekort aan RT-PCR-testkits, lijkt import uit andere landen erg moeilijk. In de eerste plaats zijn landen die deze kits produceren erop gericht om eerst aan de vraag in hun eigen land te voldoen en daarom leggen die landen een exportverbod op voor deze kits. Dus de beschikbaarheid van de kits zal een groot probleem worden voor Bangladesh om het testen in het land te vergroten.

Ten tweede lijkt het vervoeren van deze kits vanuit een ander land vanwege de wereldwijde lockdown-situatie het tweede grote probleem waarmee we momenteel worden geconfronteerd. De kits stranden wekenlang op de luchthavens voordat ze ons land bereiken. Om nog maar te zwijgen over het feit dat de kwaliteit van de testkits in het gedrang komt in het hele onzekere transportproces. De RT-PCR-testkits zijn zeer temperatuurgevoelig en het handhaven van de koelketen is verplicht om de test goed uit te voeren.

Eenmaal goedgekeurd, kan deze kwalitatieve op RT-PCR gebaseerde kit een belangrijk hulpmiddel zijn voor Bangladesh bij het effectief diagnosticeren en klinisch behandelen van COVID-19, samen met collectieve acties van de overheid. van Bangladesh. Omdat het in Bangladesh wordt ontwikkeld en geproduceerd, zal er tijdens deze pandemie geen tekort aan testkits zijn en zal het ook mogelijk zijn om de kit te exporteren nadat aan de binnenlandse behoeften is voldaan. De kit zal zeker kosteneffectief zijn in vergelijking met andere in de handel verkrijgbare kits en de prijs zal ongeveer 30% lager zijn dan de in de handel verkrijgbare kits in het land. Huidige aankoopprijs van Bangladesh govt. per test van de geïmporteerde COVID-19 RT-PCR-test is ca. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR kosten per test ongeveer. Tk. 1940/=

Dit type prestatie-evaluatieonderzoek naar de RT-PCR-methode voor de detectie van het SARS-CoV-2-virus is echter nog niet uitgevoerd in ons land. Dit is

de grondgedachte waarom we dit protocol hebben ontworpen voor prestatie-evaluatie van RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit in Bangladesh voor het SARS-CoV-2-virus.

Hypothese:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR zal een effectief diagnostisch hulpmiddel zijn voor de detectie van het SARS CoV-2-virus met behulp van nasofaryngeale uitstrijkjes.

Methodologie:

Studietype & doel:

Dit is een case-control studie. Deze studie zal naar verwachting valideren of de lokaal ontwikkelde RealDetect COVID-19 RT-PCR-kit geschikt is voor gebruik in Bangladesh voor de detectie van SARS-CoV-2 in monsters die zijn verzameld van vermoedelijke COVID-19-patiënten.

Studie Populatie en monsters Er zullen tests en analyses van in totaal 120 monsters worden uitgevoerd. Van de 120 monsters zullen er 60 opgeslagen monsters zijn (30 COVID-19 positieve monsters en 30 COVID-19 negatieve monsters) van IEDCR. De positieve/negatieve status van de monsters wordt geblindeerd voordat ze naar ideSHi worden verzonden. De monsters zijn al opgeslagen bij -80 graden Celsius in de IEDCR-vriezer.

Daarnaast zullen 60 nieuwe monsters die bij IEDCR worden getest, ook in realtime worden getest bij ideSHi met behulp van RealDetect. Deze monsters worden ook geblindeerd door IEDCR en naar het testlaboratorium (ideSHi) gestuurd zodra ze beschikbaar komen. Van deze 60 monsters zullen er 30 COVID-19-positieve en 30 COVID-19-negatieve monsters zijn. Deze verse monsters zullen aan ideSHi worden verstrekt voor testen en analyse voor prestatie-evaluatie van de RealDetect COVID-19 RT-PCR-kit. De PI coördineert deze activiteiten.

IEDCR zal ideSHi voorzien van de monsters die nodig zijn voor de prestatie-evaluatiestudie van RealDetect RT-PCR Kit voor COVID-19-detectie. Hierbij moet worden vermeld dat IEDCR het referentielaboratorium van de overheid is voor COVID-19-detectie in Bangladesh. Er is een MOU tussen ideSHi en IEDCR en deze twee organisaties werken sinds 2014 samen. Zodoende is IEDCR betrokken geweest bij dit onderzoek.

Om vooringenomenheid te voorkomen, zullen ideSHi (CRO)-onderzoekers blind zijn voor de monsters die door IEDCR worden verstrekt. Dat wil zeggen, ideSHi-onderzoekers zullen niet weten welke van de 60 monsters positief zijn en welke van de 60 monsters negatief zijn. Na een RT-PCR-run met RealDetect RT-PCR Kit, stuurt ideSHi de resultaten naar de hoofdonderzoeker. De hoofdonderzoeker ontvangt ook IEDCR-resultaten voor dezelfde monsters. Ten slotte zal de PI de resultaten van ideSHi en IEDCR vergelijken en de sensitiviteit, specificiteit, positief voorspellende waarde en negatief voorspellende waarde bepalen.

Studieopzet: Case-control studie.

Statistische basis van steekproefomvang:

formules:

Variabele notaties:

Α (de kans op type I-fout) (significantieniveau) is de kans dat de ware nulhypothese wordt verworpen (0,05) Β (de kans op type II-fout) (1 - power van de test) is de kans dat de valse nulhypothese (0,80).

PA (aandeel dissonante paren van type A), aandeel dissonante paren van type A onder dissonante paren (1/4) PD (aandeel dissonante paren) onder alle paren (0,11)

Npairs, vereiste steekproefgrootteparen 2x60=120 Er wordt een matched-pair-ontwerp gebruikt, waarbij één patiënt in een matched pair wordt toegewezen aan RT-PCR-positief voor COVID-19 en de andere aan RT-PCR-negatief voor COVID-19. Hoeveel gematchte paren moeten in het onderzoek worden opgenomen om 95% kans te hebben op het vinden van een significant verschil met behulp van een tweezijdige test met type I-fout = 0,05? We zullen dus in totaal 120 monsters gebruiken; 60 COVID-19 positieve monsters en 60 COVID-19 negatieve monsters.

Diagnostische criteria voor selectie van COVID-19 positieve en negatieve monsters:

IEDCR gebruikt veel verschillende kits voor COVID-19-detectie. Deze kits bevatten: (1) A*Star Fortitute Kit 2 voor COVID-19-detectie (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (China), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Duitsland, en (4) DaAn Kit (China). Van deze 2 kits staat A*Star Fortitude Kit 2 bekend als de beste kit in IEDCR, afhankelijk van zijn prestaties, omdat het zelden fout-positieve of fout-negatieve resultaten genereert.

A*Star Fortitude Kit 2 wordt gebruikt voor bevestiging van dissonante resultaten voor andere kits in IEDCR. Dat wil zeggen, IEDCR gebruikt A*Star Fortitude Kit voor COVID-detectie als de gouden standaard. In ons geval is dit de belangrijkste reden voor de keuze van deze kit om de prestaties van de RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit te vergelijken.

Toestemming van de patiënten is niet vereist. Specimens zullen worden verkregen van IEDCR en er is dus geen vereiste van inschrijving van de patiënt en toestemming van de patiënten.

Alle monsters zullen worden gediagnosticeerd als COVID-19-positief op basis van RT-PCR-positieve resultaten met Ct-waarde ≤ 30 voor het virale RNA. Als de luchtwegen

specimens positieve resultaten geven na RT-PCR-analyse in het laboratorium gericht op de geconserveerde virale gen(en) voor SARS-CoV-2, zal het worden beschouwd als een bevestigd positief geval voor COVID-19.

Aan de andere kant, als de respiratoire monsters negatieve resultaten geven zonder amplificatie bij RT-PCR-analyse in het laboratorium gericht op de geconserveerde virale genen voor SARS-CoV-2, wordt dit beschouwd als een bevestigd negatief geval voor COVID-19. .

Plaats van studie: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi) ; Mohakhali, Dhaka.

Monsterafnamelocatie(s): Virologisch laboratorium, Instituut voor epidemiologie, ziektebestrijding en onderzoek (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Opmerking: IEDCR zal ideSHi voorzien van de monsters die nodig zijn voor het prestatie-evaluatieonderzoek van de RealDetect RT-PCR-kit voor COVID-19-detectie. Hierbij moet worden vermeld dat IEDCR het referentielaboratorium van de overheid is voor COVID-19-detectie in Bangladesh. IEDCR heeft zijn eigen opgeslagen monsters in - 80°C. Er is een MOU tussen ideSHi en IEDCR en deze twee organisaties werken sinds 2014 samen.

Gegevensverzamelingsprocedure: COVID-19-positieve monsters zullen worden bevestigd door laboratoriumbevindingen van positieve RT-PCR-resultaten voor het virale RNA. Selectie van de monsters zal worden uitgevoerd volgens de inclusie- en exclusiecriteria. Na het verzamelen van de gegevens worden de gegevens opgeslagen in een Excel-sheet voor latere analyse.

Gegevensanalyse:

De gevoeligheid, specificiteit, positief voorspellende waarde en negatief voorspellende waarde van de RealDetect™ RT-PCR-kit worden bepaald. Naast sensitiviteit, specificiteit, positief voorspellende waarde en negatief voorspellende waarde, worden ook Kappa-coëfficiënt, positieve waarschijnlijkheidsratio en negatieve waarschijnlijkheidsratio berekend

Ongepaarde t-test, Wilcox-test, Rank-test, vergelijkingstest, Gemiddelde-test, Gevoeligheids-/specificiteitstest, Regressieanalyse en Geometrisch gemiddelde met 95% BI zullen worden gebruikt om de gegevens te analyseren. Het zal een univariate analyse moeten uitvoeren. Een p-waarde van ≤0,05 wordt beschouwd als het niveau van significante associatie. De sensitiviteit, specificiteit, kappa-coëfficiënt, positieve voorspellende waarde (PPV), negatieve voorspellende waarde (NPV), positieve waarschijnlijkheidsratio (LR+), negatieve waarschijnlijkheidsratio (LR-) en efficiëntie worden berekend met behulp van de volgende formules waarin TP de aantal terecht-positieven, FP het aantal fout-positieven, fout-negatief (FN) het aantal fout-negatieven en True Negative (TN) het aantal echt-negatieven: Gevoeligheid = True positive (TP)/[TP + FN]; Specificiteit = TN/ [TN + Vals positief (FP)]; Kappa-coëfficiënt K=(Waargenomen overeenkomst (OA)- Overeenkomst door toeval (AC)/ (1-AC); Nauwkeurigheid = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Positieve voorspellende waarde (PPV) = TP /[TP + FP]; Negatieve voorspellende waarde (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= gevoeligheid/ [100 - specificiteit] en LR- = [100 - gevoeligheid]/specificiteit

Gebruik van resultaten:

1. Ethische goedkeuring van de Bangladesh Medical Research Council (BMRC) is nodig voor prestatie-evaluatieonderzoek van de RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit.
2. Dit zal helpen bij de verdere verwerking van de RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit voor de regelgeving van de Director General of Drug Administration (DGDA) om de producten legaal op de markt te brengen in Bangladesh.

Faciliteiten:

De hoofdonderzoeker en andere onderzoekers van de Bangladesh University of Health Sciences (BUHS) zullen de evaluatie en data-analyse en publicatie coördineren. Het testen zal echter in een aparte organisatie worden uitgevoerd met geblindeerde exemplaren van IEDCR op de ideSHi. Het is een van de door de overheid geselecteerde organisaties die is toegewezen voor COVID-19-testen om diensten te verlenen en is ook een geregistreerde contractonderzoeksorganisatie (CRO). Het instituut heeft internationale standaard Biological Safety Levels (BSL) 2 plus en BSL-faciliteiten met geavanceerde apparatuur zoals een real-time PCR-machine die nodig is voor real-time RT-PCR voor COVID-19-detectie.

Goedkeuring van het hoofd van de afdeling/het instituut:

Dit ringonderzoek zal worden uitgevoerd in de volgende instituten:

Instituut voor epidemiologie, ziektebestrijding en onderzoek (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (voor monsterverzameling en monsteropslag) en Instituut voor de ontwikkeling van wetenschappelijke en gezondheidsinitiatieven (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (voor monsteranalyse, gegevensverzameling, gegevensanalyse)

Ethische implicaties:

Om vooringenomenheid te voorkomen, zal de studie worden geblindeerd voor ideSHi-onderzoekers die bij de studie betrokken zullen zijn.

Toestemming zal worden verkregen van de Bangladesh Medical Research Council.

De privacy en vertrouwelijkheid zullen strikt worden gehandhaafd tijdens en na het verzamelen en opslaan van gegevens.