Prestandautvärdering av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit för upptäckt av SARS-CoV-2-virus

Med tanke på den nuvarande globala pandemin, precis som alla andra länder, börjar det bli mycket svårt för Bangladesh att bekämpa spridningen av covid-19. Ett ökat antal tester behövs i Bangladesh och för att klara denna efterfrågan behövs en ökning av analyssatser akut i landet.

För närvarande är vi helt beroende av importerade testkit. Vid den tidpunkt då hela världen står inför en brist på RT-PCR-testkit verkar import från andra länder vara mycket svår. I första hand är länder som tillverkar dessa kit fokuserade på att möta efterfrågan i sina egna länder först och därför inför dessa länder ett förbud mot att exportera dessa kit. Så tillgången på kiten kommer att bli ett stort problem för Bangladesh att öka testningen i landet.

För det andra, på grund av lockdown-situationen över hela världen, verkar transport av dessa kit från ett annat land vara det andra stora problemet vi står inför just nu. Kiten är strandsatta på flygplatserna i veckor innan de når vårt land. För att inte tala om att kvaliteten på testsatserna äventyras i hela den osäkra transportprocessen. RT-PCR-testsatserna är mycket temperaturkänsliga och underhåll av kylkedjan är obligatoriskt för att testet ska kunna utföras korrekt.

När det har godkänts kan detta kvalitativa RT-PCR-baserade kit vara ett viktigt verktyg för Bangladesh i effektiv diagnos och klinisk hantering av COVID-19 tillsammans med kollektiva åtgärder som vidtas av regeringen. av Bangladesh. Att utvecklas och tillverkas i Bangladesh innebär att det inte kommer att råda någon brist på testkit under denna pandemi och det kommer också att vara möjligt att exportera kitet efter att ha uppfyllt inhemska behov. Satsen kommer definitivt att vara kostnadseffektiv jämfört med andra kommersiellt tillgängliga kit och priset kommer att vara cirka 30 % lägre än de kommersiellt tillgängliga kiten i landet. Nuvarande köpeskilling för Bangladesh regering. per test av det importerade COVID-19 RT-PCR-testet är ca. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR per testkostnad blir ca. Tk. 1940/=

Denna typ av prestationsutvärderingsstudie på RT-PCR-metoden för detektion av SARS-CoV-2-virus har dock ännu inte gjorts i vårt land. Detta är

skälen till varför vi har utformat detta protokoll för prestandautvärdering av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit i Bangladesh för SARS-CoV-2-viruset.

Hypotes:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR kommer att vara ett effektivt diagnostiskt verktyg för detektering av SARS CoV-2-virus med hjälp av nasofaryngeala pinnprover.

Metodik:

Studietyp och syfte:

Detta är en fallkontrollstudie. Denna studie förväntas validera om det lokalt utvecklade RealDetect COVID-19 RT-PCR-kitet är lämpligt för användning i Bangladesh för detektering av SARS-CoV-2 i prover som tagits från misstänkta COVID-19-patienter.

Studie Population och prover Testning och analys av totalt 120 prover kommer att utföras. Av de 120 proverna kommer 60 att lagras prover (30 covid-19 positiva prover och 30 covid-19 negativa prover) från IEDCR. Den positiva/negativa statusen för proverna kommer att blindas innan de skickas till ideSHI. Proverna har redan förvarats vid -80 grader Celsius i IEDCR-frysen.

Dessutom kommer 60 färska prover som kommer att testas vid IEDCR också att testas på ideSHI med RealDetect i realtid. Dessa prover kommer också att blindas av IEDCR och skickas till testlaboratoriet (ideSHI) när de blir tillgängliga. Av dessa 60 prover kommer 30 att vara covid-19-positiva och 30 covid-19-negativa prover. Dessa färska prover kommer att tillhandahållas ideSHI för testning och analys för prestandautvärdering av RealDetect COVID-19 RT-PCR-kit. PI kommer att samordna dessa aktiviteter.

IEDCR kommer att förse ideSHI med de prover som behövs för prestandautvärderingsstudien av RealDetect RT-PCR Kit för COVID-19-detektering. Det bör nämnas här att IEDCR är regeringens referenslaboratorium för upptäckt av covid-19 i Bangladesh. Det finns ett MOU mellan ideSHI och IEDCR och dessa två organisationer har samarbetat sedan 2014. Således har IEDCR varit involverad i denna studie.

För att undvika partiskhet kommer ideSHI (CRO) utredare att bli blinda för proverna som tillhandahålls av IEDCR. Det vill säga, ideSHI-utredarna kommer inte att veta vilka av de 60 proverna som är positiva och vilka av de 60 proverna som är negativa. Efter RT-PCR-körning med RealDetect RT-PCR Kit kommer ideSHI att skicka resultaten till huvudutredaren. Huvudutredaren kommer också att få IEDCR-resultat för samma prover. Slutligen kommer PI:n att jämföra resultaten från ideSHI och IEDCR och bestämma känslighet, specificitet, positivt prediktivt värde och negativt prediktivt värde.

Studiedesign: Fallkontrollstudie.

Statistisk grund för provstorlek:

Formler:

Variable notationer:

Α (sannolikheten för typ I-fel) (signifikansnivå) är sannolikheten för att förkasta den sanna nollhypotesen (0,05) Β (sannolikheten för typ II-fel) (1 - testets potens) är sannolikheten att misslyckas med att förkasta falsk nollhypotes (0,80).

PA (andel av diskordanta par av typ A), andel diskordanta par av typ A bland diskordanta par (1/4) PD (andel av diskordanta par) bland alla par (0,11)

N-par, obligatoriska provstorlekspar 2x60=120 En matchad-par-design används, där en patient i ett matchat par tilldelas RT-PCR-positiv för COVID-19 och den andra till RT-PCR-negativ för COVID-19. Hur många matchade par måste registreras i studien för att ha 95 % chans att hitta en signifikant skillnad med ett dubbelsidigt test med typ I-fel = 0,05? Så vi kommer att använda totalt 120 prover; 60 covid-19 positiva prover och 60 covid-19 negativa prover.

Diagnostiska kriterier för urval av covid-19 positiva och negativa prover:

IEDCR använder många olika kit för upptäckt av covid-19. Dessa kit inkluderar (1) A*Star Fortitute Kit 2 för COVID-19-detektering (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (Kina), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Tyskland och (4) DaAn Kit (Kina). Bland dessa 2 kit har A*Star Fortitude Kit 2 varit känt som det bästa kitet i IEDCR beroende på dess prestanda eftersom det sällan genererar falskt positiva eller falskt negativa resultat.

A*Star Fortitude Kit 2 används för att bekräfta eventuella avvikande resultat för andra kit i IEDCR. Det vill säga, IEDCR använder A*Star Fortitude Kit för COVID-detektering som guldstandard. I vårt fall är detta huvudskälet till valet av detta kit för att jämföra prestandan för RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit.

Samtycke från patienterna krävs inte. Prover kommer att erhållas från IEDCR och därför finns det inget krav på patientregistrering och samtycke från patienterna.

Alla prover kommer att diagnostiseras som COVID-19-positiva på basis av RT-PCR-positiva resultat med Ct-värde ≤ 30 för det virala RNA:t. Om andningsorganen

Prover ger positiva resultat vid RT-PCR-analys i labbet som riktar in sig på den eller de konserverade virala generna för SARS-CoV-2, kommer det att betraktas som ett bekräftat positivt fall för COVID-19.

Å andra sidan, om andningsproverna ger negativa resultat utan amplifiering vid RT-PCR-analys i labbet som riktar in sig på den eller de konserverade virala generna för SARS-CoV-2, kommer det att betraktas som ett bekräftat negativt fall för COVID-19 .

Studieort: Institutet för utveckling av vetenskap och hälsoinitiativ (ideSHI) ; Mohakhali, Dhaka.

Provtagningsplatser: Virology Laboratory, Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Obs: IEDCR kommer att förse ideSHI med de prover som behövs för prestandautvärderingsstudien av RealDetect RT-PCR Kit för COVID-19-detektering. Det bör nämnas här att IEDCR är regeringens referenslaboratorium för upptäckt av covid-19 i Bangladesh. IEDCR har sina egna lagrade prover i -80°C. Det finns ett MOU mellan ideSHI och IEDCR och dessa två organisationer har samarbetat sedan 2014.

Datainsamlingsprocedur: Covid-19-positiva prover kommer att bekräftas av laboratoriefynd av positiva RT-PCR-resultat för det virala RNA:t. Urvalet av proverna kommer att utföras enligt inkluderings- och uteslutningskriterierna. Efter datainsamlingen kommer data att lagras i ett Excel-ark för senare analys.

Dataanalys:

Känsligheten, specificiteten, positivt prediktivt värde och negativt prediktivt värde för RealDetect™ RT-PCR-kit kommer att bestämmas. Vid sidan av sensitivitet, specificitet, positivt prediktivt värde och negativt prediktivt värde, kommer även Kappa-koefficient, positivt sannolikhetsförhållande och negativt sannolikhetsförhållande att beräknas

Oparat t-test, Wilcox's test, Rank test, jämför test, Medeltest, Sensitivitet/Specificitetstest, Regressionsanalys och Geometriskt medelvärde med 95 % CI kommer att användas för att analysera data. Det kommer att behöva genomföra en univariat analys. Ett p-värde på ≤0,05 kommer att betraktas som nivån för signifikant association. Känsligheten, specificiteten, kappa-koefficienten, positivt prediktivt värde (PPV), negativt prediktivt värde (NPV), positivt sannolikhetsförhållande (LR+), negativt sannolikhetsförhållande (LR-) och effektivitet kommer att beräknas med hjälp av följande formler där TP är antal sanna positiva, FP antalet falska positiva, Falskt negativa (FN) antalet falska negativa och True Negative (TN) antalet sanna negativa: Känslighet = Sant positiva (TP)/[TP + FN]; Specificitet = TN/ [TN + Falskt positiv (FP)]; Kappa-koefficient K=(Observed Agreement (OA)- Överensstämmelse av slump (AC)/ (1-AC); Noggrannhet = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Positivt prediktivt värde (PPV) = TP /[TP + FP]; Negativt prediktivt värde (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= sensitivitet/ [100 - specificitet] och LR- = [100 - sensitivitet]/specificitet

Användning av resultat:

1. Bangladesh Medical Research Council (BMRC) etiskt godkännande behövs för prestationsutvärderingsstudie av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit.
2. Detta kommer att hjälpa till för vidare bearbetning av RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit för DGDA-direktörens regler för att lagligt marknadsföra produkterna i Bangladesh.

Faciliteter:

Huvudutredaren och andra utredare vid Bangladesh University of Health Sciences (BUHS) kommer att samordna utvärderingen och dataanalysen och publiceringen. Testningen kommer dock att utföras i en separat organisation med hjälp av blindade prover från IEDCR vid ideSHI. Det är en av de statligt utvalda organisationerna som har tilldelats covid-19-testning att tillhandahålla tjänster och är också en registrerad kontraktsforskningsorganisation (CRO). Institutet har internationell standard Biological Safety Levels (BSL) 2 plus och BSL-anläggningar med sofistikerad utrustning som realtids PCR-maskin som krävs för realtids RT-PCR för COVID-19-detektering.

Godkännande av prefekten för avdelningen/institutet:

Denna samarbetsstudie kommer att genomföras på följande institut:

Institutet för epidemiologi, sjukdomskontroll och forskning (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (för provinsamling och provförvaring) och Institutet för utveckling av vetenskaps- och hälsoinitiativ (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (För provanalys, datainsamling, dataanalys)

Etiska konsekvenser:

För att undvika partiskheten kommer studien att förblindas för ideSHi-forskare som kommer att vara involverade i studien.

Tillstånd kommer att tas från Bangladesh Medical Research Council.

Sekretessen och sekretessen kommer att upprätthållas strikt under och efter datainsamling och datalagring.