NIPD på cffDNA for gjentatte triplettsykdommer

Kontekst:

Evnen til å sekvensere føtalt cfDNA har ført til spennende nye utviklinger for ikke-invasiv genetisk diagnose av monogene sykdommer (DPNI_MGR). Ulike tester er foreslått for sykdommer med overveiende de novo dominante, dominerende paternale og noen recessive paternale mutasjoner. Imidlertid gjenstår tekniske vanskeligheter knyttet til bestemmelsen av den maternelle allelbalansen, spesielt under fasingen av foreldrehaplotyper i henhold til en triostrategi som krever tilgjengeligheten av foreldrenes genomiske DNA-er og minst ett sunt eller berørt barn. Dessuten tillater ikke 2. generasjons sekvensere haplotyping av alleler som bærer dynamiske mutasjoner.

Mål:

Dette prosjektet foreslår validering av en semi-universell DPNI_MGR-test som gjelder de fleste genene og mutasjonene som er involvert i DPN-forespørsler fra fasing av foreldrehaplotyper ved 3. generasjons DNA-sekvenseringsteknikker med lang fragment kombinert med målrettet sekvensering av fritt sirkulerende DNA fra mors plasma . Denne testen vil bli validert ved bruk av triplettekspansjonssykdommer, som er den andre indikasjonen på DPN på nasjonalt nivå.

Metodikk:

Retrospektiv studie av 16 par med risiko for å overføre en sykdom med triplettutvidelser (Myotonisk dystrofi av Steinert, Huntingtons sykdom, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Fase 1:

• Bestemmelse for 8 par parentale haplotyper i henhold til teknikken "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) og validering av de analytiske parametrene og kvaliteten til denne metoden (dekningsgrad for regionene av interesse, feilrate, identifisering av den sykelige allelen som bærer utvidelsen ...),
• Sammenligning av foreldrehaplotypene oppnådd i "Nanopore"-teknikken mot de oppnådd ved "Linked Reads 10xGenomics"-teknikken i de samme 8 parene (sekvenserings- og fasedataene ved denne andre tilnærmingen er tilgjengelige fra en tidligere studie),
• Evaluering av samsvaret mellom fosterets genotyperesultater oppnådd under standardundersøkelsen (DPN ved fostervannsprøve eller choriocentese) og de oppnådd med disse nye tilnærmingene til innfasing av PNID.

Fase 2:

- Validering av den beste arbeidsflyten (effektivitet / kostnad) av fase 1 over 8 ekstra par for en klinisk overføring av tilnærmingen.

Forventede resultater og utsikter:

Denne studien skal gjøre det mulig å definere den best presterende testen for DPNI av triplettekspansjonssykdommer i samsvar med kunnskapen om faget og å validere overføringsforholdene i klinisk praksis for tilnærmingen (utstyr, reagenser, kostnadsanalyse, analytiske valideringskriterier ....).

Den validerte arbeidsflyten bør være så universell som mulig for sekundært å gi nasjonalt nivå tilgang til et bredt spekter av sjeldne sykdommer NIDP ved fremtidige justeringer av geninnholdet i de frisirkulerende DNA-sekvenseringspanelene.