NIPD sur cffDNA pour les maladies à répétition triplet

Contexte:

La capacité de séquencer le cfDNA fœtal a conduit à de nouveaux développements passionnants pour le diagnostic génétique non invasif des maladies monogéniques (DPNI_MGR). Différents tests sont proposés pour les maladies à prédominance de novo dominante, paternelle dominante et quelques mutations paternelles récessives. Cependant, des difficultés techniques liées à la détermination du bilan allélique maternel subsistent, notamment lors du phasage des haplotypes parentaux selon une stratégie en trio qui nécessite la disponibilité des ADN génomiques parentaux et d'au moins un enfant sain ou atteint. De plus, les séquenceurs de 2ème génération ne permettent pas l'haplotypage d'allèles porteurs de mutations dynamiques.

Objectifs:

Ce projet propose la validation d'un test DPNI_MGR semi-universel applicable à la majorité des gènes et mutations impliqués dans les requêtes DPN à partir du phasage des haplotypes parentaux par des techniques de séquençage d'ADN longs fragments de 3ème génération couplées à un séquençage ciblé d'ADN libre circulant à partir du plasma maternel . Ce test sera validé à l'aide des maladies à expansion triplet, qui sont la deuxième indication de DPN au niveau national.

Méthodologie :

Etude rétrospective de 16 couples à risque de transmission d'une maladie à expansions triplées (dystrophie myotonique de Steinert, maladie de Huntington, FRAXA, SCA1, 2, 3)

La phase 1 :

• Détermination pour 8 paires d'haplotypes parentaux selon la technique "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) et validation des paramètres analytiques et de la qualité de cette méthode (taux de couverture des régions d'intérêt, taux d'erreur, identification de l'allèle morbide portant L'expansion ...),
• Comparaison des haplotypes parentaux obtenus en technique "Nanopore" versus ceux obtenus par la technique "Linked Reads 10xGenomics" dans ces mêmes 8 paires (les données de séquençage et de phasage par cette 2ème approche sont disponibles d'une étude précédente),
• Evaluation de la concordance des résultats de génotype fœtal obtenus lors de l'examen standard (DPN par amniocentèse ou choriocentèse) et ceux obtenus avec ces nouvelles approches de phasage en PNID.

Phase 2:

- Validation du workflow le plus performant (efficacité/coût) de la phase 1 sur 8 binômes supplémentaires pour un transfert clinique de l'approche.

Résultats attendus et perspectives :

Cette étude doit permettre de définir le test le plus performant pour le DPNI des maladies à expansion triplet conformément aux connaissances de l'art et de valider les conditions de transfert en pratique clinique de l'approche (matériel, réactifs, analyse des coûts, critères de validation analytique ....).

Le flux de travail validé doit être aussi universel que possible pour fournir en second lieu un accès au niveau national à un large éventail de maladies rares NIDP par de futurs ajustements du contenu génétique des panels de séquençage d'ADN en libre circulation.