Coronavirus undersøgt af Metagenomics i ARDS COVID-19 patienter (COMETS)

Pandemi SARS-CoV-2 (COVID-19) luftvejsinfektion er ansvarlig for mere end 4.000 dødsfald, hovedsageligt (67 %) sekundære til akutte respiratoriske distress-syndromer (ARDS). ARDS er normalt forbundet med en dødelighed på omkring 40 %, men denne rate når 61 % hos patienter inficeret med SARS-CoV-2. To endotyper er blevet beskrevet hos patienter med ARDS: en, hyperinflammatorisk, forbundet med meget høj dødelighed (51 %); den anden, let inflammatorisk (immunoparalyse), forbundet med meget lavere dødelighed (19%). Hos COVID-19-patienter er der også observeret forskellige immunresponsprofiler. Nogle patienter har dyb lymfopeni og/eller langvarig viral udskillelse forbundet med hyppigere forekomst af samtidige infektioner (+ 29 % af virus, + 23 % af bakterier, + 10 % af svampe). Sidstnævnte gruppe kan have højere risiko med hensyn til dødelighed. Intensiteten af ​​det inflammatoriske respons og/eller mikrobielle koinfektioner fremstår derfor som risikofaktorer for sværhedsgrad og dødelighed hos patienter inficeret med SARS-CoV-2, som bestemmer sygdomsforløbet. For at tilpasse tidlig optimal terapeutisk behandling til hver sygdomsform er det essentielt at kunne karakterisere disse profiler på det mikrobiologiske og inflammatoriske niveau.

Med et engageret netværk af 6 intensivafdelinger på tværs af det østlige og nordlige Ile-de-France bliver 180 patienter med ARDS og inficeret med SARS-CoV-2 indskrevet. For disse patienter indsamles en nasopharyngeal podning ved inklusion; efterfulgt af en ny nasopharyngeal podning og en dyb respiratorisk prøve en gang om ugen, indtil D28, til en udforskning af samtidige infektioner og til overvågning af den virale belastning af SARS-CoV-2. Resten af ​​hver af disse prøver indsamles til undersøgelsen. Parallelt hermed vil de kliniske data, der normalt indsamles i forbindelse med intensiv pleje, blive indsamlet på en CRF. De vil gøre det muligt at beregne risikoscore, såsom SOFA.