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Coronavirus étudié par métagénomique chez des patients atteints de SDRA COVID-19 (COMETS)

17 août 2020 mis à jour par: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Caractérisation et impact pronostique des réponses inflammatoires par transcriptomique de l'hôte et co-infection par métagénomique chez les patients atteints de SDRA COVID-19 en soins intensifs

L'infection respiratoire pandémique SARS-CoV-2 (COVID-19) est responsable de plus de 4 000 décès, principalement (67 %) secondaires à des syndromes de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Le SDRA est généralement associé à une mortalité d'environ 40 %, mais ce taux atteint 61 % chez les patients infectés par le SARS-CoV-2. Deux endotypes ont été décrits chez les patients atteints de SDRA : l'un, hyper-inflammatoire, associé à une mortalité très élevée (51 %) ; la seconde, légèrement inflammatoire (immunoparalysie), associée à une mortalité beaucoup plus faible (19 %). Chez les patients COVID-19, des profils de réponse immunitaire distincts ont également été observés. Certains patients présentent une lymphopénie profonde et/ou des excrétions virales prolongées associées à la survenue plus fréquente de co-infections (+ 29 % de virus, + 23 % de bactéries, + 10 % de champignons). Ce dernier groupe peut être plus à risque en termes de mortalité. L'intensité de la réponse inflammatoire et/ou des co-infections microbiennes apparaissent donc comme des facteurs de risque de gravité et de mortalité chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2 qui déterminent l'évolution de la maladie. Pour adapter précocement une prise en charge thérapeutique optimale à chacune des formes de la maladie, il est indispensable de pouvoir caractériser ces profils sur le plan microbiologique et inflammatoire.

Avec un réseau engagé de 6 services de réanimation répartis dans l'est et le nord de l'Ile-de-France, 180 patients atteints de SDRA et infectés par le SRAS-CoV-2 sont en cours d'inscription. Pour ces patients, un prélèvement nasopharyngé est réalisé à l'inclusion ; suivi d'un nouvel écouvillon nasopharyngé et d'un prélèvement respiratoire profond une fois par semaine, jusqu'à J28, pour une exploration des co-infections et pour le suivi de la charge virale du SARS-CoV-2. Le reste de chacun de ces échantillons est collecté pour l'étude. En parallèle, les données cliniques habituellement collectées dans le cadre des soins intensifs seront collectées sur un CRF. Ils permettront de calculer des scores de risque tels que SOFA.

Aperçu de l'étude

Statut

Inconnue

Les conditions

Intervention / Traitement

Description détaillée

La métagénomique clinique est une technique qui a la capacité d'explorer la réponse inflammatoire de l'hôte par transcriptomique et la ou les co-infection(s) de tous les micro-organismes. Pour cela, une méthode accréditée selon la norme 15189 et utilisée en routine diagnostique pour l'exploration des infections complexes sera utilisée. En pratique, les échantillons seront pré-extraits (lyse chimique, enzymatique et mécanique) puis extraits à l'aide de QiaSymphony (Qiagen). La bibliothèque sera préparée conjointement par le kit Nextera XT pour l'ADN et l'ARN total Stranded TruSeq (Illumina) puis séquencée par NovaSeq (Illumina). L'analyse métagénomique et transcriptomique sera réalisée par notre logiciel MetaMIC, complété par un module spécifique récemment ajouté pour l'analyse de la variabilité génétique du SARS-CoV-2 et sa dynamique dans le temps. Enfin, une analyse de fouille de données non supervisée sera réalisée pour établir la présence des groupes « hyperinflammatoire » et « immunoparalysie », puis permettre l'analyse des déterminants guidant leur regroupement. Chaque groupe sera analysé en fonction de ses données cliniques, biologiques et virologiques pour déterminer des marqueurs pronostiques spécifiques.

Le projet proposé évaluera donc de manière exhaustive la dynamique de l'infection par le SRAS-CoV-2, le profil inflammatoire et la documentation microbiologique des patients COVID-19 en SDRA par métagénomique/transcriptomique dans le but de détecter des profils de patients à plus haut risque, de comprendre les mécanismes des formes sévères de la maladie et permettre une évaluation plus précise et plus précoce du pronostic, ainsi qu'une adaptation de la prise en charge.

Type d'étude

Observationnel

Inscription (Anticipé)

180

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Lieux d'étude

  • France
      • Créteil, France, 94000
        • CHU Henri Mondor

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

16 ans et plus (Adulte, Adulte plus âgé)

Accepte les volontaires sains

Non

Sexes éligibles pour l'étude

Tout

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

Patient admis en réanimation pour SDRA (définition de Berlin) documenté au SARS-CoV-2

La description

Critère d'intégration:

  • Patient admis en réanimation pour SDRA (définition de Berlin) documenté au SARS-CoV-2
  • Patient majeur (âge ≥ 18 ans)
  • Recueil de la non-opposition du patient ou de sa personne de confiance, membre de sa famille ou proche (newsletter)

Critère d'exclusion:

  • Patient mineur
  • Refus de participer à l'étude
  • Patient protégé par la loi
  • Prisonnier

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

  • Modèles d'observation: Cohorte
  • Perspectives temporelles: Rétrospective

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Identifier deux endotypes (hyper-inflammatoires et co-infections) et quantifier leur valeur pronostique en termes de mortalité à court terme (Jour 28) chez les patients traités pour un SDRA infecté par le SARS-Cov2.
Délai: Jour 0 à Jour 28 (étude longitudinale)
Analyse transcriptomique non supervisée pour explorer la présence de 2 groupes différents de patients dans la cohorte.
Jour 0 à Jour 28 (étude longitudinale)

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Nature des co-infections virales, bactériennes et fongiques dans les différents clusters identifiés
Délai: Jour 0 à Jour 28
Shotgun Analyse métagénomique d'échantillons respiratoires pour explorer les virus, bactéries, champignons, parasites en relation avec la gravité de la maladie
Jour 0 à Jour 28
Comparaison de la dynamique de réplication virale du SRAS CoV-2 dans les différents clusters identifiés
Délai: Jour 0 à Jour 28
Quantification basée sur la métagénomique dans le temps
Jour 0 à Jour 28
4. Caractérisation des déterminants génétiques viraux sélectionnés au fil du temps dans les différents clusters identifiés
Délai: Jour 0 à Jour 28
Comparaison génomique virale et apprentissage automatique pour évaluer le rôle des mutations (quasi-espèces) dans la sévérité de la maladie
Jour 0 à Jour 28

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

9 mars 2020

Achèvement primaire (Réel)

24 mai 2020

Achèvement de l'étude (Anticipé)

31 décembre 2020

Dates d'inscription aux études

Première soumission

23 juin 2020

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

17 août 2020

Première publication (Réel)

18 août 2020

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

18 août 2020

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

17 août 2020

Dernière vérification

1 juin 2020

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Mots clés

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • APHP200418

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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