Coronavirus studerat av Metagenomics i ARDS COVID-19-patienter (COMETS)

Pandemi SARS-CoV-2 (COVID-19) luftvägsinfektion är ansvarig för mer än 4 000 dödsfall, främst (67 %) sekundära till akuta andnödsyndrom (ARDS). ARDS är vanligtvis förknippat med en dödlighet på cirka 40 %, men denna frekvens når 61 % hos patienter infekterade med SARS-CoV-2. Två endotyper har beskrivits hos patienter med ARDS: en, hyperinflammatorisk, associerad med mycket hög mortalitet (51 %); den andra, lätt inflammatorisk (immunparalys), associerad med mycket lägre dödlighet (19%). Hos COVID-19-patienter har distinkta immunsvarsprofiler också observerats. Vissa patienter uppvisar djup lymfopeni och/eller långvariga virusutsöndringar i samband med mer frekvent förekomst av samtidiga infektioner (+ 29 % av virus, + 23 % av bakterier, + 10 % av svampar). Den senare gruppen kan löpa högre risk när det gäller dödlighet. Intensiteten av det inflammatoriska svaret och/eller mikrobiella saminfektioner framstår därför som riskfaktorer för svårighetsgrad och dödlighet hos patienter infekterade med SARS-CoV-2 som bestämmer sjukdomsförloppet. För att anpassa tidig optimal terapeutisk behandling till varje form av sjukdomen är det väsentligt att kunna karakterisera dessa profiler på mikrobiologisk och inflammatorisk nivå.

Med ett engagerat nätverk av 6 intensivvårdsavdelningar över östra och norra Ile-de-France, registreras 180 patienter med ARDS och infekterade med SARS-CoV-2. För dessa patienter samlas en nasofaryngeal pinne in vid inkluderingen; följt av en ny nasofaryngeal pinne och ett djupt andningsprov en gång i veckan, fram till D28, för en utforskning av samtidiga infektioner och för att övervaka virusmängden av SARS-CoV-2. Resten av vart och ett av dessa prover samlas in för studien. Parallellt kommer de kliniska data som vanligtvis samlas in i samband med intensivvård att samlas in på en CRF. De kommer att tillåta att beräkna riskpoäng som SOFA.