NIPD su cffDNA per malattie triplette ripetute

Contesto:

La capacità di sequenziare il cfDNA fetale ha portato a nuovi entusiasmanti sviluppi per la diagnosi genetica non invasiva delle malattie monogeniche (DPNI_MGR). Vari test sono proposti per le malattie con mutazioni prevalentemente de novo dominanti, paterne dominanti e alcune recessive paterne. Tuttavia, permangono difficoltà tecniche legate alla determinazione del bilancio allelico materno, in particolare durante la fase degli aplotipi parentali secondo una strategia trio che richiede la disponibilità di DNA genomico parentale e di almeno un bambino sano o affetto. Inoltre i sequenziatori di seconda generazione non consentono l'aplotipizzazione di alleli portatori di mutazioni dinamiche.

Obiettivi:

Questo progetto propone la convalida di un test DPNI_MGR semi-universale applicabile alla maggior parte dei geni e delle mutazioni coinvolte nelle richieste DPN dalla fasatura degli aplotipi parentali mediante tecniche di sequenziamento del DNA a frammenti lunghi di terza generazione accoppiate con il sequenziamento mirato del DNA libero circolante dal plasma materno . Questo test sarà convalidato utilizzando le malattie da espansione di tripletto, che sono la seconda indicazione di DPN a livello nazionale.

Metodologia :

Studio retrospettivo su 16 coppie a rischio di trasmissione di una malattia con espansioni di tripletto (Distrofia miotonica di Steinert, Malattia di Huntington, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Fase 1 :

• Determinazione per 8 coppie di aplotipi parentali secondo la tecnica "Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing" (nCATS) e validazione dei parametri analitici e della qualità di tale metodo (tasso di copertura delle regioni di interesse, tasso di errore, identificazione dell'allele morboso portante l'espansione ...),
• Confronto degli aplotipi parentali ottenuti con la tecnica "Nanopore" rispetto a quelli ottenuti con la tecnica "Linked Reads 10xGenomics" in queste stesse 8 coppie (i dati di sequenziamento e fasatura di questo secondo approccio sono disponibili da uno studio precedente),
• Valutazione della concordanza dei risultati del genotipo fetale ottenuti durante l'esame standard (DPN mediante amniocentesi o coriocentesi) e quelli ottenuti con questi nuovi approcci di phasing in PNID.

Fase 2:

- Convalida del flusso di lavoro più performante (efficienza / costo) della fase 1 su 8 coppie aggiuntive per un trasferimento clinico dell'approccio.

Risultati attesi e prospettive:

Questo studio dovrebbe consentire di definire il test più performante per la DPNI delle malattie a espansione di tripletto in accordo con la conoscenza dell'arte e di validare le condizioni di trasferimento nella pratica clinica dell'approccio (apparecchiature, reagenti, analisi dei costi, criteri di validazione analitica ....).

Il flusso di lavoro convalidato dovrebbe essere il più universale possibile per fornire in secondo luogo l'accesso a livello nazionale a un'ampia gamma di malattie rare NIDP mediante futuri aggiustamenti del contenuto genico dei pannelli di sequenziamento del DNA in libera circolazione.