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Coronavirus studiato da Metagenomics nei pazienti con ARDS COVID-19 (COMETS)

17 agosto 2020 aggiornato da: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Caratterizzazione e impatto prognostico delle risposte infiammatorie mediante trascrittomica dell'ospite e co-infezione mediante metagenomica in pazienti con ARDS COVID-19 in terapia intensiva

L'infezione respiratoria pandemica SARS-CoV-2 (COVID-19) è responsabile di oltre 4.000 decessi, principalmente (67%) secondari a sindromi da distress respiratorio acuto (ARDS). L'ARDS è solitamente associata a una mortalità di circa il 40%, ma questo tasso raggiunge il 61% nei pazienti infetti da SARS-CoV-2. Nei pazienti con ARDS sono stati descritti due endotipi: uno, iperinfiammatorio, associato a mortalità molto elevata (51%); la seconda, lievemente infiammatoria (immunoparalisi), associata a mortalità molto inferiore (19%). Nei pazienti COVID-19 sono stati osservati anche distinti profili di risposta immunitaria. Alcuni pazienti presentano linfopenia profonda e/o escrezioni virali prolungate associate a più frequente insorgenza di co-infezioni (+ 29% di virus, + 23% di batteri, + 10% di funghi). Quest'ultimo gruppo può essere a più alto rischio in termini di mortalità. L'intensità della risposta infiammatoria e/o le coinfezioni microbiche appaiono quindi come fattori di rischio per gravità e mortalità nei pazienti infetti da SARS-CoV-2 che determinano il decorso della malattia. Per adattare la gestione terapeutica ottimale precoce a ciascuna forma di malattia, è essenziale poter caratterizzare questi profili a livello microbiologico e infiammatorio.

Con una rete impegnata di 6 unità di terapia intensiva nell'Ile-de-France orientale e settentrionale, vengono arruolati 180 pazienti con ARDS e infetti da SARS-CoV-2. Per questi pazienti viene prelevato un tampone nasofaringeo al momento dell'inclusione; seguito da un nuovo tampone rinofaringeo e un campione respiratorio profondo una volta alla settimana, fino al D28, per l'esplorazione delle co-infezioni e per il monitoraggio della carica virale di SARS-CoV-2. Il resto di ciascuno di questi campioni viene raccolto per lo studio. Parallelamente, i dati clinici solitamente raccolti nell'ambito delle terapie intensive saranno raccolti su una CRF. Consentiranno di calcolare i punteggi di rischio come SOFA.

Panoramica dello studio

Stato

Sconosciuto

Condizioni

Intervento / Trattamento

Descrizione dettagliata

La metagenomica clinica è una tecnica che ha la capacità di esplorare la risposta infiammatoria dell'ospite mediante la trascrittomica e la/le coinfezione/i di tutti i microrganismi. Per questo verrà utilizzato un metodo accreditato secondo lo standard 15189 e utilizzato nella routine diagnostica per l'esplorazione di infezioni complesse. In pratica, i campioni saranno pre-estratti (lisi chimica, enzimatica e meccanica) quindi estratti utilizzando QiaSymphony (Qiagen). La libreria sarà preparata congiuntamente dal kit Nextera XT per DNA e Stranded TruSeq Total RNA (Illumina) quindi sequenziata da NovaSeq (Illumina). L'analisi metagenomica e trascrittomica sarà eseguita dal nostro software MetaMIC, integrato con un modulo specifico recentemente aggiunto per l'analisi della variabilità genetica SARS-CoV-2 e la sua dinamica nel tempo. Infine, verrà effettuata un'analisi di data mining non supervisionata per stabilire la presenza dei gruppi "iperinfiammatori" e "immunoparalisi", quindi consentire l'analisi dei determinanti che guidano il loro raggruppamento. Ogni gruppo sarà analizzato in base ai suoi dati clinici, biologici e virologici per determinare marcatori prognostici specifici.

Il progetto proposto valuterà quindi in modo completo la dinamica dell'infezione da SARS-CoV-2, il profilo infiammatorio e la documentazione microbiologica dei pazienti COVID-19 in ARDS mediante metagenomica/trascrittomica con l'obiettivo di rilevare i profili dei pazienti a più alto rischio, per comprendere il meccanismi delle forme gravi della malattia e per consentire una valutazione più precisa e precoce della prognosi, nonché un adattamento della gestione.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Anticipato)

180

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Luoghi di studio

  • Francia
      • Créteil, Francia, 94000
        • Chu Henri Mondor

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

14 anni e precedenti (Adulto, Adulto più anziano)

Accetta volontari sani

No

Sessi ammissibili allo studio

Tutto

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

Paziente ricoverato in terapia intensiva per ARDS (definizione di Berlino) documentato al SARS-CoV-2

Descrizione

Criterio di inclusione:

  • Paziente ricoverato in terapia intensiva per ARDS (definizione di Berlino) documentato al SARS-CoV-2
  • Paziente maggiore (età ≥ 18 anni)
  • Raccolta della non opposizione del paziente o della sua persona di supporto, familiare o amico intimo (newsletter)

Criteri di esclusione:

  • Paziente minorenne
  • Rifiuto di partecipare allo studio
  • Paziente tutelato dalla legge
  • Prigioniero

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Modelli osservazionali: Coorte
  • Prospettive temporali: Retrospettiva

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Identificare due endotipi (iper-infiammatori e coinfezioni) e quantificare il loro valore prognostico in termini di mortalità a breve termine (Giorno 28) nei pazienti trattati per ARDS infetti da SARS-Cov2.
Lasso di tempo: Dal giorno 0 al giorno 28 (studio longitudinale)
Analisi trascrittomica non supervisionata per esplorare la presenza di 2 diversi gruppi di pazienti nella coorte.
Dal giorno 0 al giorno 28 (studio longitudinale)

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Natura delle coinfezioni virali, batteriche e fungine nei diversi cluster individuati
Lasso di tempo: Dal giorno 0 al giorno 28
Analisi metagenomica shotgun di campioni respiratori per esplorare virus, batteri, funghi, parassiti in relazione alla gravità della malattia
Dal giorno 0 al giorno 28
Confronto delle dinamiche di replicazione virale SARS CoV-2 nei diversi cluster identificati
Lasso di tempo: Dal giorno 0 al giorno 28
Quantificazione basata sulla metagenomica nel tempo
Dal giorno 0 al giorno 28
4. Caratterizzazione dei determinanti genetici virali selezionati nel tempo nei diversi cluster individuati
Lasso di tempo: Dal giorno 0 al giorno 28
Confronto genomico virale e machine learning per valutare il ruolo delle mutazioni (quasispecie) nella gravità della malattia
Dal giorno 0 al giorno 28

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Investigatori

  • Investigatore principale: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hopitaux de Paris

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

9 marzo 2020

Completamento primario (Effettivo)

24 maggio 2020

Completamento dello studio (Anticipato)

31 dicembre 2020

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

23 giugno 2020

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

17 agosto 2020

Primo Inserito (Effettivo)

18 agosto 2020

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

18 agosto 2020

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

17 agosto 2020

Ultimo verificato

1 giugno 2020

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Parole chiave

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • APHP200418

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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