Deze pagina is automatisch vertaald en de nauwkeurigheid van de vertaling kan niet worden gegarandeerd. Raadpleeg de Engelse versie voor een brontekst.

Coronavirus bestudeerd door Metagenomics bij ARDS COVID-19-patiënten (COMETS)

17 augustus 2020 bijgewerkt door: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Karakterisering en prognostische impact van ontstekingsreacties door gastheertranscriptomica en co-infectie door metagenomica bij patiënten met ARDS COVID-19 op de intensive care

Pandemische SARS-CoV-2 (COVID-19) luchtweginfectie is verantwoordelijk voor meer dan 4.000 sterfgevallen, voornamelijk (67%) secundair aan acute respiratory distress syndromen (ARDS). ARDS wordt meestal geassocieerd met een mortaliteit van ongeveer 40%, maar dit percentage bereikt 61% bij patiënten die zijn geïnfecteerd met SARS-CoV-2. Er zijn twee endotypes beschreven bij patiënten met ARDS: één, hyperinflammatoir, geassocieerd met zeer hoge mortaliteit (51%); de tweede, licht inflammatoire (immunoparalyse), geassocieerd met veel lagere mortaliteit (19%). Bij COVID-19-patiënten zijn ook verschillende immuunresponsprofielen waargenomen. Sommige patiënten vertonen diepe lymfopenie en/of verlengde virale excreties geassocieerd met vaker voorkomen van co-infecties (+ 29% van het virus, + 23% van de bacteriën, + 10% van de schimmels). De laatste groep loopt mogelijk een hoger risico in termen van sterfte. De intensiteit van de ontstekingsreactie en/of microbiële co-infecties verschijnen daarom als risicofactoren voor de ernst en mortaliteit bij met SARS-CoV-2 geïnfecteerde patiënten die het verloop van de ziekte bepalen. Om vroegtijdig optimaal therapeutisch management aan te passen aan elke vorm van de ziekte, is het essentieel om deze profielen op microbiologisch en inflammatoir niveau te kunnen karakteriseren.

Met een toegewijd netwerk van 6 intensive care-afdelingen in het oosten en noorden van Ile-de-France, worden 180 patiënten met ARDS en geïnfecteerd met SARS-CoV-2 ingeschreven. Bij deze patiënten wordt bij opname een nasofaryngeaal uitstrijkje afgenomen; gevolgd door een nieuw nasofaryngeaal uitstrijkje en eenmaal per week een monster van de diepe luchtwegen, tot D28, voor onderzoek naar co-infecties en voor monitoring van de virale belasting van SARS-CoV-2. De rest van elk van deze monsters wordt verzameld voor het onderzoek. Tegelijkertijd zullen de klinische gegevens die normaal gesproken in het kader van intensieve zorgen worden verzameld, worden verzameld op een CRF. Ze zullen het mogelijk maken om risicoscores zoals SOFA te berekenen.

Studie Overzicht

Toestand

Onbekend

Conditie

Interventie / Behandeling

Gedetailleerde beschrijving

Klinische metagenomics is een techniek die het vermogen heeft om de ontstekingsreactie van de gastheer te onderzoeken door middel van transcriptomics en de co-infectie(s) van alle micro-organismen. Hiervoor zal een geaccrediteerde methode volgens standaard 15189 worden gebruikt die wordt gebruikt in de diagnostische routine voor het onderzoeken van complexe infecties. In de praktijk worden de monsters vooraf geëxtraheerd (chemische, enzymatische en mechanische lysis) en vervolgens geëxtraheerd met behulp van QiaSymphony (Qiagen). De bibliotheek zal gezamenlijk worden voorbereid door de Nextera XT-kit voor DNA en Stranded TruSeq Total RNA (Illumina) en vervolgens worden gesequenced door NovaSeq (Illumina). De metagenomische en transcriptomische analyse zal worden uitgevoerd door onze MetaMIC-software, aangevuld met een specifieke module die onlangs is toegevoegd voor de analyse van de genetische variabiliteit van SARS-CoV-2 en de dynamiek ervan in de loop van de tijd. Ten slotte zal een onbewaakte datamining-analyse worden uitgevoerd om de aanwezigheid van de "hyperinflammatoire" en "immunoparalyse"-groepen vast te stellen, en vervolgens de analyse mogelijk te maken van de determinanten die hun clustering sturen. Elke groep zal worden geanalyseerd volgens zijn klinische, biologische en virologische gegevens om specifieke prognostische markers te bepalen.

Het voorgestelde project zal daarom de dynamiek van SARS-CoV-2-infectie, het ontstekingsprofiel en de microbiologische documentatie van COVID-19-patiënten in ARDS uitgebreid beoordelen door middel van metagenomics / transcriptomics met als doel profielen van patiënten met een hoger risico te detecteren, om de mechanismen van ernstige vormen van de ziekte en om een ​​nauwkeurigere en vroegere evaluatie van de prognose mogelijk te maken, evenals een aanpassing van het management.

Studietype

Observationeel

Inschrijving (Verwacht)

180

Contacten en locaties

In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.

Studie Locaties

  • Frankrijk
      • Créteil, Frankrijk, 94000
        • CHU Henri Mondor

Deelname Criteria

Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.

Geschiktheidscriteria

Leeftijden die in aanmerking komen voor studie

14 jaar en ouder (Volwassen, Oudere volwassene)

Accepteert gezonde vrijwilligers

Nee

Geslachten die in aanmerking komen voor studie

Allemaal

Bemonsteringsmethode

Niet-waarschijnlijkheidssteekproef

Studie Bevolking

Patiënt opgenomen op de intensive care voor ARDS (definitie van Berlijn) gedocumenteerd bij SARS-CoV-2

Beschrijving

Inclusiecriteria:

  • Patiënt opgenomen op de intensive care voor ARDS (definitie van Berlijn) gedocumenteerd bij SARS-CoV-2
  • Grote patiënt (leeftijd ≥ 18 jaar)
  • Verzameling van de niet-verzet van de patiënt of zijn ondersteuner, familielid of goede vriend (nieuwsbrief)

Uitsluitingscriteria:

  • Kleine patiënt
  • Weigering om deel te nemen aan het onderzoek
  • Patiënt beschermd door de wet
  • Gevangene

Studie plan

Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.

Hoe is de studie opgezet?

Ontwerpdetails

  • Observatiemodellen: Cohort
  • Tijdsperspectieven: Retrospectief

Wat meet het onderzoek?

Primaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Identificeer twee endotypen (hyperinflammatoire en co-infecties) en kwantificeer hun prognostische waarde in termen van mortaliteit op korte termijn (dag 28) bij patiënten die worden behandeld voor ARDS die zijn geïnfecteerd met SARS-Cov2.
Tijdsspanne: Dag 0 tot dag 28 (longitudinale studie)
Transcriptomische analyse zonder toezicht om de aanwezigheid van 2 verschillende patiëntengroepen in het cohort te onderzoeken.
Dag 0 tot dag 28 (longitudinale studie)

Secundaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Aard van virale, bacteriële en fungale co-infecties in de verschillende geïdentificeerde clusters
Tijdsspanne: Dag 0 tot Dag 28
Shotgun Metagenomics-analyse van ademhalingsmonsters om virussen, bacteriën, schimmels en parasieten te onderzoeken in relatie tot de ernst van de ziekte
Dag 0 tot Dag 28
Vergelijking van de dynamiek van SARS CoV-2 virale replicatie in de verschillende geïdentificeerde clusters
Tijdsspanne: Dag 0 tot Dag 28
Kwantificering op basis van metagenomics door de tijd heen
Dag 0 tot Dag 28
4. Karakterisering van de in de tijd geselecteerde virale genetische determinanten in de verschillende geïdentificeerde clusters
Tijdsspanne: Dag 0 tot Dag 28
Virale genomische vergelijking en machine learning om de rol van de mutaties (quasispecies) in de ernst van de ziekte te beoordelen
Dag 0 tot Dag 28

Medewerkers en onderzoekers

Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.

Sponsor

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Onderzoekers

  • Hoofdonderzoeker: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Studie record data

Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.

Bestudeer belangrijke data

Studie start (Werkelijk)

9 maart 2020

Primaire voltooiing (Werkelijk)

24 mei 2020

Studie voltooiing (Verwacht)

31 december 2020

Studieregistratiedata

Eerst ingediend

23 juni 2020

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

17 augustus 2020

Eerst geplaatst (Werkelijk)

18 augustus 2020

Updates van studierecords

Laatste update geplaatst (Werkelijk)

18 augustus 2020

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

17 augustus 2020

Laatst geverifieerd

1 juni 2020

Meer informatie

Termen gerelateerd aan deze studie

Trefwoorden

Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden

Andere studie-ID-nummers

  • APHP200418

Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel

Nee

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct

Nee

Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .

Klinische onderzoeken op COVID-19

Zoek naar vergelijkbare onderzoeken

Sponsors en medewerkers

Medische omstandigheden

Geneesmiddelinterventies

CROs by country

CROs in Israel

Voorwaarden

Zeldzame ziekten

Geneesmiddelinterventies

Voedingssupplementen

Sponsor / medewerkers

Locaties

Abonneren