Hodnocení výkonu sady RealDetect™ COVID-19 RT-PCR pro detekci viru SARS-CoV-2

Vzhledem k současné globální pandemii je pro Bangladéš stejně jako pro všechny ostatní země velmi obtížné bojovat proti šíření COVID-19. V Bangladéši je zapotřebí zvýšený počet testů a ke zvládnutí této poptávky je v zemi naléhavě potřeba zvýšit počet testovacích souprav.

V současné době jsme zcela závislí na importovaných testovacích sadách. V době, kdy se celý svět potýká s nedostatkem testovacích souprav RT-PCR, se dovoz z jiných zemí jeví jako velmi obtížný. Země vyrábějící tyto soupravy se primárně zaměřují na uspokojení poptávky ve svých vlastních zemích, a proto tyto země zakazují vývoz těchto souprav. Dostupnost souprav se tak pro Bangladéš stane velkým problémem pro zvýšení testování v zemi.

Za druhé, vzhledem k situaci blokování po celém světě se přeprava těchto sad z jiné země jeví jako druhý velký problém, kterému právě teď čelíme. Soupravy jsou uvízlé na letištích několik týdnů, než se dostanou do naší země. Nemluvě o tom, že v celém nejistém procesu přepravy je ohrožena kvalita testovacích sad. Testovací soupravy RT-PCR jsou velmi citlivé na teplotu a udržování chladícího řetězce je povinné pro správné provedení testu.

Jakmile bude tato kvalitativní souprava založená na RT-PCR schválena, může být pro Bangladéš hlavním nástrojem pro efektivní diagnostiku a klinickou léčbu COVID-19 spolu s kolektivními akcemi ze strany vlády. z Bangladéše. Vývoj a výroba v Bangladéši znamená, že během této pandemie nebude chybět testovací souprava a po splnění domácích potřeb bude možné soupravu i vyvézt. Sada bude rozhodně nákladově efektivní ve srovnání s jinými komerčně dostupnými sadami a cena bude přibližně o 30 % nižší než komerčně dostupné sady v zemi. Aktuální kupní cena bangladéšské vlády. na test importovaného COVID-19 RT-PCR testu je cca. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR cena za test bude cca. Tk. 1940/=

Tento typ studie hodnocení výkonnosti metody RT-PCR pro detekci viru SARS-CoV-2 však u nás dosud neproběhl. Tohle je

důvod, proč jsme navrhli tento protokol pro hodnocení výkonu sady RealDetect™ COVID-19 RT-PCR v Bangladéši pro virus SARS-CoV-2.

Hypotéza:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR bude účinným diagnostickým nástrojem pro detekci viru SARS CoV-2 pomocí vzorků nasofaryngeálních výtěrů.

Metodologie:

Typ a účel studia:

Toto je případová kontrolní studie. Očekává se, že tato studie ověří, zda je lokálně vyvinutá souprava RealDetect COVID-19 RT-PCR vhodná pro použití v Bangladéši pro detekci SARS-CoV-2 ve vzorcích odebraných pacientům s podezřením na COVID-19.

Studie Populace a vzorky Bude provedeno testování a analýza celkem 120 vzorků. Ze 120 vzorků bude 60 uloženo vzorků (30 pozitivních vzorků COVID-19 a 30 negativních vzorků COVID-19) z IEDCR. Pozitivní/negativní stav vzorků bude před odesláním do ideSHi zaslepen. Vzorky již byly uloženy při teplotě -80 stupňů Celsia v mrazáku IEDCR.

Kromě toho 60 čerstvých vzorků, které budou testovány v IEDCR, bude také testováno v ideSHi pomocí RealDetect v reálném čase. Tyto vzorky budou také zaslepeny IEDCR a odeslány do testovací laboratoře (ideSHi), jakmile budou k dispozici. Z těchto 60 vzorků bude 30 pozitivních na COVID-19 a 30 negativních na COVID-19. Tyto čerstvé vzorky budou poskytnuty společnosti ideSHi k testování a analýze pro hodnocení výkonu soupravy RealDetect COVID-19 RT-PCR. PI bude tyto aktivity koordinovat.

IEDCR poskytne ideSHi vzorky potřebné pro studii hodnocení výkonu sady RealDetect RT-PCR pro detekci COVID-19. Zde je třeba zmínit, že IEDCR je vládní referenční laboratoří pro detekci COVID-19 v Bangladéši. Mezi ideSHi a IEDCR existuje memorandum o porozumění a tyto dvě organizace spolupracují od roku 2014. Do této studie se proto zapojila IEDCR.

Aby se zabránilo zaujatosti, vyšetřovatelé ideSHi (CRO) budou zaslepeni vůči vzorkům poskytnutým IEDCR. To znamená, že vyšetřovatelé ideSHi nebudou vědět, které z 60 vzorků jsou pozitivní a které z 60 vzorků jsou negativní. Po běhu RT-PCR s použitím sady RealDetect RT-PCR odešle ideSHi výsledky hlavnímu zkoušejícímu. Hlavní zkoušející také obdrží výsledky IEDCR pro stejné vzorky. Nakonec PI porovná výsledky z ideSHi a IEDCR a určí senzitivitu, specificitu, pozitivní prediktivní hodnotu a negativní prediktivní hodnotu.

Design studie: Případová kontrolní studie.

Statistický základ velikosti vzorku:

Vzorce:

Zápisy proměnných:

Α (pravděpodobnost chyby typu I) (úroveň významnosti) je pravděpodobnost zamítnutí skutečné nulové hypotézy (0,05) Β (pravděpodobnost chyby typu II) (1 - síla testu) je pravděpodobnost selhání zamítnutí falešná nulová hypotéza (0,80).

PA (podíl diskordantních párů typu A), podíl diskordantních párů typu A mezi diskordantními páry (1/4) PD (podíl diskordantních párů) mezi všemi páry (0,11)

Npáry, požadované páry velikosti vzorku 2x60=120 Je použit design spárovaných párů, kdy jeden pacient ve spárovaném páru je přiřazen k RT-PCR pozitivní na COVID-19 a druhý k RT-PCR negativní na COVID-19. Kolik shodných párů je třeba zapsat do studie, aby byla 95% šance na nalezení významného rozdílu pomocí oboustranného testu s chybou typu I = 0,05? Použijeme tedy celkem 120 vzorků; 60 pozitivních vzorků na COVID-19 a 60 negativních vzorků na COVID-19.

Diagnostická kritéria pro výběr pozitivních a negativních vzorků COVID-19:

IEDCR používá mnoho různých souprav pro detekci COVID-19. Tyto sady zahrnují (1) A*Star Fortitute Kit 2 pro detekci COVID-19 (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (Čína), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Německo a (4) DaAn Kit (Čína). Mezi těmito 2 sadami byla A*Star Fortitude Kit 2 známá jako nejlepší sada v IEDCR v závislosti na jejím výkonu, protože zřídka generuje falešně pozitivní nebo falešně negativní výsledky.

A*Star Fortitude Kit 2 se používá pro potvrzení jakýchkoli neshodných výsledků pro jiné sady v IEDCR. To znamená, že IEDCR používá A*Star Fortitude Kit pro detekci COVID jako zlatý standard. V našem případě je to hlavní důvod pro výběr této sady za účelem srovnání výkonů sady RealDetect™ COVID-19 RT-PCR.

Souhlasy pacientů nejsou vyžadovány. Vzorky budou získávány z IEDCR, a proto není vyžadována registrace pacienta a souhlas pacientů.

Všechny vzorky budou diagnostikovány jako COVID-19 pozitivní na základě pozitivních výsledků RT-PCR s hodnotou Ct ≤ 30 pro virovou RNA. Pokud dýchací

vzorky poskytují pozitivní výsledky na základě analýzy RT-PCR v laboratoři zaměřené na konzervovaný virový gen(y) pro SARS-CoV-2, bude to považováno za potvrzený pozitivní případ COVID-19.

Na druhou stranu, pokud respirační vzorky poskytnou negativní výsledky bez amplifikace při analýze RT-PCR v laboratoři zaměřené na konzervovaný virový gen(y) pro SARS-CoV-2, bude to považováno za potvrzený negativní případ pro COVID-19 .

Místo studia: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHi) ; Mohakhali, Dháka.

Místa odběru vzorků: Virologická laboratoř, Institut epidemiologie, kontroly a výzkumu nemocí (IEDCR), Mohakhali, Dháka

Poznámka: IEDCR poskytne ideSHi vzorky potřebné pro studii hodnocení výkonu sady RealDetect RT-PCR pro detekci COVID-19. Zde je třeba zmínit, že IEDCR je vládní referenční laboratoří pro detekci COVID-19 v Bangladéši. IEDCR má vlastní vzorky skladované v - 80°C. Mezi ideSHi a IEDCR existuje memorandum o porozumění a tyto dvě organizace spolupracují od roku 2014.

Postup sběru dat: Vzorky pozitivní na COVID-19 budou potvrzeny laboratorními nálezy pozitivních výsledků RT-PCR na virovou RNA. Výběr vzorků bude proveden podle kritérií pro zařazení a vyloučení. Po sběru dat budou data uložena v excelovém listu pro pozdější analýzu.

Analýza dat:

Bude stanovena senzitivita, specificita, pozitivní prediktivní hodnota a negativní prediktivní hodnota sady RealDetect™ RT-PCR. Kromě citlivosti, specifičnosti, pozitivní prediktivní hodnoty a negativní prediktivní hodnoty bude také vypočítán koeficient Kappa, pozitivní poměr pravděpodobnosti a negativní poměr pravděpodobnosti.

K analýze dat bude použit nepárový t-test, Wilcoxův test, Rank test, porovnávací test, Průměrný test, Test citlivosti/Specificity, Regresní analýza a Geometrický průměr s 95% CI. Bude potřeba provést jednorozměrnou analýzu. Hodnota p ≤0,05 bude považována za úroveň významné asociace. Senzitivita, specificita, kappa koeficient, pozitivní prediktivní hodnota (PPV), negativní prediktivní hodnota (NPV), pozitivní věrohodnostní poměr (LR+), negativní věrohodnostní poměr (LR-) a účinnost budou vypočteny pomocí následujících vzorců, ve kterých je TP počet pravdivě pozitivních, FP počet falešně pozitivních, Falešně negativní (FN) počet falešně negativních a True Negativní (TN) počet pravdivě negativních: Sensitivity = True positive (TP)/[TP + FN]; Specificita = TN/ [TN + falešně pozitivní (FP)]; Kappa koeficient K=(observovaná shoda (OA)- shoda náhodou (AC)/ (1-AC); přesnost = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; pozitivní prediktivní hodnota (PPV) = TP /[TP + FP]; Negativní prediktivní hodnota (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= senzitivita/ [100 – specificita] a LR- = [100 – senzitivita]/specificita

Využití výsledků:

1. Pro studii hodnocení výkonnosti soupravy RealDetect™ COVID-19 RT-PCR je zapotřebí etická prověrka Bangladéšské lékařské výzkumné rady (BMRC).
2. To pomůže při dalším zpracování sady RealDetect™ COVID-19 RT-PCR pro předpisy generálního ředitele Správy léčiv (DGDA) za účelem legálního uvádění produktů na trh v Bangladéši.

Vybavení:

Hlavní řešitel a další vyšetřovatelé Bangladéšské univerzity zdravotnických věd (BUHS) budou koordinovat hodnocení a analýzu dat a zveřejňování. Testování však bude prováděno v samostatné organizaci pomocí zaslepených vzorků z IEDCR na ideSHi. Je jednou z vládou vybraných organizací, která byla pověřena testováním na COVID-19 k poskytování služeb a je také registrovanou smluvní výzkumnou organizací (CRO). Institut disponuje mezinárodními standardy Biological Safety Levels (BSL) 2 plus a BSL zařízeními se sofistikovaným vybavením, jako je stroj na PCR v reálném čase, který je vyžadován pro RT-PCR v reálném čase pro detekci COVID-19.

Schválení vedoucího katedry/ústavu:

Tato kolaborativní studie bude provedena v následujících institucích:

Institut epidemiologie, kontroly a výzkumu nemocí (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (pro odběr vzorků a uchovávání vzorků) a Institut pro rozvoj vědeckých a zdravotních iniciativ (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (pro analýzu vzorků, sběr dat, analýzu dat)

Etické důsledky:

Aby se předešlo zaujatosti, bude studie zaslepena vůči výzkumníkům ideSHi, kteří se do studie zapojí.

Povolení bude převzato od Bangladéšské rady pro lékařský výzkum.

Soukromí a důvěrnost budou přísně zachovány během a po shromažďování a ukládání dat.