Tato stránka byla automaticky přeložena a přesnost překladu není zaručena. Podívejte se prosím na anglická verze pro zdrojový text.

Koronavirus zkoumaný metagenomikou u pacientů s ARDS COVID-19 (COMETS)

17. srpna 2020 aktualizováno: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Charakterizace a prognostický dopad zánětlivých odpovědí hostitelskou transkriptomikou a koinfekce metagenomikou u pacientů s ARDS COVID-19 v intenzivní péči

Pandemická respirační infekce SARS-CoV-2 (COVID-19) je zodpovědná za více než 4 000 úmrtí, zejména (67 %) sekundárně v důsledku syndromů akutní respirační tísně (ARDS). ARDS je obvykle spojena s úmrtností kolem 40 %, ale u pacientů infikovaných SARS-CoV-2 tato míra dosahuje 61 %. U pacientů s ARDS byly popsány dva endotypy: jeden, hyperzánětlivý, spojený s velmi vysokou mortalitou (51 %); druhá, mírně zánětlivá (imunoparalýza), spojená s mnohem nižší mortalitou (19 %). U pacientů s COVID-19 byly také pozorovány odlišné profily imunitní odpovědi. Někteří pacienti mají hlubokou lymfopenii a/nebo prodloužené vylučování virů spojené s častějším výskytem koinfekcí (+ 29 % virů, + 23 % bakterií, + 10 % plísní). Druhá skupina může mít vyšší riziko z hlediska úmrtnosti. Intenzita zánětlivé reakce a/nebo mikrobiální koinfekce se proto u pacientů infikovaných SARS-CoV-2 jeví jako rizikové faktory pro závažnost a mortalitu, které určují průběh onemocnění. Pro přizpůsobení včasného optimálního terapeutického managementu každé formě onemocnění je nezbytné umět tyto profily charakterizovat na mikrobiologické a zánětlivé úrovni.

Se zavázanou sítí 6 jednotek intenzivní péče ve východním a severním Ile-de-France je zahrnuto 180 pacientů s ARDS a infikovaných SARS-CoV-2. Těmto pacientům se při zařazení odebírá výtěr z nosohltanu; následuje nový výtěr z nosohltanu a vzorek z hlubokých dýchacích cest jednou týdně, až do D28, pro průzkum koinfekcí a pro monitorování virové zátěže SARS-CoV-2. Zbytek každého z těchto vzorků se shromáždí pro studii. Souběžně s tím budou klinická data obvykle shromažďovaná v kontextu intenzivní péče shromažďována na CRF. Umožní vypočítat rizikové skóre, jako je SOFA.

Přehled studie

Postavení

Neznámý

Podmínky

Intervence / Léčba

Detailní popis

Klinická metagenomika je technika, která má schopnost prozkoumat zánětlivou odpověď hostitele pomocí transkriptomiky a koinfekce(í) všech mikroorganismů. K tomu bude použita akreditovaná metoda podle normy 15189 a používaná v diagnostické rutině pro průzkum komplexních infekcí. V praxi budou vzorky předem extrahovány (chemická, enzymatická a mechanická lýza) a poté extrahovány pomocí QiaSymphony (Qiagen). Knihovna bude připravena společně soupravou Nextera XT pro DNA a Stranded TruSeq Total RNA (Illumina) a poté sekvenována pomocí NovaSeq (Illumina). Metagenomická a transkriptomická analýza bude provedena pomocí našeho softwaru MetaMIC, doplněného o specifický modul nedávno přidaný pro analýzu genetické variability SARS-CoV-2 a její dynamiky v čase. Nakonec bude provedena analýza dolování dat bez dozoru, aby se stanovila přítomnost skupin „hyperzánětlivé“ a „imunoparalýzy“, a poté byla umožněna analýza determinant řídících jejich shlukování. Každá skupina bude analyzována podle jejích klinických, biologických a virologických dat za účelem stanovení specifických prognostických markerů.

Navržený projekt proto komplexně zhodnotí dynamiku infekce SARS-CoV-2, zánětlivý profil a mikrobiologickou dokumentaci pacientů s COVID-19 v ARDS pomocí metagenomiky / transkriptomiky s cílem odhalit profily pacientů s vyšším rizikem, porozumět mechanismy těžkých forem onemocnění a umožnit přesnější a časnější zhodnocení prognózy a také přizpůsobení léčby.

Typ studie

Pozorovací

Zápis (Očekávaný)

180

Kontakty a umístění

Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.

Studijní místa

  • Francie
      • Créteil, Francie, 94000
        • CHU Henri Mondor

Kritéria účasti

Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.

Kritéria způsobilosti

Věk způsobilý ke studiu

16 let a starší (Dospělý, Starší dospělý)

Přijímá zdravé dobrovolníky

Ne

Pohlaví způsobilá ke studiu

Všechno

Metoda odběru vzorků

Vzorek nepravděpodobnosti

Studijní populace

Pacient přijat do intenzivní péče pro ARDS (berlínská definice) dokumentovaný u SARS-CoV-2

Popis

Kritéria pro zařazení:

  • Pacient přijat do intenzivní péče pro ARDS (berlínská definice) dokumentovaný u SARS-CoV-2
  • Hlavní pacient (věk ≥ 18 let)
  • Shromažďování nesouhlasu pacienta nebo jeho podpůrné osoby, člena rodiny nebo blízkého přítele (newsletter)

Kritéria vyloučení:

  • Nezletilý pacient
  • Odmítnutí účasti ve studii
  • Pacient chráněn zákonem
  • Vězeň

Studijní plán

Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.

Jak je studie koncipována?

Detaily designu

  • Observační modely: Kohorta
  • Časové perspektivy: Retrospektivní

Co je měření studie?

Primární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Identifikujte dva endotypy (hyperzánětlivé a koinfekce) a kvantifikujte jejich prognostickou hodnotu z hlediska krátkodobé mortality (28. den) u pacientů léčených pro ARDS infikovaných SARS-Cov2.
Časové okno: Den 0 až den 28 (longitudinální studie)
Transkriptomická analýza bez dozoru k prozkoumání přítomnosti 2 různých skupin pacientů v kohortě.
Den 0 až den 28 (longitudinální studie)

Sekundární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Povaha virových, bakteriálních a plísňových koinfekcí v různých identifikovaných shlucích
Časové okno: Den 0 až den 28
Brokovnicová metagenomická analýza vzorků dýchacích cest k prozkoumání virů, bakterií, hub, parazitů ve vztahu k závažnosti onemocnění
Den 0 až den 28
Srovnání dynamiky replikace viru SARS CoV-2 v různých identifikovaných shlucích
Časové okno: Den 0 až den 28
Kvantifikace založená na metagenomice v čase
Den 0 až den 28
4. Charakterizace virových genetických determinant vybraných v průběhu času v různých identifikovaných shlucích
Časové okno: Den 0 až den 28
Virové genomické srovnání a strojové učení k posouzení role mutací (kvazidruhů) v závažnosti onemocnění
Den 0 až den 28

Spolupracovníci a vyšetřovatelé

Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.

Sponzor

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Vyšetřovatelé

  • Vrchní vyšetřovatel: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Termíny studijních záznamů

Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.

Hlavní termíny studia

Začátek studia (Aktuální)

9. března 2020

Primární dokončení (Aktuální)

24. května 2020

Dokončení studie (Očekávaný)

31. prosince 2020

Termíny zápisu do studia

První předloženo

23. června 2020

První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality

17. srpna 2020

První zveřejněno (Aktuální)

18. srpna 2020

Aktualizace studijních záznamů

Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)

18. srpna 2020

Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality

17. srpna 2020

Naposledy ověřeno

1. června 2020

Více informací

Termíny související s touto studií

Klíčová slova

Další relevantní podmínky MeSH

Další identifikační čísla studie

  • APHP200418

Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty

Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA

Ne

Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA

Ne

Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .

Klinické studie na COVID-19

Prohledejte podobné pokusy

Sponzoři a spolupracovníci

Zdravotní podmínky

Drogové intervence

CROs by country

CROs in Ethiopia

Podmínky

Vzácné nemoci

Drogové intervence

Doplňky stravy

Sponzor / Spolupracovníci

Místa

3
Předplatit