Coronavirus studert av Metagenomics i ARDS COVID-19-pasienter (COMETS)

Pandemi SARS-CoV-2 (COVID-19) luftveisinfeksjon er ansvarlig for mer enn 4000 dødsfall, hovedsakelig (67 %) sekundært til akutte respiratoriske distress-syndromer (ARDS). ARDS er vanligvis assosiert med en dødelighet på rundt 40 %, men denne frekvensen når 61 % hos pasienter infisert med SARS-CoV-2. To endotyper er beskrevet hos pasienter med ARDS: en, hyperinflammatorisk, assosiert med svært høy dødelighet (51 %); den andre, lett inflammatorisk (immunopalyse), assosiert med mye lavere dødelighet (19%). Hos COVID-19-pasienter er det også observert distinkte immunresponsprofiler. Noen pasienter har dyp lymfopeni og/eller langvarige virale utskillelser assosiert med hyppigere forekomst av samtidige infeksjoner (+ 29 % av virus, + 23 % av bakterier, + 10 % av sopp). Sistnevnte gruppe kan ha høyere risiko når det gjelder dødelighet. Intensiteten av den inflammatoriske responsen og/eller mikrobielle koinfeksjoner fremstår derfor som risikofaktorer for alvorlighetsgrad og dødelighet hos pasienter infisert med SARS-CoV-2 som bestemmer sykdomsforløpet. For å tilpasse tidlig optimal terapeutisk behandling til hver form av sykdommen, er det viktig å kunne karakterisere disse profilene på mikrobiologisk og inflammatorisk nivå.

Med et engasjert nettverk av 6 intensivavdelinger over det østlige og nordlige Ile-de-France, blir 180 pasienter med ARDS og infisert med SARS-CoV-2 registrert. For disse pasientene samles en nasofaryngeal vattpinne ved inkludering; etterfulgt av en ny nasofaryngeal vattpinne og en dyp respirasjonsprøve en gang i uken, frem til D28, for en utforskning av samtidige infeksjoner og for å overvåke virusmengden av SARS-CoV-2. Resten av hver av disse prøvene samles inn for studien. Parallelt vil de kliniske dataene som vanligvis samles inn i forbindelse med intensivbehandling, samles inn på en CRF. De vil tillate å beregne risikoscore som SOFA.