NIPD na cffDNA dla chorób powtórzeń potrójnych

Kontekst:

Zdolność do sekwencjonowania cfDNA płodu doprowadziła do ekscytujących nowych odkryć w nieinwazyjnej diagnostyce genetycznej chorób monogenowych (DPNI_MGR). Proponuje się różne testy dla chorób z dominującymi de novo, dominującymi mutacjami ojcowskimi i niektórymi recesywnymi mutacjami ojcowskimi. Utrzymują się jednak trudności techniczne związane z określeniem matczynej równowagi allelicznej, w szczególności podczas etapowania haplotypów rodzicielskich zgodnie ze strategią trio, która wymaga dostępności genomowego DNA rodzicielskiego i co najmniej jednego dziecka zdrowego lub chorego. Ponadto sekwencery drugiej generacji nie pozwalają na haplotypowanie alleli niosących mutacje dynamiczne.

Cele:

Ten projekt proponuje walidację półuniwersalnego testu DPNI_MGR mającego zastosowanie do większości genów i mutacji zaangażowanych w żądania DPN z fazowania haplotypów rodzicielskich za pomocą technik sekwencjonowania długich fragmentów DNA trzeciej generacji w połączeniu z ukierunkowanym sekwencjonowaniem wolnego krążącego DNA z matczynego osocza . Ten test zostanie zwalidowany przy użyciu chorób ekspansji trojaczków, które są drugim wskazaniem DPN na poziomie krajowym.

Metodologia:

Retrospektywne badanie 16 par zagrożonych przenoszeniem choroby z ekspansją trojaczków (dystrofia miotoniczna Steinerta, choroba Huntingtona, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Faza 1 :

• Określenie 8 par haplotypów rodzicielskich zgodnie z techniką „Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing” (nCATS) oraz walidacja parametrów analitycznych i jakości tej metody (wskaźnik pokrycia interesujących regionów, poziom błędów, identyfikacja chorobliwego allelu niosącego ekspansja ...),
• Porównanie haplotypów rodzicielskich uzyskanych techniką „Nanopore” z haplotypami uzyskanymi techniką „Linked Reads 10xGenomics” w tych samych 8 parach (dane dotyczące sekwencjonowania i fazowania za pomocą tego drugiego podejścia są dostępne z poprzedniego badania),
• Ocena zgodności wyników genotypu płodu uzyskanych podczas standardowego badania (DPN przez amniopunkcję lub choriopunkcję) z wynikami uzyskanymi za pomocą tych nowych podejść do fazowania w PNID.

Faza 2:

- Walidacja najlepiej działającego przepływu pracy (wydajność / koszt) fazy 1 na 8 dodatkowych parach w celu klinicznego przeniesienia podejścia.

Oczekiwane rezultaty i perspektywy:

Badanie to powinno pozwolić na zdefiniowanie najlepiej działającego testu dla DPNI chorób ekspansji trojaczków zgodnie ze stanem wiedzy w tej dziedzinie oraz na walidację warunków transferu w praktyce klinicznej podejścia (sprzęt, odczynniki, analiza kosztów, analityczne kryteria walidacji ....).

Zwalidowany przepływ pracy powinien być jak najbardziej uniwersalny, aby wtórnie zapewnić dostęp na poziomie krajowym do szerokiego zakresu rzadkich chorób NIDP poprzez przyszłe dostosowania zawartości genów swobodnie krążących paneli sekwencjonowania DNA.