SARS-CoV-2 ウイルス検出のための RealDetect™ COVID-19 RT-PCR キットの性能評価

現在の世界的なパンデミックを考えると、他の国と同様に、バングラデシュが COVID-19 の蔓延と戦うことは非常に困難になっています。 バングラデシュでは検査数の増加が必要であり、この需要に対処するために、同国ではアッセイキットの増加が緊急に必要とされています。

現在、私たちは完全に輸入検査キットに依存しています。 世界中でRT-PCR検査キットが不足している現在、他国からの輸入は非常に困難なようです。 主に、これらのキットを製造している国は、まず自国の需要を満たすことに重点を置いているため、これらの国はこれらのキットの輸出を禁止しています。 そのため、バングラデシュが国内での検査を増やすには、キットの入手が大きな問題になるでしょう。

第二に、世界的な封鎖状況により、これらのキットを別の国から輸送することは、私たちが現在直面している2番目の大きな問題のようです. キットは、私たちの国に到着する前に、空港で数週間立ち往生しています。 言うまでもなく、テストキットの品質は、不確実な輸送プロセス全体で危険にさらされています. RT-PCR テスト キットは温度に非常に敏感であり、テストを適切に実行するにはコールド チェーンを維持することが必須です。

承認されると、この定性的な RT-PCR ベースのキットは、バングラデシュが COVID-19 の効果的な診断と臨床管理を行う際の主要なツールとなり、政府による共同の行動につながる可能性があります。バングラデシュの。 バングラデシュで開発・製造されているということは、このパンデミックの際に検査キットが不足することはなく、国内のニーズを満たした後にキットを輸出することも可能になるということです。 このキットは、他の市販キットと比較して間違いなく費用対効果が高く、価格は国内で市販されているキットよりも約 30% 安くなります。 バングラデシュ政府の現在の購入価格。 輸入された COVID-19 RT-PCR テストのテストあたりは約です。 Tk。 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR の検査費用は約 Tk。 1940年/=

しかし、SARS-CoV-2 ウイルスを検出するための RT-PCR 法に関するこの種の性能評価研究は、わが国ではまだ行われていません。 これは

SARS-CoV-2 ウイルスのバングラデシュにおける RealDetect™ COVID-19 RT-PCR キットの性能評価のためにこのプロトコルを設計した理由。

仮説：

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR は、鼻咽頭スワブ標本を使用して SARS CoV-2 ウイルスを検出するための効果的な診断ツールになります。

方法論:

研究の種類と目的:

これは症例対照研究です。 この研究は、現地で開発された RealDetect COVID-19 RT-PCR キットがバングラデシュで COVID-19 の疑いのある患者から収集された標本で SARS-CoV-2 を検出するために使用するのに適しているかどうかを検証することが期待されています。

母集団とサンプルの調査 合計 120 検体の試験と分析が行われます。 120 のサンプルのうち、60 は IEDCR からのサンプル (30 の COVID-19 陽性サンプルと 30 の COVID-19 陰性サンプル) が保存されます。 サンプルの陽性/陰性ステータスは、ideSHi に送信する前にブラインドされます。 サンプルはすでに IEDCR 冷凍庫で摂氏 -80 度で保存されています。

さらに、IEDCR で検査される 60 の新鮮な標本も、リアルタイムで RealDetect を使用して ideSHi で検査されます。 これらのサンプルも IEDCR によって盲検化され、利用可能になり次第、検査機関 (ideSHi) に送られます。 これらの 60 のサンプルのうち、30 が COVID-19 陽性サンプル、30 が COVID-19 陰性サンプルになります。 これらの新鮮なサンプルは、RealDetect COVID-19 RT-PCR キットの性能評価のためのテストと分析のために ideSHi に提供されます。 PI は、これらの活動を調整します。

IEDCR は、COVID-19 検出のための RealDetect RT-PCR キットの性能評価研究に必要なサンプルを ideSHi に提供します。 ここで、IEDCR はバングラデシュにおける COVID-19 検出のための政府の参照研究所であることに言及する必要があります。 ideSHi と IEDCR の間には MOU があり、これら 2 つの組織は 2014 年から共同作業を行っています。 したがって、IEDCR はこの研究に関与しています。

偏見を避けるために、ideSHi (CRO) の研究者は、IEDCR から提供されたサンプルを知らされません。 つまり、ideSHi の研究者は、60 個のサンプルのうちどれが陽性で、どれが陰性であるかを知りません。 RealDetect RT-PCR Kit を使用して RT-PCR を実行した後、ideSHi は結果を研究代表者に送信します。 主治医は、同じサンプルの IEDCR 結果も受け取ります。 最後に、PI は ideSHi と IEDCR の結果を比較し、感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率を決定します。

研究デザイン：症例対照研究。

サンプルサイズの統計的根拠:

式:

変数表記:

Α (タイプ I エラーの確率) (有意水準) は、真の帰無仮説を棄却する確率 (0.05) Β (タイプ II エラーの確率) (1 - 検定の検出力) は、帰無仮説を棄却しない確率です。偽の帰無仮説 (0.80)。

PA (タイプ A の不一致ペアの割合)、不一致ペアのタイプ A の不一致ペアの割合 (1/4) 全ペアの PD (不一致ペアの割合) (0.11)

Npairs、必要なサンプル サイズ ペア 2x60=120 マッチド ペア デザインが使用され、マッチド ペアの 1 人の患者が COVID-19 の RT-PCR 陽性に割り当てられ、もう 1 人の患者が COVID-19 の RT-PCR 陰性に割り当てられます。 タイプ I エラー = 0.05 の両側検定を使用して 95% の確率で有意差を見つけるには、何組のマッチしたペアを研究に登録する必要がありますか? したがって、合計 120 個のサンプルを使用します。 60 個の COVID-19 陽性サンプルと 60 個の COVID-19 陰性サンプル。

COVID-19 陽性および陰性検体の選択に関する診断基準:

IEDCR は、COVID-19 の検出にさまざまなキットを使用しています。 これらのキットには、(1) COVID-19 検出用の A*Star Fortitute Kit 2 (シンガポール)、(2) Sansure Biotec Limited (中国)、(3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology、ドイツ)、および (4) DaAn キットが含まれます。 （中国）。 これらの 2 つのキットの中で、A*Star Fortitude Kit 2 は、偽陽性または偽陰性の結果をほとんど生成しないため、その性能に応じて IEDCR で最高のキットとして知られています。

A*Star Fortitude Kit 2 は、IEDCR の他のキットと一致しない結果を確認するために使用されます。 つまり、IEDCR は COVID 検出に A*Star Fortitude Kit をゴールド スタンダードとして使用しています。 私たちの場合、これが RealDetect™ COVID-19 RT-PCR キットの性能を比較するためにこのキットを選択した主な理由です。

患者様の同意は不要です。 検体は IEDCR から取得されるため、患者の登録や患者の同意は必要ありません。

すべての検体は、ウイルス RNA の Ct 値が 30 以下の RT-PCR 陽性結果に基づいて、COVID-19 陽性と診断されます。 呼吸器の場合

検体は、SARS-CoV-2 の保存されたウイルス遺伝子をターゲットとするラボでの RT-PCR 分析で陽性の結果を示し、COVID-19 の確定陽性症例と見なされます。

一方、SARS-CoV-2 の保存されたウイルス遺伝子を対象としたラボでの RT-PCR 分析において、呼吸器検体が増幅なしで陰性の結果を示した場合、COVID-19 の陰性確定例と見なされます。 .

研究の場所: Institute for Development Science & Health Initiatives (ideSHi) ;モハハリ、ダッカ。

サンプル採取場所: ダッカ、モハハリ、疫学、疾病管理および研究研究所 (IEDCR) のウイルス学研究所

注: IEDCR は、COVID-19 検出用の RealDetect RT-PCR キットの性能評価研究に必要なサンプルを ideSHi に提供します。 ここで、IEDCR はバングラデシュにおける COVID-19 検出のための政府の参照研究所であることに言及する必要があります。 IEDCR には、-80°C で保存された独自のサンプルがあります。 ideSHi と IEDCR の間には MOU があり、これら 2 つの組織は 2014 年から共同作業を行っています。

データ収集手順: COVID-19 陽性サンプルは、ウイルス RNA の陽性 RT-PCR 結果の検査所見によって確認されます。 標本の選択は、包含および除外基準に従って実行されます。 データ収集後、データは後で分析するために Excel シートに保存されます。

データ解析：

RealDetect™ RT-PCR キットの感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率を判定します。 感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率に加えて、カッパ係数、陽性尤度比、陰性尤度比も計算されます

対応のない t 検定、ウィルコックス検定、ランク検定、比較検定、平均検定、感度/特異度検定、回帰分析、および 95% CI の幾何平均を使用してデータを分析します。 単変量解析を行う必要があります。 ≤0.05 の p 値は、有意な関連のレベルと見なされます。 感度、特異度、カッパ係数、陽性適中率 (PPV)、陰性適中率 (NPV)、陽性適中率 (LR+)、陰性適中率 (LR-)、および効率は、TP を次の式で計算します。真陽性の数、FP は偽陽性の数、偽陰性 (FN) は偽陰性の数、真陰性 (TN) は真陰性の数: 感度 = 真陽性 (TP)/[TP + FN];特異性 = TN/[TN + 偽陽性 (FP)];カッパ係数 K=(観察された一致 (OA)-偶然による一致 (AC)/(1-AC); 精度 = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; 正の予測値 (PPV) = TP /[TP + FP]; 陰性適中率 (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= 感度/[100 - 特異度] および LR- = [100 - 感度]/特異度

結果の利用:

1. RealDetect™ COVID-19 RT-PCR キットの性能評価研究には、バングラデシュ医学研究評議会 (BMRC) の倫理的クリアランスが必要です。
2. これは、RealDetect™ COVID-19 RT-PCR キットをさらに処理して、バングラデシュで製品を合法的に販売するための医薬品管理局長 (DGDA) の規制に役立ちます。

設備：

バングラデシュ健康科学大学（BUHS）の主任研究者と他の研究者が、評価とデータ分析と公開を調整します。 ただし、試験は、ideSHi の IEDCR からの盲検標本を使用して、別の組織で実施されます。 サービスを提供するためにCOVID-19テストに割り当てられた政府が選択した組織の1つであり、登録された契約研究機関（CRO）でもあります。 この研究所には、国際標準の生物学的安全性レベル (BSL) 2 プラスと、COVID-19 検出のためのリアルタイム RT-PCR に必要なリアルタイム PCR マシンなどの高度な機器を備えた BSL 施設があります。

部門/研究所の長の承認:

この共同研究は、以下の機関で実施されます。

疫学、疾病管理および研究研究所 (IEDCR)、モハカリ、ダッカ (サンプル収集およびサンプル保管用) および開発科学および健康イニシアチブ (ideSHi) 研究所。 Mohakhali, Dhaka (サンプル分析、データ収集、データ分析用)

倫理的な意味:

偏りを避けるため、研究に参加するideSHiの研究者は、この研究に盲検化されます。

許可はバングラデシュ医学研究評議会から取得されます。

プライバシーと機密性は、データ収集中およびデータ保存後も厳重に維持されます。