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Coronavirus von Metagenomics bei ARDS-COVID-19-Patienten untersucht (COMETS)

17. August 2020 aktualisiert von: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Charakterisierung und prognostische Auswirkungen von Entzündungsreaktionen durch Host-Transkriptomik und Co-Infektion durch Metagenomik bei Patienten mit ARDS COVID-19 auf der Intensivstation

Die pandemische SARS-CoV-2 (COVID-19)-Infektion der Atemwege ist für mehr als 4.000 Todesfälle verantwortlich, hauptsächlich (67 %) als Folge von akuten Atemnotsyndromen (ARDS). ARDS ist normalerweise mit einer Sterblichkeit von etwa 40 % verbunden, aber diese Rate erreicht 61 % bei Patienten, die mit SARS-CoV-2 infiziert sind. Bei Patienten mit ARDS wurden zwei Endotypen beschrieben: einer, hyperinflammatorisch, verbunden mit einer sehr hohen Sterblichkeit (51 %); die zweite, leicht entzündlich (Immunparalyse), verbunden mit einer viel geringeren Sterblichkeit (19 %). Bei COVID-19-Patienten wurden auch unterschiedliche Immunreaktionsprofile beobachtet. Einige Patienten weisen eine tiefe Lymphopenie und/oder verlängerte Virusausscheidungen auf, verbunden mit einem häufigeren Auftreten von Co-Infektionen (+ 29 % Viren, + 23 % Bakterien, + 10 % Pilze). Die letztere Gruppe kann ein höheres Sterblichkeitsrisiko aufweisen. Die Intensität der Entzündungsreaktion und/oder mikrobielle Koinfektionen erscheinen daher als Risikofaktoren für Schweregrad und Mortalität bei mit SARS-CoV-2 infizierten Patienten, die den Krankheitsverlauf bestimmen. Um frühzeitig ein optimales therapeutisches Management an die jeweiligen Krankheitsformen anpassen zu können, ist es unerlässlich, diese Profile auf mikrobiologischer und entzündlicher Ebene charakterisieren zu können.

Mit einem engagierten Netzwerk von 6 Intensivstationen in der östlichen und nördlichen Ile-de-France werden 180 Patienten mit ARDS und SARS-CoV-2-Infektion aufgenommen. Bei diesen Patienten wird bei der Aufnahme ein Nasen-Rachen-Abstrich entnommen; gefolgt von einem neuen Nasen-Rachen-Abstrich und einer tiefen Atemwegsprobe einmal pro Woche bis D28, um Koinfektionen zu untersuchen und die Viruslast von SARS-CoV-2 zu überwachen. Der Rest jeder dieser Proben wird für die Studie gesammelt. Parallel dazu werden die üblicherweise im Rahmen der Intensivmedizin erhobenen klinischen Daten auf einem CRF erhoben. Sie ermöglichen die Berechnung von Risikowerten wie SOFA.

Studienübersicht

Status

Unbekannt

Bedingungen

Intervention / Behandlung

Detaillierte Beschreibung

Klinische Metagenomik ist eine Technik, die in der Lage ist, die Entzündungsreaktion des Wirts durch Transkriptomik und die Co-Infektion(en) aller Mikroorganismen zu untersuchen. Dazu wird eine akkreditierte Methode nach Standard 15189 verwendet, die in der diagnostischen Routine zur Untersuchung komplexer Infektionen eingesetzt wird. In der Praxis werden die Proben vorextrahiert (chemische, enzymatische und mechanische Lyse) und dann mit QiaSymphony (Qiagen) extrahiert. Die Bibliothek wird gemeinsam mit dem Nextera XT-Kit für DNA und Stranded TruSeq Total RNA (Illumina) erstellt und anschließend mit NovaSeq (Illumina) sequenziert. Die metagenomische und transkriptomische Analyse wird von unserer MetaMIC-Software durchgeführt, die durch ein kürzlich hinzugefügtes spezifisches Modul für die Analyse der genetischen Variabilität von SARS-CoV-2 und ihrer Dynamik im Laufe der Zeit ergänzt wird. Schließlich wird eine unbeaufsichtigte Data-Mining-Analyse durchgeführt, um das Vorhandensein der Gruppen „Hyperinflammation“ und „Immunparalyse“ festzustellen und dann die Analyse der Determinanten zu ermöglichen, die ihre Häufung leiten. Jede Gruppe wird anhand ihrer klinischen, biologischen und virologischen Daten analysiert, um spezifische prognostische Marker zu bestimmen.

Das beantragte Projekt wird daher umfassend die Dynamik der SARS-CoV-2-Infektion, das Entzündungsprofil und die mikrobiologische Dokumentation von COVID-19-Patienten bei ARDS durch Metagenomik/Transkriptomik mit dem Ziel erfassen, Profile von Patienten mit höherem Risiko zu erfassen, zu verstehen Mechanismen schwerer Krankheitsformen zu verstehen und eine genauere und frühere Einschätzung der Prognose sowie eine Anpassung des Managements zu ermöglichen.

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Voraussichtlich)

180

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

  • Frankreich
      • Créteil, Frankreich, 94000
        • CHU Henri Mondor

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

16 Jahre und älter (Erwachsene, Älterer Erwachsener)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Patient auf Intensivstation wegen ARDS (Berliner Definition) aufgenommen bei SARS-CoV-2

Beschreibung

Einschlusskriterien:

  • Patient auf Intensivstation wegen ARDS (Berliner Definition) aufgenommen bei SARS-CoV-2
  • Hauptpatient (Alter ≥ 18 Jahre)
  • Einholung des Nichtwiderspruchs des Patienten oder seiner Begleitperson, Angehörigen oder engen Freunde (Newsletter)

Ausschlusskriterien:

  • Minderjähriger Patient
  • Ablehnung der Teilnahme an der Studie
  • Gesetzlich geschützter Patient
  • Häftling

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

  • Beobachtungsmodelle: Kohorte
  • Zeitperspektiven: Retrospektive

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Identifizieren Sie zwei Endotypen (hyperinflammatorisch und Co-Infektionen) und quantifizieren Sie ihren prognostischen Wert in Bezug auf die kurzfristige Mortalität (Tag 28) bei Patienten, die wegen ARDS behandelt wurden und mit SARS-Cov2 infiziert waren.
Zeitfenster: Tag 0 bis Tag 28 (Längsschnittstudie)
Unüberwachte Transkriptomanalyse, um das Vorhandensein von 2 verschiedenen Patientengruppen in der Kohorte zu untersuchen.
Tag 0 bis Tag 28 (Längsschnittstudie)

Sekundäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Art der viralen, bakteriellen und Pilz-Koinfektionen in den verschiedenen identifizierten Clustern
Zeitfenster: Tag 0 bis Tag 28
Schrotflinten-Metagenomik-Analyse von Atemwegsproben zur Untersuchung von Viren, Bakterien, Pilzen und Parasiten in Bezug auf die Schwere der Erkrankung
Tag 0 bis Tag 28
Vergleich der viralen Replikationsdynamik von SARS CoV-2 in den verschiedenen identifizierten Clustern
Zeitfenster: Tag 0 bis Tag 28
Quantifizierung basierend auf Metagenomik im Laufe der Zeit
Tag 0 bis Tag 28
4. Charakterisierung der viralen genetischen Determinanten, die im Laufe der Zeit in den verschiedenen identifizierten Clustern ausgewählt wurden
Zeitfenster: Tag 0 bis Tag 28
Viraler Genomvergleich und maschinelles Lernen zur Beurteilung der Rolle der Mutationen (Quasispezies) bei der Schwere der Erkrankung
Tag 0 bis Tag 28

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Ermittler

  • Hauptermittler: Christophe Rodriguez, PharmD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

9. März 2020

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

24. Mai 2020

Studienabschluss (Voraussichtlich)

31. Dezember 2020

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

23. Juni 2020

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

17. August 2020

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

18. August 2020

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

18. August 2020

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

17. August 2020

Zuletzt verifiziert

1. Juni 2020

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Schlüsselwörter

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

  • APHP200418

Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

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