NIPD på cffDNA for Triplet-gentagelsessygdomme

Sammenhæng:

Evnen til at sekventere føtalt cfDNA har ført til spændende nye udviklinger inden for den ikke-invasive genetiske diagnose af monogene sygdomme (DPNI_MGR). Forskellige tests foreslås for sygdomme med overvejende de novo dominante, dominante paternale og nogle recessive paternale mutationer. Imidlertid forbliver tekniske vanskeligheder relateret til bestemmelsen af ​​den maternelle allelbalance, især under udfasningen af ​​forældrehaplotyper i henhold til en triostrategi, som kræver tilgængeligheden af ​​forældregenomiske DNA'er og mindst ét ​​sundt eller påvirket barn. Desuden tillader 2. generations sequencere ikke haplotyping af alleler, der bærer dynamiske mutationer.

Mål:

Dette projekt foreslår validering af en semi-universal DPNI_MGR-test, der kan anvendes på størstedelen af ​​generne og mutationerne involveret i DPN-anmodninger fra udfasning af parentale haplotyper ved 3. generations lang-fragment DNA-sekventeringsteknikker koblet med målrettet sekventering af frit cirkulerende DNA fra moderens plasma . Denne test vil blive valideret ved hjælp af tripletekspansionssygdomme, som er den anden indikation af DPN på nationalt plan.

Metode:

Retrospektiv undersøgelse af 16 par med risiko for at overføre en sygdom med tripletudvidelser (Myotonisk dystrofi af Steinert, Huntingtons sygdom, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Fase 1 :

• Bestemmelse for 8 par af forældrehaplotyper i henhold til teknikken "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) og validering af de analytiske parametre og kvaliteten af ​​denne metode (dækningsgrad for regionerne af interesse, fejlrate, identifikation af den sygelige allel, der bærer udvidelsen...),
• Sammenligning af forældrehaplotyperne opnået i "Nanopore" teknik versus dem opnået ved "Linked Reads 10xGenomics" teknikken i de samme 8 par (sekventerings- og fasedataene ved denne 2. tilgang er tilgængelige fra en tidligere undersøgelse),
• Evaluering af overensstemmelsen mellem de føtale genotyperesultater opnået under standardundersøgelsen (DPN ved fostervandsprøve eller choriocentese) og dem opnået med disse nye tilgange til indfasning af PNID.

Fase 2:

- Validering af den bedst ydende arbejdsgang (effektivitet / omkostninger) af fase 1 over 8 ekstra par for en klinisk overførsel af tilgangen.

Forventede resultater og udsigter:

Denne undersøgelse skulle gøre det muligt at definere den bedst ydende test for DPNI af tripletekspansionssygdomme i overensstemmelse med kendskabet til teknikken og at validere overførselsbetingelserne i klinisk praksis for metoden (udstyr, reagenser, omkostningsanalyse, analytiske valideringskriterier ....).

Den validerede arbejdsgang bør være så universel som muligt for sekundært at give nationalt niveau adgang til en bred vifte af sjældne sygdomme NIDP ved fremtidige justeringer af genindholdet i de frit cirkulerende DNA-sekventeringspaneler.