三重重复疾病的 cffDNA 上的 NIPD

语境：

对胎儿 cfDNA 进行测序的能力导致了单基因疾病 (DPNI_MGR) 的非侵入性遗传诊断的令人兴奋的新发展。 针对具有显性新发显性、显性父系突变和一些隐性父系突变的疾病提出了各种测试。 然而，与确定母体等位基因平衡相关的技术困难仍然存在，特别是在根据需要父母基因组 DNA 和至少一个健康或受影响的孩子的三重奏策略对父母单倍型进行定相期间。 此外，第二代测序仪不允许对携带动态突变的等位基因进行单倍型分析。

目标：

该项目提议验证半通用 DPNI_MGR 测试，该测试适用于 DPN 请求中涉及的大多数基因和突变，通过第三代长片段 DNA 测序技术以及来自母体血浆的游离循环 DNA 的靶向测序对亲本单倍型进行定相. 该测试将使用三重扩展疾病进行验证，这是国家级 DPN 的第二个适应症。

方法 ：

对 16 对有传播三联体疾病风险的夫妇的回顾性研究（斯坦纳特强直性肌营养不良、亨廷顿舞蹈症、FRAXA、SCA1、2、3）

阶段1 ：

• 根据“纳米孔 Cas9 靶向测序”(nCATS) 技术测定 8 对亲本单倍型，并验证该方法的分析参数和质量（感兴趣区域的覆盖率、错误率、病态等位基因携带的识别）扩展......），
• 在“纳米孔”技术中获得的亲本单倍型与通过“Linked Reads 10xGenomics”技术获得的相同 8 对亲本单倍型的比较（第二种方法的测序和定相数据可从先前的研究中获得），
• 评估在标准检查（通过羊膜穿刺术或绒毛膜穿刺术进行 DPN）期间获得的胎儿基因型结果与这些新的 PNID 定相方法获得的结果的一致性。

阶段2：

- 验证第 1 阶段超过 8 个额外对的最佳执行工作流程（效率/成本），用于该方法的临床转移。

预期成果与展望：

这项研究应该可以根据本领域的知识为三联体扩增疾病的 DPNI 定义最佳性能测试，并验证该方法在临床实践中的转移条件（设备、试剂、成本分析、分析验证标准） ....）。

经过验证的工作流程应尽可能通用，以便通过未来调整免费循环 DNA 测序面板的基因含量，在国家层面提供对广泛的罕见疾病 NIDP 的访问。