Ydeevneevaluering af RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit til påvisning af SARS-CoV-2-virus

I betragtning af den nuværende globale pandemi er det ligesom alle andre lande ved at blive meget vanskeligt for Bangladesh at bekæmpe COVID-19-spredningen. Der er behov for et øget antal tests i Bangladesh, og for at imødekomme denne efterspørgsel er der et presserende behov for en stigning i analysesæt i landet.

I øjeblikket er vi helt afhængige af importerede testsæt. På det tidspunkt, hvor hele verden står over for mangel på RT-PCR-testsæt, ser det ud til at import fra andre lande er meget vanskeligt. Primært er lande, der fremstiller disse sæt, fokuseret på først at imødekomme efterspørgslen i deres egne lande, og derfor pålægger disse lande et forbud mod at eksportere disse sæt. Så tilgængeligheden af ​​kits vil blive et stort problem for Bangladesh for at øge testningen i landet.

For det andet, på grund af lockdown-situationen på verdensplan, synes transport af disse kits fra et andet land at være det andet store problem, vi står over for lige nu. Sættene er strandet i lufthavnene i uger, før de når til vores land. For ikke at nævne, kvaliteten af ​​testsættene bliver sat i fare i hele den usikre transportproces. RT-PCR-testsættene er meget temperaturfølsomme, og opretholdelse af kølekæden er obligatorisk for at udføre testen korrekt.

Når det er godkendt, kan dette kvalitative RT-PCR-baserede kit være et hovedværktøj for Bangladesh i effektiv diagnose og klinisk håndtering af COVID-19 sammen med kollektive handlinger foretaget af regeringen. af Bangladesh. At blive udviklet og fremstillet i Bangladesh betyder, at der ikke vil være mangel på testsæt under denne pandemi, og det vil også være muligt at eksportere sættet efter at have opfyldt indenlandske behov. Sættet vil helt sikkert være omkostningseffektivt sammenlignet med andre kommercielt tilgængelige kits, og prisen vil være omkring 30 % mindre end de kommercielt tilgængelige kits i landet. Nuværende købspris for Bangladesh regering. pr. test af den importerede COVID-19 RT-PCR-test er ca. Tk. 2780/= & RealDetect™ COVID-19 RT-PCR pr. testomkostning vil være ca. Tk. 1940/=

Imidlertid er denne type præstationsevalueringsundersøgelse af RT-PCR-metoden til påvisning af SARS-CoV-2-virus endnu ikke blevet udført i vores land. Dette er

begrundelsen for, at vi har designet denne protokol til ydelsesevaluering af RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit i Bangladesh til SARS-CoV-2-virus.

Hypotese:

RealDetect™ COVID-19 RT-PCR vil være et effektivt diagnostisk værktøj til påvisning af SARS CoV-2-virus ved hjælp af nasopharyngeale podningsprøver.

Metode:

Undersøgelsestype og formål:

Dette er et case-kontrolstudie. Denne undersøgelse forventes at validere, om det lokalt udviklede RealDetect COVID-19 RT-PCR kit er egnet til brug i Bangladesh til påvisning af SARS-CoV-2 i prøver indsamlet fra mistænkte COVID-19 patienter.

Studiepopulation og prøver Der vil blive udført test og analyse af i alt 120 prøver. Af de 120 prøver vil 60 blive opbevaret prøver (30 COVID-19 positive prøver og 30 COVID-19 negative prøver) fra IEDCR. Den positive/negative status for prøverne vil blive blindet, før de sendes til ideSHI. Prøverne er allerede blevet opbevaret ved -80 grader Celsius i IEDCR-fryseren.

Derudover vil 60 friske prøver, som vil blive testet på IEDCR, også blive testet på ideSHI ved hjælp af RealDetect på realtidsbasis. Disse prøver vil også blive blindet af IEDCR og sendt til testlaboratoriet (ideSHI), når de bliver tilgængelige. Af disse 60 prøver vil 30 være COVID-19 positive og 30 COVID-19 negative prøver. Disse friske prøver vil blive leveret til ideSHi til test og analyse til præstationsevaluering af RealDetect COVID-19 RT-PCR kit. PI vil koordinere disse aktiviteter.

IEDCR vil forsyne ideSHI med de nødvendige prøver til præstationsevalueringsundersøgelsen af ​​RealDetect RT-PCR Kit til COVID-19-detektion. Det skal nævnes her, at IEDCR er regeringens referencelaboratorium for COVID-19-detektion i Bangladesh. Der er en MOU mellem ideSHI og IEDCR, og disse to organisationer har lavet et samarbejde fra 2014. Derfor har IEDCR været involveret i denne undersøgelse.

For at undgå skævhed vil ideSHI (CRO) efterforskere blive blindet for prøverne leveret af IEDCR. Det vil sige, ideSHI-efterforskere vil ikke vide, hvilke af de 60 prøver, der er positive, og hvilke af de 60 prøver, der er negative. Efter RT-PCR-kørsel ved hjælp af RealDetect RT-PCR Kit, sender ideSHi resultaterne til den primære investigator. Principal investigator vil også modtage IEDCR-resultater for de samme prøver. Endelig vil PI'en sammenligne resultaterne fra ideSHI og IEDCR og bestemme sensitivitet, specificitet, positiv forudsigelsesværdi og negativ prædiktiv værdi.

Studiedesign: Casekontrolstudie.

Statistisk grundlag for prøvestørrelse:

Formler:

Variable notationer:

Α (sandsynligheden for type I fejl) (signifikansniveau) er sandsynligheden for at forkaste den sande nulhypotese (0,05) Β (sandsynligheden for type II fejl) (1 - testens potens) er sandsynligheden for ikke at forkaste falsk nulhypotese (0,80).

PA (andel af uenighedspar af type A), andel af uenige par af type A blandt uenige par (1/4) PD (andel af uenige par) blandt alle par (0,11)

N-par, påkrævet prøvestørrelsespar 2x60=120 Der anvendes et matchet-par-design, hvor en patient i et matchet par er tildelt RT-PCR-positiv for COVID-19 og den anden til RT-PCR-negativ for COVID-19. Hvor mange matchede par skal tilmeldes undersøgelsen for at have 95 % chance for at finde en signifikant forskel ved at bruge en tosidet test med type I fejl = 0,05? Så vi vil bruge i alt 120 prøver; 60 COVID-19 positive prøver og 60 COVID-19 negative prøver.

Diagnostiske kriterier for udvælgelse af COVID-19 positive og negative prøver:

IEDCR bruger mange forskellige kits til COVID-19-detektion. Disse sæt inkluderer (1) A*Star Fortitute Kit 2 til COVID-19-detektion (Singapure), (2) Sansure Biotec Limited (Kina), (3) ModularDx Kit (TIB Molecular Biology, Tyskland og (4) DaAn Kit (Kina). Blandt disse 2 sæt er A*Star Fortitude Kit 2 blevet kendt som det bedste sæt i IEDCR afhængigt af dets ydeevne, fordi det sjældent genererer falsk positive eller falsk negative resultater.

A*Star Fortitude Kit 2 bruges til bekræftelse af eventuelle uoverensstemmende resultater for andre sæt i IEDCR. Det vil sige, at IEDCR bruger A*Star Fortitude Kit til COVID-detektion som guldstandarden. I vores tilfælde er dette hovedårsagen til valget af dette kit for at sammenligne ydeevnen af ​​RealDetect™ COVID-19 RT-PCR kit.

Der kræves ikke samtykke fra patienterne. Prøver vil blive indhentet fra IEDCR, så der er ingen krav om patientens tilmelding og samtykke fra patienterne.

Alle prøver vil blive diagnosticeret som COVID-19-positive på basis af RT-PCR-positive resultater med Ct-værdi ≤ 30 for det virale RNA. Hvis luftvejene

prøver giver positive resultater efter RT-PCR-analyse i laboratoriet, der er rettet mod de(t) konserverede virale gener for SARS-CoV-2, vil det blive betragtet som bekræftet positivt tilfælde for COVID-19.

På den anden side, hvis respiratoriske prøver giver negative resultater uden amplifikation efter RT-PCR-analyse i laboratoriet, der er rettet mod de(t) konserverede virale gener for SARS-CoV-2, vil det blive betragtet som et bekræftet negativt tilfælde for COVID-19 .

Studiested: Institute for Developing Science & Health Initiatives (ideSHI) ; Mohakhali, Dhaka.

Prøveindsamlingssted(er): Virology Laboratory, Institute of Epidemiology, Disease Control and Research (IEDCR), Mohakhali, Dhaka

Bemærk: IEDCR vil forsyne ideSHI med de nødvendige prøver til præstationsevalueringsundersøgelsen af ​​RealDetect RT-PCR Kit til COVID-19-detektion. Det skal nævnes her, at IEDCR er regeringens referencelaboratorium for COVID-19-detektion i Bangladesh. IEDCR har sine egne opbevarede prøver ved -80°C. Der er en MOU mellem ideSHI og IEDCR, og disse to organisationer har lavet et samarbejde fra 2014.

Dataindsamlingsprocedure: COVID-19 positive prøver vil blive bekræftet af laboratoriefund af positive RT-PCR-resultater for det virale RNA. Udvælgelsen af ​​prøverne vil blive udført efter inklusions- og eksklusionskriterierne. Efter dataindsamling vil data blive gemt i et Excel-ark til senere analyse.

Dataanalyse:

Sensitiviteten, specificiteten, den positive prædiktive værdi og den negative prædiktive værdi af RealDetect™ RT-PCR kit vil blive bestemt. Udover sensitivitet, specificitet, positiv prædiktiv værdi og negativ prædiktiv værdi, vil Kappa-koefficient, positivt sandsynlighedsforhold og negativt sandsynlighedsforhold også blive beregnet

Ikke-parret t-test, Wilcox's test, Rank test, sammenligne test, Mean test, Sensitivity/Specificity test, Regressionsanalyse og Geometrisk middelværdi med 95% CI vil blive brugt til at analysere dataene. Det skal udføre en univariat analyse. En p-værdi på ≤0,05 vil blive betragtet som niveauet af signifikant association. Følsomheden, specificiteten, kappa-koefficienten, positiv prædiktiv værdi (PPV), negativ prædiktiv værdi (NPV), positive likelihood ratio (LR+), negative likelihood ratio (LR-) og effektivitet vil blive beregnet ved hjælp af følgende formler, hvor TP er antal sande positive, FP antallet af falske positive, Falsk negative (FN) antallet af falske negative og True Negative (TN) antallet af sande negative: Følsomhed = Sand positiv (TP)/[TP + FN]; Specificitet = TN/ [TN + Falsk positiv (FP)]; Kappa-koefficient K=(Observed Agreement (OA)- Overenskomst tilfældigt (AC)/ (1-AC); Nøjagtighed = [TP + TN]/ [TP + TN +FP + FN]; Positiv forudsigelig værdi (PPV) = TP /[TP + FP]; Negativ prædiktiv værdi (NPV) = TN/[TN + FN]; LR+= sensitivitet/ [100 - specificitet] og LR- = [100 - sensitivitet]/specificitet

Udnyttelse af resultater:

1. Bangladesh Medical Research Council (BMRC) etisk godkendelse er nødvendig for præstationsevalueringsundersøgelse af RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-sættet.
2. Dette vil hjælpe med yderligere behandling af RealDetect™ COVID-19 RT-PCR-kit til Generaldirektor for Drug Administration (DGDA) regler for lovligt at markedsføre produkterne i Bangladesh.

Faciliteter:

Principal Investigator og andre efterforskere fra Bangladesh University of Health Sciences (BUHS) vil koordinere evalueringen og dataanalysen og offentliggørelsen. Testen vil dog blive udført i en separat organisation ved hjælp af blindede prøver fra IEDCR på ideSHI. Det er en af ​​regeringens udvalgte organisationer, som er blevet tildelt COVID-19-test til at levere tjenester og er også en registreret kontraktforskningsorganisation (CRO). Instituttet har international standard Biological Safety Levels (BSL) 2 plus og BSL faciliteter med sofistikeret udstyr som real-time PCR-maskine, som er påkrævet til real-time RT-PCR til COVID-19-detektion.

Godkendelse af lederen af ​​afdelingen/instituttet:

Denne samarbejdsundersøgelse vil blive udført i følgende institutter:

Institut for epidemiologi, sygdomsbekæmpelse og forskning (IEDCR), Mohakhali, Dhaka (til prøveindsamling og prøveopbevaring) og Institut for udvikling af videnskab og sundhedsinitiativer (ideSHi); Mohakhali, Dhaka (Til prøveanalyse, dataindsamling, dataanalyse)

Etiske implikationer:

For at undgå skævheden vil undersøgelsen blive blindet for ideSHi-forskere, der vil være involveret i undersøgelsen.

Tilladelse vil blive taget fra Bangladesh Medical Research Council.

Privatlivets fred og fortrolighed vil blive nøje opretholdt under og efter dataindsamling og datalagring.