Коронавирус, изученный метагеномикой у пациентов с ОРДС COVID-19 (COMETS)

Пандемическая респираторная инфекция SARS-CoV-2 (COVID-19) является причиной более 4000 смертей, в основном (67%), вторичных по отношению к острым респираторным дистресс-синдромам (ОРДС). ОРДС обычно связан со смертностью около 40%, но этот показатель достигает 61% у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2. У пациентов с ОРДС описаны два эндотипа: один, гипервоспалительный, связанный с очень высокой смертностью (51%); второй, слегка воспалительный (иммунопаралич), связан с гораздо более низкой смертностью (19%). У пациентов с COVID-19 также наблюдались различные профили иммунного ответа. У некоторых пациентов выявляют глубокую лимфопению и/или длительную вирусную экскрецию, связанную с более частым появлением коинфекций (+ 29% вирусов, + 23% бактерий, + 10% грибков). Последняя группа может быть подвержена более высокому риску с точки зрения смертности. Интенсивность воспалительной реакции и/или микробных коинфекций, таким образом, являются факторами риска тяжести и смертности у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, которые определяют течение заболевания. Чтобы адаптировать раннее оптимальное терапевтическое лечение к каждой форме заболевания, важно иметь возможность охарактеризовать эти профили на микробиологическом и воспалительном уровне.

В сеть из 6 отделений интенсивной терапии в восточной и северной частях Иль-де-Франс зачисляются 180 пациентов с ОРДС, инфицированных SARS-CoV-2. У этих пациентов при включении берут мазок из носоглотки; с последующим взятием нового мазка из носоглотки и пробы из глубоких дыхательных путей раз в неделю, до дня 28, для исследования сопутствующих инфекций и мониторинга вирусной нагрузки SARS-CoV-2. Остальная часть каждого из этих образцов собирается для исследования. Параллельно клинические данные, обычно собираемые в контексте интенсивной терапии, будут собираться в ИРК. Они позволят рассчитать оценки риска, такие как SOFA.