Оценка эффективности набора RealDetect™ COVID-19 RT-PCR Kit для обнаружения вируса SARS-CoV-2

Учитывая текущую глобальную пандемию, Бангладеш, как и любой другой стране, становится очень сложно бороться с распространением COVID-19. В Бангладеш необходимо увеличить количество тестов, и чтобы удовлетворить этот спрос, в стране срочно необходимо увеличить количество наборов для анализов.

В настоящее время мы полностью зависим от импортных тестовых наборов. В то время, когда во всем мире ощущается нехватка тест-систем для ОТ-ПЦР, импорт из других стран представляется очень сложным. В первую очередь страны, производящие эти комплекты, ориентированы на удовлетворение спроса в первую очередь в своих странах, и поэтому эти страны вводят запрет на экспорт этих комплектов. Таким образом, доступность наборов станет большой проблемой для Бангладеш, чтобы увеличить количество тестов в стране.

Во-вторых, из-за ситуации с карантином во всем мире транспортировка этих комплектов из другой страны кажется второй большой проблемой, с которой мы сталкиваемся прямо сейчас. Комплекты застревают в аэропортах на несколько недель, прежде чем попасть в нашу страну. Не говоря уже о том, что качество тест-наборов находится под угрозой из-за неопределенного процесса транспортировки. Тестовые наборы для ОТ-ПЦР очень чувствительны к температуре, и соблюдение холодовой цепи является обязательным для правильного проведения теста.

После утверждения этот качественный набор на основе ОТ-ПЦР может стать основным инструментом для Бангладеш в эффективной диагностике и клиническом лечении COVID-19 наряду с коллективными действиями правительства. Бангладеш. Разработка и производство в Бангладеш означает, что во время этой пандемии не будет недостатка в наборах для тестирования, а также будет возможность экспортировать набор после удовлетворения внутренних потребностей. Набор определенно будет экономически выгодным по сравнению с другими коммерчески доступными наборами, а цена будет примерно на 30% ниже, чем у имеющихся в продаже наборов в стране. Текущая цена покупки правительства Бангладеш. на тест импортного теста ОТ-ПЦР на COVID-19 составляет прибл. Тк. 2780/= & Стоимость одного теста RealDetect™ COVID-19 RT-PCR составит прибл. Тк. 1940/=

Однако такого рода исследование по оценке эффективности метода ОТ-ПЦР для обнаружения вируса SARS-CoV-2 еще не проводилось в нашей стране. Это

обоснование того, почему мы разработали этот протокол для оценки эффективности набора RealDetect™ COVID-19 RT-PCR в Бангладеш для вируса SARS-CoV-2.

Гипотеза:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR станет эффективным диагностическим инструментом для обнаружения вируса SARS CoV-2 с использованием образцов мазков из носоглотки.

Методология:

Тип и цель исследования:

Это исследование случай-контроль. Ожидается, что это исследование подтвердит, подходит ли местный набор RealDetect COVID-19 RT-PCR для использования в Бангладеш для обнаружения SARS-CoV-2 в образцах, взятых у пациентов с подозрением на COVID-19.

Исследование Популяция и образцы Всего будет проведено тестирование и анализ 120 образцов. Из 120 образцов 60 будут храниться (30 положительных образцов на COVID-19 и 30 отрицательных образцов на COVID-19) из IEDCR. Положительный/отрицательный статус образцов будет скрыт перед отправкой в ​​ideSHi. Образцы уже хранились при температуре -80 градусов Цельсия в морозильной камере IEDCR.

Кроме того, 60 свежих образцов, которые будут протестированы в IEDCR, также будут протестированы в ideSHi с использованием RealDetect в режиме реального времени. Эти образцы также будут ослеплены IEDCR и отправлены в испытательную лабораторию (ideSHi) по мере их поступления. Из этих 60 образцов 30 будут положительными на COVID-19 и 30 отрицательными на COVID-19. Эти свежие образцы будут предоставлены ideSHi для тестирования и анализа для оценки эффективности набора RealDetect COVID-19 RT-PCR. PI будет координировать эти действия.

IEDCR предоставит ideSHi образцы, необходимые для оценки эффективности набора RealDetect RT-PCR Kit для обнаружения COVID-19. Здесь следует упомянуть, что IEDCR является государственной справочной лабораторией по выявлению COVID-19 в Бангладеш. Между ideSHi и IEDCR заключен меморандум о взаимопонимании, и эти две организации ведут совместную работу с 2014 года. Таким образом, IEDCR был вовлечен в это исследование.

Чтобы избежать предвзятости, исследователи ideSHi (CRO) не будут знать образцы, предоставленные IEDCR. То есть исследователи ideSHi не будут знать, какие из 60 образцов положительные, а какие из 60 отрицательные. После проведения ОТ-ПЦР с использованием набора RealDetect RT-PCR Kit ideSHi отправит результаты главному исследователю. Главный исследователь также получит результаты IEDCR для тех же образцов. Наконец, PI сравнит результаты ideSHi и IEDCR и определит чувствительность, специфичность, положительную прогностическую ценность и отрицательную прогностическую ценность.

Дизайн исследования: Исследование случай-контроль.

Статистическая основа размера выборки:

Формулы:

Обозначения переменных:

А (вероятность ошибки I рода) (уровень значимости) — вероятность отклонения истинной нулевой гипотезы (0,05) В (вероятность ошибки II рода) (1 — мощность теста) — вероятность не отклонить ложная нулевая гипотеза (0,80).

PA (доля дискордантных пар типа А), доля дискордантных пар типа А среди дискордантных пар (1/4) ПД (доля дискордантных пар) среди всех пар (0,11)

Npairs, требуемый размер пар выборки 2x60 = 120. Используется парный дизайн, при котором одному пациенту в подобранной паре назначается положительный результат RT-PCR на COVID-19, а другому — отрицательный результат RT-PCR на COVID-19. Сколько совпадающих пар необходимо включить в исследование, чтобы с вероятностью 95 % обнаружить значимое различие с помощью двустороннего теста с ошибкой первого рода = 0,05? Итак, мы будем использовать в общей сложности 120 образцов; 60 положительных образцов COVID-19 и 60 отрицательных образцов COVID-19.

Диагностические критерии для отбора положительных и отрицательных образцов на COVID-19:

IEDCR использует множество различных наборов для обнаружения COVID-19. Эти наборы включают: (1) набор A*Star Fortitute 2 для обнаружения COVID-19 (Сингапур), (2) набор Sansure Biotec Limited (Китай), (3) набор ModularDx (TIB Molecular Biology, Германия) и (4) набор DaAn. (Китай). Среди этих двух наборов набор A*Star Fortitude Kit 2 был известен как лучший набор в IEDCR в зависимости от его эффективности, поскольку он редко дает ложноположительные или ложноотрицательные результаты.

A*Star Fortitude Kit 2 используется для подтверждения любых несоответствующих результатов для других наборов в IEDCR. То есть IEDCR использует комплект A*Star Fortitude Kit для обнаружения COVID в качестве золотого стандарта. В нашем случае это основная причина выбора этого набора для сравнения характеристик набора RealDetect™ COVID-19 RT-PCR.

Согласие от пациентов не требуется. Образцы будут получены из IEDCR, поэтому нет необходимости в регистрации пациента и согласии пациентов.

Все образцы будут диагностированы как положительные на COVID-19 на основании положительных результатов ОТ-ПЦР со значением Ct ≤ 30 для вирусной РНК. Если респираторный

образцы дают положительные результаты при анализе ОТ-ПЦР в лаборатории, нацеленном на консервативный вирусный ген(ы) для SARS-CoV-2, это будет считаться подтвержденным положительным случаем для COVID-19.

С другой стороны, если образцы из дыхательных путей дают отрицательные результаты без амплификации при анализе ОТ-ПЦР в лаборатории, нацеленной на консервативный вирусный ген(ы) для SARS-CoV-2, это будет считаться подтвержденным отрицательным случаем для COVID-19. .

Место учебы: Институт развития науки и инициатив в области здравоохранения (ideSHi); Мохахали, Дакка.

Место(а) сбора проб: Вирусологическая лаборатория Института эпидемиологии, контроля и исследований заболеваний (IEDCR), Мохахали, Дакка.

Примечание. IEDCR предоставит ideSHi образцы, необходимые для оценки эффективности набора RealDetect RT-PCR Kit для обнаружения COVID-19. Здесь следует упомянуть, что IEDCR является государственной справочной лабораторией по выявлению COVID-19 в Бангладеш. IEDCR хранит собственные образцы при температуре -80°C. Между ideSHi и IEDCR заключен меморандум о взаимопонимании, и эти две организации ведут совместную работу с 2014 года.

Процедура сбора данных: Положительные образцы на COVID-19 будут подтверждены лабораторными данными о положительных результатах ОТ-ПЦР на вирусную РНК. Отбор образцов будет осуществляться в соответствии с критериями включения и исключения. После сбора данные будут сохранены на листе Excel для последующего анализа.

Анализ данных:

Будет определена чувствительность, специфичность, положительная прогностическая ценность и отрицательная прогностическая ценность набора RealDetect™ RT-PCR. Наряду с чувствительностью, специфичностью, положительной прогностической ценностью и отрицательной прогностической ценностью также будут рассчитываться коэффициент Каппа, положительное отношение правдоподобия и отрицательное отношение правдоподобия.

Для анализа данных будут использоваться непарный t-критерий, критерий Уилкокса, ранговый критерий, сравнительный тест, тест среднего значения, тест чувствительности/специфичности, регрессионный анализ и среднее геометрическое с 95% ДИ. Потребуется провести одномерный анализ. Значение p ≤0,05 будет рассматриваться как уровень значимой связи. Чувствительность, специфичность, коэффициент каппа, положительное прогностическое значение (PPV), отрицательное прогностическое значение (NPV), положительное отношение правдоподобия (LR+), отрицательное отношение правдоподобия (LR-) и эффективность будут рассчитываться с использованием следующих формул, в которых TP представляет собой количество истинных положительных результатов, FP количество ложных срабатываний, ложноотрицательный (FN) количество ложноотрицательных результатов и истинно отрицательный (TN) количество истинных отрицательных результатов: Чувствительность = истинно положительный (TP)/[TP + FN]; Специфичность = TN/[TN + Ложноположительный результат (FP)]; Коэффициент Каппа K = (Наблюдаемое согласие (OA) - Случайное совпадение (AC) / (1-AC); Точность = [TP + TN] / [TP + TN + FP + FN]; Положительная прогностическая ценность (PPV) = TP /[TP + FP]; отрицательное прогностическое значение (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= чувствительность/ [100 - специфичность] и LR- = [100 - чувствительность]/специфичность

Использование результатов:

1. Этическое разрешение Совета медицинских исследований Бангладеш (BMRC) необходимо для оценки эффективности набора RealDetect™ COVID-19 RT-PCR.
2. Это поможет в дальнейшей обработке набора RealDetect™ COVID-19 RT-PCR в соответствии с правилами Генерального директора Управления по лекарственным средствам (DGDA) для легального сбыта продукции в Бангладеш.

Удобства:

Главный исследователь и другие исследователи Бангладешского университета наук о здоровье (BUHS) будут координировать оценку, анализ и публикацию данных. Однако тестирование будет проводиться в отдельной организации с использованием слепых образцов из IEDCR в ideSHi. Это одна из отобранных правительством организаций, которым было поручено проводить тестирование на COVID-19 для предоставления услуг, а также зарегистрированная исследовательская организация по контракту (CRO). Институт имеет международные стандартные уровни биологической безопасности (BSL) 2 plus и BSL со сложным оборудованием, таким как машина ПЦР в реальном времени, которая требуется для ОТ-ПЦР в реальном времени для обнаружения COVID-19.

Утверждение начальника отдела/института:

Это совместное исследование будет проводиться в следующих институтах:

Институт эпидемиологии, контроля и исследований заболеваний (IEDCR), Мохахали, Дакка (для сбора и хранения образцов) и Институт развития научных и медицинских инициатив (ideSHi); Мохахали, Дакка (для анализа проб, сбора данных, анализа данных)

Этические последствия:

Чтобы избежать предвзятости, исследование будет скрыто от исследователей ideSHi, которые будут участвовать в исследовании.

Разрешение будет получено от Совета медицинских исследований Бангладеш.

Конфиденциальность и конфиденциальность будут строго соблюдаться во время и после сбора и хранения данных.