A Metagenomics által tanulmányozott koronavírus ARDS COVID-19 betegeken (COMETS)
A gyulladásos válaszok jellemzése és prognosztikus hatása a gazdatranszkriptomika és a metagenomika által okozott társfertőzés jellemzése és prognosztikus hatása az ARDS COVID-19-ben szenvedő betegeknél intenzív osztályon
A pandémiás SARS-CoV-2 (COVID-19) légúti fertőzés több mint 4000 halálesetért felelős, főként (67%) az akut légzési distressz szindrómák (ARDS) következtében. Az ARDS-hez általában 40% körüli mortalitás társul, de ez az arány eléri a 61%-ot a SARS-CoV-2-vel fertőzött betegeknél. Két endotípust írtak le ARDS-ben szenvedő betegeknél: az egyik, hipergyulladásos, nagyon magas mortalitással (51%); a második, enyhén gyulladásos (immunparalízis), sokkal alacsonyabb mortalitással (19%) társul. A COVID-19-betegeknél eltérő immunválasz-profilokat is megfigyeltek. Egyes betegek mély limfopéniát és/vagy elhúzódó vírusürítést mutatnak, ami az egyidejű fertőzések gyakoribb előfordulásával jár (+ 29% vírus, + 23% baktérium, + 10% gomba). Ez utóbbi csoport nagyobb kockázattal járhat a halálozás szempontjából. A gyulladásos válasz intenzitása és/vagy a mikrobiális társfertőzések ezért a SARS-CoV-2-vel fertőzött betegek súlyossági és mortalitási kockázati tényezőiként jelennek meg, amelyek meghatározzák a betegség lefolyását. Ahhoz, hogy a korai optimális terápiás kezelést a betegség egyes formáihoz igazítsuk, elengedhetetlen, hogy ezeket a profilokat mikrobiológiai és gyulladásos szinten jellemezni tudjuk.
Az Ile-de-France keleti és északi részén található 6 intenzív osztályból álló elkötelezett hálózatba 180 ARDS-ben szenvedő és SARS-CoV-2-vel fertőzött beteget vesznek fel. Ezeknél a betegeknél orrgarat-tamponot vesznek a felvételkor; ezt követi egy új nasopharyngealis tampon és egy mélylégzési minta hetente egyszer, egészen 28-ig, a társfertőzések feltárására és a SARS-CoV-2 vírusterhelésének monitorozására. A többi mintát a vizsgálathoz összegyűjtjük. Ezzel párhuzamosan az intenzív terápia keretében rendszerint gyűjtött klinikai adatokat egy CRF-en gyűjtik. Lehetővé teszik a kockázati pontszámok kiszámítását, például a SOFA-t.
A tanulmány áttekintése
Állapot
Körülmények
Beavatkozás / kezelés
Részletes leírás
A klinikai metagenomika egy olyan technika, amely képes feltárni a gazdaszervezet gyulladásos válaszát transzkriptomika és az összes mikroorganizmus társfertőzése(i) segítségével. Ehhez a 15189 szabvány szerinti akkreditált módszert alkalmazzák, amelyet a diagnosztikai rutinban alkalmaznak a komplex fertőzések feltárására. A gyakorlatban a mintákat előextraháljuk (kémiai, enzimatikus és mechanikai lízis), majd a QiaSymphony (Qiagen) segítségével extraháljuk. A könyvtárat a Nextera XT kittel közösen készítik elő DNS-hez és Stranded TruSeq Total RNS-hez (Illumina), majd NovaSeq-vel (Illumina) szekvenálják. A metagenomikus és transzkriptomikus elemzést a MetaMIC szoftverünk végzi, kiegészítve egy, a SARS-CoV-2 genetikai variabilitásának és időbeli dinamikájának elemzésére nemrégiben hozzáadott speciális modullal. Végül egy felügyelet nélküli adatbányászati elemzést végeznek a "hipergyulladásos" és "immunparalízis" csoportok jelenlétének megállapítására, majd lehetővé teszik a klaszterezésüket irányító determinánsok elemzését. Mindegyik csoportot klinikai, biológiai és virológiai adatai alapján elemzik, hogy meghatározzák a specifikus prognosztikai markereket.
A javasolt projekt ezért átfogóan felméri a SARS-CoV-2 fertőzés dinamikáját, a gyulladásos profilt és az ARDS-ben szenvedő COVID-19 betegek mikrobiológiai dokumentálását metagenomika/transzkriptomika segítségével azzal a céllal, hogy feltárja a magasabb kockázatú betegek profilját, hogy megértse a betegséget. a betegség súlyos formáinak mechanizmusait, és lehetővé teszi a prognózis pontosabb és korábbi értékelését, valamint a kezelés adaptálását.
Tanulmány típusa
Beiratkozás (Várható)
Kapcsolatok és helyek
Tanulmányi helyek
-
-
-
Créteil, Franciaország, 94000
- CHU Henri Mondor
-
-
Részvételi kritériumok
Jogosultsági kritériumok
Tanulmányozható életkorok
Egészséges önkénteseket fogad
Tanulmányozható nemek
Mintavételi módszer
Tanulmányi populáció
Leírás
Bevételi kritériumok:
- A SARS-CoV-2-nél dokumentált ARDS (berlini definíció) miatt intenzív osztályra felvett beteg
- Főbeteg (18 év feletti)
- A beteg vagy támogatója, családtagja vagy közeli barátja nem-ellenszavazásának gyűjtése (hírlevél)
Kizárási kritériumok:
- Kisebb beteg
- A vizsgálatban való részvétel megtagadása
- Törvény által védett beteg
- Rab
Tanulási terv
Hogyan készül a tanulmány?
Tervezési részletek
- Megfigyelési modellek: Kohorsz
- Időperspektívák: Visszatekintő
Mit mér a tanulmány?
Elsődleges eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
Azonosítson két endotípust (hipergyulladásos és társfertőzések), és számszerűsítse azok prognosztikai értékét a rövid távú mortalitás szempontjából (28. nap) a SARS-Cov2-vel fertőzött ARDS miatt kezelt betegeknél.
Időkeret: 0. naptól 28. napig (longitudinális vizsgálat)
|
Felügyelet nélküli transzkriptomikai elemzés a kohorszban 2 különböző betegcsoport jelenlétének feltárására.
|
0. naptól 28. napig (longitudinális vizsgálat)
|
Másodlagos eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
A vírusos, bakteriális és gombás társfertőzések természete a különböző azonosított klaszterekben
Időkeret: 0-tól 28-ig
|
Shotgun Légúti minták metagenomikai elemzése vírusok, baktériumok, gombák, paraziták feltárására a betegség súlyosságával összefüggésben
|
0-tól 28-ig
|
|
A SARS CoV-2 vírus replikációs dinamikájának összehasonlítása a különböző azonosított klaszterekben
Időkeret: 0-tól 28-ig
|
Időbeli metagenomikán alapuló kvantifikáció
|
0-tól 28-ig
|
|
4. Az idővel kiválasztott virális genetikai determinánsok jellemzése a különböző azonosított klaszterekben
Időkeret: 0-tól 28-ig
|
Vírusgenomikus összehasonlítás és gépi tanulás a mutációk (kvázifajok) szerepének felmérésére a betegség súlyosságában
|
0-tól 28-ig
|
Együttműködők és nyomozók
Nyomozók
- Kutatásvezető: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Tanulmányi rekorddátumok
Tanulmány főbb dátumok
Tanulmány kezdete (Tényleges)
Elsődleges befejezés (Tényleges)
A tanulmány befejezése (Várható)
Tanulmányi regisztráció dátumai
Először benyújtva
Először nyújtották be, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
Első közzététel (Tényleges)
Tanulmányi rekordok frissítései
Utolsó frissítés közzétéve (Tényleges)
Az utolsó frissítés elküldve, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
Utolsó ellenőrzés
Több információ
A tanulmányhoz kapcsolódó kifejezések
Kulcsszavak
További vonatkozó MeSH feltételek
- Koronavírus fertőzések
- Coronaviridae fertőzések
- Nidovirales fertőzések
- RNS vírusfertőzések
- Vírusos betegségek
- Fertőzések
- Légúti fertőzések
- Légúti betegségek
- Légzési zavarok
- Tüdőgyulladás, vírusos
- Tüdőgyulladás
- Tüdőbetegségek
- Csecsemő, Újszülött, Betegségek
- Tüdősérülés
- Csecsemő, Koraszülött, Betegségek
- COVID-19
- Légzési distressz szindróma
- Légzési distressz szindróma, újszülött
- Akut tüdősérülés
Egyéb vizsgálati azonosító számok
- APHP200418
Gyógyszer- és eszközinformációk, tanulmányi dokumentumok
Egy amerikai FDA által szabályozott gyógyszerkészítményt tanulmányoz
Egy amerikai FDA által szabályozott eszközterméket tanulmányoz
Ezt az információt közvetlenül a clinicaltrials.gov webhelyről szereztük be, változtatás nélkül. Ha bármilyen kérése van vizsgálati adatainak módosítására, eltávolítására vagy frissítésére, kérjük, írjon a következő címre: register@clinicaltrials.gov. Amint a változás bevezetésre kerül a clinicaltrials.gov oldalon, ez a webhelyünkön is automatikusan frissül. .