宏基因组学在 ARDS COVID-19 患者中研究的冠状病毒 (COMETS)
重症监护中 ARDS COVID-19 患者宿主转录组学和宏基因组学共感染炎症反应的特征和预后影响
大流行性 SARS-CoV-2 (COVID-19) 呼吸道感染导致 4,000 多人死亡，主要 (67%) 继发于急性呼吸窘迫综合征 (ARDS)。 ARDS 通常与 40% 左右的死亡率相关，但在感染 SARS-CoV-2 的患者中，这一死亡率达到 61%。 在 ARDS 患者中描述了两种内型：一种是过度炎症，与非常高的死亡率 (51%) 相关；第二种是轻微炎症（免疫麻痹），死亡率低得多 (19%)。 在 COVID-19 患者中，还观察到了不同的免疫反应特征。 一些患者出现深度淋巴细胞减少症和/或病毒排泄时间延长，并伴有更频繁的合并感染（+ 29% 的病毒，+ 23% 的细菌，+ 10% 的真菌）。 就死亡率而言，后一组可能面临更高的风险。 因此，炎症反应的强度和/或微生物合并感染似乎是感染 SARS-CoV-2 的患者严重程度和死亡率的危险因素，这决定了疾病的进程。 为了使早期最佳治疗管理适应各种形式的疾病，必须能够在微生物和炎症水平上描述这些特征。
凭借在法兰西岛东部和北部的 6 个重症监护病房组成的承诺网络，正在招募 180 名患有 ARDS 并感染 SARS-CoV-2 的患者。 对于这些患者，在纳入时收集鼻咽拭子；随后每周一次新的鼻咽拭子和深呼吸样本，直到 D28，以探索合并感染和监测 SARS-CoV-2 的病毒载量。 这些样本中的每一个的其余部分都被收集用于研究。 同时，通常在重症监护中收集的临床数据将收集在 CRF 上。 他们将允许计算风险评分，例如 SOFA。
研究概览
详细说明
临床宏基因组学是一种能够通过转录组学和所有微生物的共感染来探索宿主炎症反应的技术。 为此，将使用符合标准 15189 并用于探索复杂感染的诊断程序的认可方法。 在实践中，样品将被预提取（化学、酶促和机械裂解），然后使用 QiaSymphony (Qiagen) 进行提取。 该文库将由 Nextera XT DNA 试剂盒和 Stranded TruSeq Total RNA (Illumina) 联合制备，然后由 NovaSeq (Illumina) 测序。 宏基因组和转录组分析将由我们的 MetaMIC 软件执行，并辅以最近添加的特定模块，用于分析 SARS-CoV-2 遗传变异及其随时间的动态变化。 最后，将进行无监督数据挖掘分析以确定“过度炎症”和“免疫麻痹”组的存在，然后分析指导其聚类的决定因素。 每组将根据其临床、生物学和病毒学数据进行分析，以确定特定的预后标志物。
因此，拟议的项目将通过宏基因组学/转录组学全面评估 SARS-CoV-2 感染的动态、ARDS 中 COVID-19 患者的炎症特征和微生物学文件，目的是检测高风险患者的特征，以了解疾病的严重形式的机制，并允许更准确和更早地评估预后，以及调整管理。
研究类型
注册 (预期的)
联系人和位置
学习地点
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Créteil、法国、94000
- Chu Henri Mondor
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
接受健康志愿者
有资格学习的性别
取样方法
研究人群
描述
纳入标准：
- 因 SARS-CoV-2 记录的 ARDS（柏林定义）入院重症监护的患者
- 主要患者（年龄 ≥ 18 岁）
- 病人或其赡养人、家属或密友不反对的收集（通讯）
排除标准：
- 未成年人
- 拒绝参与研究
- 患者受法律保护
- 囚犯
学习计划
研究是如何设计的？
设计细节
- 观测模型：队列
- 时间观点：追溯
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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确定两种内型（过度炎症和合并感染），并量化它们在接受 SARS-Cov2 感染的 ARDS 治疗患者的短期死亡率（第 28 天）方面的预后价值。
大体时间：第 0 天到第 28 天（纵向研究）
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无监督转录组学分析，以探索队列中是否存在 2 个不同的患者组。
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第 0 天到第 28 天（纵向研究）
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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确定的不同集群中病毒、细菌和真菌合并感染的性质
大体时间：第 0 天到第 28 天
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对呼吸道样本进行鸟枪法宏基因组学分析，以探索病毒、细菌、真菌、寄生虫与疾病严重程度的关系
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第 0 天到第 28 天
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确定的不同集群中 SARS CoV-2 病毒复制动态的比较
大体时间：第 0 天到第 28 天
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基于宏基因组学的时间量化
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第 0 天到第 28 天
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4. 在已识别的不同簇中随时间选择的病毒遗传决定因素的特征
大体时间：第 0 天到第 28 天
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病毒基因组比较和机器学习，以评估突变（准种）在疾病严重程度中的作用
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第 0 天到第 28 天
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员：Christophe Rodriguez, PharmD, PhD、Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (实际的)
研究完成 (预期的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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