Coronavirus estudiado por metagenómica en pacientes con ARDS COVID-19 (COMETS)
Caracterización e impacto pronóstico de las respuestas inflamatorias por transcriptómica del huésped y coinfección por metagenómica en pacientes con SDRA COVID-19 en cuidados intensivos
La infección respiratoria pandémica por SARS-CoV-2 (COVID-19) es responsable de más de 4.000 muertes, principalmente (67%) secundarias a síndromes de dificultad respiratoria aguda (SDRA). El SDRA suele asociarse a una mortalidad en torno al 40%, pero esta tasa alcanza el 61% en pacientes infectados por SARS-CoV-2. Se han descrito dos endotipos en pacientes con SDRA: uno, hiperinflamatorio, asociado a una mortalidad muy alta (51%); la segunda, levemente inflamatoria (inmunoparálisis), asociada a una mortalidad mucho menor (19%). En pacientes con COVID-19, también se han observado distintos perfiles de respuesta inmune. Algunos pacientes presentan linfopenia profunda y/o excreciones virales prolongadas asociadas a una mayor frecuencia de coinfecciones (+29% de virus, +23% de bacterias, +10% de hongos). Este último grupo puede tener un mayor riesgo en términos de mortalidad. La intensidad de la respuesta inflamatoria y/o las coinfecciones microbianas aparecen, por tanto, como factores de riesgo de gravedad y mortalidad en pacientes infectados por SARS-CoV-2 que condicionan el curso de la enfermedad. Para adaptar precozmente el manejo terapéutico óptimo a cada una de las formas de la enfermedad, es fundamental poder caracterizar estos perfiles a nivel microbiológico e inflamatorio.
Con una red comprometida de 6 unidades de cuidados intensivos en el este y el norte de Ile-de-France, se están inscribiendo 180 pacientes con ARDS e infectados con SARS-CoV-2. Para estos pacientes, se recolecta un hisopo nasofaríngeo en el momento de la inclusión; seguido de un nuevo hisopado nasofaríngeo y una muestra respiratoria profunda una vez por semana, hasta el D28, para exploración de coinfecciones y seguimiento de la carga viral de SARS-CoV-2. El resto de cada una de estas muestras se recogen para el estudio. Paralelamente, los datos clínicos habitualmente recopilados en el contexto de cuidados intensivos se recopilarán en un CRF. Permitirán calcular puntuaciones de riesgo como SOFA.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
La metagenómica clínica es una técnica que tiene la capacidad de explorar la respuesta inflamatoria del huésped mediante transcriptómica y la(s) coinfección(es) de todos los microorganismos. Para ello se utilizará un método acreditado según la norma 15189 y utilizado en la rutina diagnóstica para la exploración de infecciones complejas. En la práctica, las muestras se extraerán previamente (lisis química, enzimática y mecánica) y luego se extraerán con QiaSymphony (Qiagen). La biblioteca se preparará conjuntamente con el kit Nextera XT para ADN y ARN total Stranded TruSeq (Illumina) y luego se secuenciará con NovaSeq (Illumina). El análisis metagenómico y transcriptómico será realizado por nuestro software MetaMIC, complementado con un módulo específico recientemente agregado para el análisis de la variabilidad genética del SARS-CoV-2 y su dinámica en el tiempo. Finalmente, se llevará a cabo un análisis de minería de datos no supervisado para establecer la presencia de los grupos "hiperinflamatorio" e "inmunoparálisis", y luego permitir el análisis de los determinantes que guían su agrupación. Cada grupo será analizado según sus datos clínicos, biológicos y virológicos para determinar marcadores pronósticos específicos.
Por lo tanto, el proyecto propuesto evaluará de manera integral la dinámica de la infección por SARS-CoV-2, el perfil inflamatorio y la documentación microbiológica de pacientes con COVID-19 en SDRA mediante metagenómica/transcriptómica con el objetivo de detectar perfiles de pacientes con mayor riesgo, para comprender la mecanismos de las formas graves de la enfermedad y permitir una evaluación más precisa y temprana del pronóstico, así como una adaptación del manejo.
Tipo de estudio
Inscripción (Anticipado)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Créteil, Francia, 94000
- CHU Henri Mondor
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Géneros elegibles para el estudio
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Paciente ingresado en cuidados intensivos por SDRA (definición de Berlín) documentado en SARS-CoV-2
- Paciente mayor (edad ≥ 18 años)
- Recogida de la no oposición del paciente o de su persona de apoyo, familiar o allegado (newsletter)
Criterio de exclusión:
- Paciente menor
- Negativa a participar en el estudio.
- Paciente protegido por la ley
- Prisionero
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Modelos observacionales: Grupo
- Perspectivas temporales: Retrospectivo
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
|---|---|---|
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Identifique dos endotipos (hiperinflamatorio y coinfecciones) y cuantifique su valor pronóstico en términos de mortalidad a corto plazo (día 28) en pacientes tratados por SDRA infectados con SARS-Cov2.
Periodo de tiempo: Día 0 a Día 28 (estudio longitudinal)
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Análisis transcriptómico no supervisado para explorar la presencia de 2 grupos diferentes de pacientes en la cohorte.
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Día 0 a Día 28 (estudio longitudinal)
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
|---|---|---|
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Naturaleza de las coinfecciones virales, bacterianas y fúngicas en los diferentes grupos identificados
Periodo de tiempo: Día 0 a Día 28
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Análisis metagenómico de escopeta de muestras respiratorias para explorar virus, bacterias, hongos, parásitos en relación con la gravedad de la enfermedad.
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Día 0 a Día 28
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Comparación de la dinámica de replicación viral del SARS CoV-2 en los diferentes clusters identificados
Periodo de tiempo: Día 0 a Día 28
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Cuantificación basada en metagenómica a través del tiempo
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Día 0 a Día 28
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4. Caracterización de los determinantes genéticos virales seleccionados a lo largo del tiempo en los diferentes clusters identificados
Periodo de tiempo: Día 0 a Día 28
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Comparación genómica viral y aprendizaje automático para evaluar el papel de las mutaciones (cuasiespecies) en la gravedad de la enfermedad
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Día 0 a Día 28
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Investigadores
- Investigador principal: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Actual)
Finalización del estudio (Anticipado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
- Infecciones por coronavirus
- Infecciones por coronaviridae
- Infecciones por Nidovirales
- Infecciones por virus de ARN
- Enfermedades virales
- Infecciones
- Infecciones del Tracto Respiratorio
- Enfermedades de las vías respiratorias
- Trastornos de la respiración
- Neumonía Viral
- Neumonía
- Enfermedades pulmonares
- Infantil, Recién Nacido, Enfermedades
- Lesión pulmonar
- Infantil, Prematuro, Enfermedades
- COVID-19
- Síndrome de Dificultad Respiratoria
- Síndrome de Dificultad Respiratoria, Recién Nacido
- Lesión pulmonar aguda
Otros números de identificación del estudio
- APHP200418
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
Esta información se obtuvo directamente del sitio web clinicaltrials.gov sin cambios. Si tiene alguna solicitud para cambiar, eliminar o actualizar los detalles de su estudio, comuníquese con register@clinicaltrials.gov. Tan pronto como se implemente un cambio en clinicaltrials.gov, también se actualizará automáticamente en nuestro sitio web. .
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