Tämä sivu käännettiin automaattisesti, eikä käännösten tarkkuutta voida taata. Katso englanninkielinen versio lähdetekstiä varten.

Koronavirus, jota Metagenomics on tutkinut ARDS COVID-19 -potilailla (COMETS)

maanantai 17. elokuuta 2020 päivittänyt: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Isännän transkriptomiikan ja metagenomiikan tulehdusvasteiden karakterisointi ja ennustevaikutus potilailla, joilla on ARDS COVID-19 tehohoidossa

Pandeeminen SARS-CoV-2 (COVID-19) hengitystieinfektio on vastuussa yli 4 000 kuolemasta, joista suurin osa (67 %) on seurausta akuutista hengitysvaikeusoireyhtymästä (ARDS). ARDS liittyy yleensä noin 40 %:n kuolleisuuteen, mutta tämä osuus saavuttaa 61 % SARS-CoV-2-tartunnan saaneilla potilailla. Kaksi endotyyppiä on kuvattu potilailla, joilla on ARDS: yksi, hyperinflammatorinen, joka liittyy erittäin korkeaan kuolleisuuteen (51 %); toinen, lievästi tulehduksellinen (immunohalvaus), joka liittyy paljon pienempään kuolleisuuteen (19 %). COVID-19-potilailla on myös havaittu erilaisia ​​immuunivasteprofiileja. Joillakin potilailla on syvää lymfopeniaa ja/tai pitkittynyttä viruseritystä, jotka liittyvät useammin esiintyviin rinnakkaisiin infektioihin (+ 29 % viruksista, + 23 % bakteereista, + 10 % sienistä). Jälkimmäisellä ryhmällä voi olla suurempi kuolleisuusriski. Tulehdusvasteen voimakkuus ja/tai mikrobien yhteisinfektiot näyttävät siksi SARS-CoV-2-tartunnan saaneiden potilaiden vakavuuden ja kuolleisuuden riskitekijöiltä, ​​jotka määräävät taudin kulun. Varhaisen optimaalisen terapeuttisen hoidon mukauttamiseksi kuhunkin sairauden muotoon on välttämätöntä pystyä karakterisoimaan nämä profiilit mikrobiologisella ja tulehdustasolla.

Ile-de-Francen itä- ja pohjoisosissa sijaitsevaan kuuden tehohoitoyksikön sitoutuneen verkoston kautta otetaan mukaan 180 ARDS-potilasta, joilla on SARS-CoV-2-tartunta. Näille potilaille otetaan nenänielun vanupuikko sisällyttämisen yhteydessä; sen jälkeen uusi nenänielun vanupuikko ja syvähengitysnäyte kerran viikossa, päivään 28 asti, rinnakkaisinfektioiden tutkimiseksi ja SARS-CoV-2-viruskuorman seuraamiseksi. Loput jokaisesta näistä näytteistä kerätään tutkimusta varten. Samanaikaisesti tehohoidon yhteydessä tavallisesti kerätyt kliiniset tiedot kerätään CRF:lle. Niiden avulla voidaan laskea riskipisteitä, kuten SOFA.

Tutkimuksen yleiskatsaus

Tila

Tuntematon

Ehdot

Interventio / Hoito

Yksityiskohtainen kuvaus

Kliininen metagenomiikka on tekniikka, jolla on kyky tutkia isännän tulehdusvastetta transkriptomiikan ja kaikkien mikro-organismien yhteisinfektion (yhteisinfektioiden) avulla. Tätä varten käytetään standardin 15189 mukaista akkreditoitua menetelmää, jota käytetään diagnostisessa rutiinissa monimutkaisten infektioiden tutkimiseen. Käytännössä näytteet esiuutetaan (kemiallinen, entsymaattinen ja mekaaninen lyysi) ja uutetaan sitten käyttämällä QiaSymphonya (Qiagen). Kirjasto valmistetaan yhdessä Nextera XT -pakkauksella DNA:lle ja Stranded TruSeq Total RNA:lle (Illumina) ja sekvensoidaan sitten NovaSeq:llä (Illumina). Metagenominen ja transkriptominen analyysi suoritetaan MetaMIC-ohjelmistollamme, jota on täydennetty äskettäin lisätyllä erityisellä moduulilla SARS-CoV-2:n geneettisen vaihtelun ja sen dynamiikan analysoimiseksi ajan mittaan. Lopuksi suoritetaan valvomaton tiedonlouhintaanalyysi "hyperinflammatoristen" ja "immunohalvaus"ryhmien läsnäolon toteamiseksi, minkä jälkeen sallitaan niiden ryhmittymistä ohjaavien determinanttien analyysi. Jokainen ryhmä analysoidaan sen kliinisten, biologisten ja virologisten tietojen perusteella spesifisten prognostisten markkerien määrittämiseksi.

Ehdotetussa hankkeessa arvioidaan siksi kattavasti SARS-CoV-2-infektion dynamiikkaa, tulehdusprofiilia ja COVID-19-potilaiden mikrobiologista dokumentaatiota ARDS:ssä metagenomiikan/transkriptomiikan avulla tavoitteena havaita riskipotilaiden profiilit, jotta voidaan ymmärtää taudin vakavien muotojen mekanismeja ja mahdollistaa tarkemman ja aikaisemman ennusteen arvioinnin sekä hoidon mukauttamisen.

Opintotyyppi

Havainnollistava

Ilmoittautuminen (Odotettu)

180

Yhteystiedot ja paikat

Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.

Opiskelupaikat

  • Ranska
      • Créteil, Ranska, 94000
        • CHU Henri Mondor

Osallistumiskriteerit

Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.

Kelpoisuusvaatimukset

Opintokelpoiset iät

16 vuotta ja vanhemmat (Aikuinen, Vanhempi Aikuinen)

Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia

Ei

Sukupuolet, jotka voivat opiskella

Kaikki

Näytteenottomenetelmä

Ei-todennäköisyysnäyte

Tutkimusväestö

Potilas otettu tehohoitoon SARS-CoV-2:ssa dokumentoidun ARDS:n (Berliinin määritelmä) vuoksi

Kuvaus

Sisällyttämiskriteerit:

  • Potilas otettu tehohoitoon SARS-CoV-2:ssa dokumentoidun ARDS:n (Berliinin määritelmä) vuoksi
  • Pääpotilas (ikä ≥ 18 vuotta)
  • Keräys potilaan tai hänen tukihenkilönsä, perheenjäsenen tai läheisen ystävän vastustamattomuudesta (uutiskirje)

Poissulkemiskriteerit:

  • Pieni potilas
  • Kieltäytyminen tutkimukseen osallistumisesta
  • Potilas on lailla suojattu
  • Vanki

Opintosuunnitelma

Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.

Miten tutkimus on suunniteltu?

Suunnittelun yksityiskohdat

  • Havaintomallit: Kohortti
  • Aikanäkymät: Takautuva

Mitä tutkimuksessa mitataan?

Ensisijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
Tunnista kaksi endotyyppiä (hyperinflammatoriset ja rinnakkaisinfektiot) ja määritä niiden ennustearvo lyhytaikaisen kuolleisuuden (päivä 28) suhteen potilailla, joita hoidetaan SARS-Cov2-tartunnan saaneiden ARDS:n vuoksi.
Aikaikkuna: Päivä 0–28 (pitkittäistutkimus)
Valvomaton transkriptominen analyysi kahden eri potilasryhmän läsnäolon tutkimiseksi kohortissa.
Päivä 0–28 (pitkittäistutkimus)

Toissijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
Virus-, bakteeri- ja sieni-yhteisinfektioiden luonne tunnistetuissa eri klustereissa
Aikaikkuna: Päivä 0 - Päivä 28
Hengitysnäytteiden haulikkometagenominen analyysi virusten, bakteerien, sienten, loisten tutkimiseksi suhteessa taudin vaikeusasteeseen
Päivä 0 - Päivä 28
SARS CoV-2 -viruksen replikaatiodynamiikan vertailu tunnistetuissa eri klustereissa
Aikaikkuna: Päivä 0 - Päivä 28
Kvantifiointi perustuu metagenomiikkaan ajan mittaan
Päivä 0 - Päivä 28
4. Ajan myötä valittujen viruksen geneettisten determinanttien karakterisointi tunnistetuissa eri klustereissa
Aikaikkuna: Päivä 0 - Päivä 28
Viruksen genomivertailu ja koneoppiminen mutaatioiden (kvasilajien) roolin arvioimiseksi taudin vakavuudessa
Päivä 0 - Päivä 28

Yhteistyökumppanit ja tutkijat

Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.

Sponsori

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Tutkijat

  • Päätutkija: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Opintojen ennätyspäivät

Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan ​​julkisella verkkosivustolla.

Opi tärkeimmät päivämäärät

Opiskelun aloitus (Todellinen)

Maanantai 9. maaliskuuta 2020

Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)

Sunnuntai 24. toukokuuta 2020

Opintojen valmistuminen (Odotettu)

Torstai 31. joulukuuta 2020

Opintoihin ilmoittautumispäivät

Ensimmäinen lähetetty

Tiistai 23. kesäkuuta 2020

Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit

Maanantai 17. elokuuta 2020

Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)

Tiistai 18. elokuuta 2020

Tutkimustietojen päivitykset

Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)

Tiistai 18. elokuuta 2020

Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit

Maanantai 17. elokuuta 2020

Viimeksi vahvistettu

Maanantai 1. kesäkuuta 2020

Lisää tietoa

Tähän tutkimukseen liittyvät termit

Avainsanat

Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja

Muut tutkimustunnusnumerot

  • APHP200418

Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta

Ei

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta

Ei

Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .

Kliiniset tutkimukset COVID-19

Hae vastaavia kokeiluja

Sponsorit ja yhteistyökumppanit

Sairaudet

Huumeiden interventiot

CROs by country

CROs in Australia

Ehdot

Harvinaiset sairaudet

Huumeiden interventiot

Ravintolisät

Sponsori / yhteistyökumppanit

Sijainnit

3
Tilaa